[出典] "Coupled single-cell CRISPR screening and epigenomic profiling reveals causal gene regulatory networks" Rubin AJ [..] Chang HY, Khavari PA. Cell. 2018-12-20. (bioRxiv. 2018-09-13)

Stanford University School of Medicine - Program in Epithelial Biologyの研究グループからのPerturb-ATAC法の開発と応用の報告、以下、bioRxiv投稿に基づく「CRISPRメモ_2018/09/18 - 3. Perturb-ATAC:同一細胞でのCIRPRスクリーニングとエピゲノム・プロファイリングから、遺伝子調節機構を解き明かす」から転載
  • Stanford University School of Medicineなどの研究チームは、CRISPRiまはたCRISPR KOと、ATAC-seqを同一細胞で同時測定するPerturb-ATAC法を開発し、~4,300個の一細胞において、63種類以上の遺伝子型と表現型の相関に関与する転写因子、クロマチン修飾因子、およびノンコーディングRNAs (ncRNAs)を解析
  • Perturb-ATACにより、Bリンパ球におけるクロマチンアクセシビリティーの調節因子、転写因子の占有、ヌクレオソームポジショニングを明らかにし、B細胞の状態や疾患関連cis-エレメントを制御する転写因子の階層関係を同定した。
  • ヒト初代上皮細胞については、ケラチノサイトの分化が転写因子のJUNB, KLF4, ZNF750, CEBPA, およびEHFが協働して調節するcis-エレメントの三連続モジュールで制御されることを同定した。五種類の転写因子の全てのペアのノックアウト実験から、転写因子間のエピスタティックな関係、および、ゲノム上での共局在が協働相互作用の基盤であることも、同定した。
 関連論文
  • 単一細胞一分子エピゲノミクスにより、ゲノム調節機構を、これまでにない分解能で明らかにする (CRISPRによる細胞系譜追跡や遺伝子座可視化に言及):Perspective "Single-cell and single-molecule epigenomics to uncover genome regulation at unprecedented resolution" Shema E, Bernstain BE, Buenrostro JD. Nat Genetics. 2018-12-17.