1. CRISPR/Cas9によるHDRを介したPolyAシグナル挿入による筋強直性ジストロフィータイプ1 (DM1)療法
[出典] "Therapeutic Genome Editing for Myotonic Dystrophy Type 1 Using CRISPR/Cas9" Wang Y, Hao L,  Wang H, Santostefano K, Thapa A, Cleary J, Li H, Guo X, Terada N, Ashizawa T, Xia G. Mol Ther. 2018 Sep 11.
  • DM1は、Dystrophia Myotonicaプロテインキナーゼ (DMPK)の遺伝子の3'UTRにおけるCTG反復の異常な伸長に由来するRNAの機能獲得を介して発症する。 この異常伸長反復配列はCRISPR/Casシステムを利用したゲノム編集により除去可能であるが、それには一定の頻度で逆位ひいてはCAG反復を帯びたmRNA生成を伴うことが知られている。
  • University of New Mexico,  鄭州大学一附院などの米中研究グループは今回、異常伸長CTG反復配列を標的とするSpCas9またはSaCas9のペアによるゲノム編集が逆位を伴うことを確認した上で、標的領域削除に替えて、3’-UTR内のCTG反復の上流にHDRパスウエイを介してポリアデニル化 (PolyA)シグナルを挿入する手法を開発・検証した。
  • 標的サイトへのPolyAシグナル挿入は、毒性のCUG反復をもつmRNAを排除しつつ逆位を伴わず、正常なDMPKタンパク質を発現させ、DM1 iPS細胞から誘導した神経幹細胞、前脳神経細胞および心筋と骨格筋の筋原線維の正常化を実現した。
2. [プロトコル]CRISPR/Cas9によるヒトiPS細胞に内在タンパク質のタギング
[出典] "Endogenous Protein Tagging in Human Induced Pluripotent Stem Cells Using CRISPR/Cas9" Haupt A,  Grancharova T,  Arakaki J,  Fuqua MA,  Roberts B,  Gunawardane RN. J Vis Exp. 2018 Aug 25.
  • SpCas9タンパク質、二成分gRNAおよびドナーテンプレートの送達による遺伝子インフレームのN末端またはC末端への蛍光タグ・ノックイン
3. [レビュー] CRISPR/Cas9技術とiPS細胞の融合による網膜変性疾患の研究と治療
"REVIEW: Application of CRISPR/Cas9 technologies combined with iPSCs in the study and treatment of retinal degenerative diseases" Cai B, Sun S, Li Z, Zhang X, Ke Y, Yang J, Li X (Tianjin Medical University Eye Hospital). Hum Genet. 2018 Sep 10.

4. CRISPR/Cas9により、生細胞内で24xMS2カセットでmRNAを直接標識
[出典] "A CRISPR/Cas9 platform for MS2-labelling of single mRNA in live stem cells" Spille JH, Hecht M, Grube V, Cho W, Lee C, Cissé II. Methods 2018 Sep 12.
  • マウスES細胞において、CRISPR/Cas9により任意の遺伝子の3'UTRの開始点にMS2カセットと選択マーカをノックイン
  • 幹細胞の転写因子Esrrbを標識し、定量的蛍光顕微鏡を利用して、Esrrb遺伝子座における新規転写物をカウントし、遺伝子発現細胞を識別、さらに、エピブラスト様細胞への分化におけるEsrrbが下方制御(オンかオフ)を同定。
5. オールインワンCRISPR/Cas9ベクターのプレローディングと発現誘導による出芽酵母の簡易かつ効率的なゲノム編集
[出典] "Preloading budding yeast with all-in-one CRISPR/Cas9 vectors for easy and high-efficient genome editing" Degreif D, Kremenovic M, Geiger T, Bertl A. J Biol Methods. 2018 Sep 12.
  • 予め、発現誘導可能なCas9遺伝子を形質転換し、in vivo組換えクローニングによるgRNAプロトスペーサー配列を挿入しておき、次に相同組み換え修復用ドナーDNAを形質転換する手法 (原論文引用数参照;Budding Yeast
    二倍体と四倍体酵母のゲノム編集、多重編集、および、接合型スイッチも実現
6. Cas9 RNP複合体により、イベリアトゲイモリ (P. waltl)の発生と再生に関わる標的遺伝子のコーディング領域とノンコーディング領域を直接かつ迅速に解析
[出典] "Cas9 ribonucleoprotein complex allows direct and rapid analysis of coding and noncoding regions of target genes in Pleurodeles waltl development and regeneration" Suzuki M, Hayashi T [..]  Suzuki KT. Dev Biol. 2018 Sep 10.
  • 再生研究のモデル動物イベリアトゲイモリ胚へのRNPのマイクロインジェクションから始まりF1世代における機能解析まで1年;tyr, pax6およびtbx5の両アレルノックアウトおよびshh四肢特異的エンハンサーのノックアウトの機能解析
7. ヤギ・ミオスタチンを標的とするCRISPR/Cas9により'double-muscled'表現型を作出
[出典] "Using CRISPR/Cas9 Technology Efficiently targeted of Goat Myostatin through Zygotes Microinjection result in double-muscled phenotype in goats" He Z, Zhang T, Jiang L, Zhou M, Wu D, Mei J, Cheng Y. Biosci Rep 20178 Sep 10.

8. アンサンブル学習によりオフターゲット・サイトの予測性能を向上
[出典] "Recognition of CRISPR/Cas9 off-target sites through ensemble learning of uneven mismatch distributions" Peng H, Zheng Y, Zhao Z, Liu T, Li J. Bioinformatics 2018 Sep 8.
  • オンターゲット編集サイトとオフターゲット編集サイトの組み<onTSeq,offTSeq>に加えて、オンターゲット編集サイトと編集が誘導されないサイトの組み<onTSeq,noEdSeq>のデータを基にし、複数の学習器の融合によるアンサブル学習によるsgRNA選択支援システム;難聴と網膜変性の治療をに最適なsgRNAs選択でケーススタディーにおいて、CRISPR DesignsgRNA Designerを凌ぎGUIDE-seqと整合する結果
9. ディープラーニングによるCRISPR-Cas9遺伝子編集のオフターゲット予測
[出典] "Off-target predictions in CRISPR-Cas9 gene editing using deep learning" Lin J, Wong KC. Bioinformatics 2018 Sep 8.
  • 畳み込みニューラルネットワーク (Convolutional Neural Network)と、ディープフィードフォワードニューラルネットワークの基本(deep feedforward neural network)の2種類のアルゴリズムを利用;オフターゲットデータ (CRISPORデータセット)で教育し検証、また、GUIDE-seqで検証;CFD. MIT, CROP-IT, CCTopのオフターゲット判定プログムおよびランダムフォレスト、勾配ブースティング法、ロジスティック回帰法の三種類の機械学習法に優る性能
10. [特許]CRISPR-Cas9によるヒトRSPO2遺伝子のノックアウト
PubDate 08/30/2018.
Inventors Yao M, Yu, L.
Assignee The First Hospital of Jiaxing.

11. [特許]B型そしてまたはD型肝炎ウイルスを標的とするCRISPR-Cas9システムおよび脂質粒子送達
[出典] "PATENT: TREATING HEPATITIS B VIRUS INFECTION USING CRISPR" US 2018/0245074.
PubDate 08/30/2018.
Inventors Lee, ACH, Weber ND.
Assignee PROTIVA BIOTHERAPEUTICS, INC.