8. CRISPR/Cas9はDNA鎖上の一次元拡散でPAMを探索する
[出典] "CRISPR/Cas9 searches for a protospacer adjacent motif by lateral diffusion" Globyte V, Lee SH, Bae T, Kim JS, Joo C. EMBO J. 2018-12-20.
  • DNA curtains法によりSpyCas9は3次元拡散による標的探索をすると報告された一方で (Nature, 2014 )、ArgonauteまたはCRISPRタイプ I Cascadeは、DNA鎖上を1次元拡散で標的探索をすると報告された (関連crisp_bio記事:CRISPRメモ_2018/10/201.タイプI-E CRISPRシステムにおいて、Cascade複合体が外来DNAからのスペーサ獲得と外来DNAの切断の双方に関わる分子機序)。
  • Delft University of Technology、Institute for Basic Science (Seoul)ならびにSeoul National Universityの研究チームは今回、ビオチン化したCas9-Cy5で標識したcrRNA-tracrRNAをクオーツスライドに固定し、Cys3で標識したdsDNAとの間のsmFRETを実時間解析し、SpyCas9がCascadeと同様にDNA鎖上を1次元拡散して標的を探索するモードを同定し、その探索モデルを提唱した。
  • [crisp_bio注] 原子間力顕微鏡 (AFM)による実時間観察では、Cas9は"DNA鎖をスライドするのではなく、3次元的に拡散しながら、標的部位を探索する"とされている:2017-11-11 crisp_bio記事 "Cas9ムービー - 原子力間顕微鏡(AFM)観察"
9. [ハイライト] CRISPR-Cas9切断からの修復結果予想
[出典] EDITOR'S CHOICE "After the CRISPR-Cas9 cut: Predicting generated mutations" Attenello FJ. Sci Transl Med. 2018-12-19.
10. [特許] Neisseria MeningitidisCas9のDNase H活性 (PAM配列とtrcrRNA配列に非依存でssDNAを切断)と応用
  • 発明者 Sontheimer EJ, Zhang Y;権利者 U Massachuesetts;公開日 2018-12-13
  • 関連論文 "DNase H Activity of Neisseria meningitidis Cas9" Zhang Y, Rajan R, Seifert HS, Mondragón A2, Sontheimer EJ. Mol Cell. 2015 Oct 15;60(2):242-55.
11. [特許] CRISPR-Cas9/Cas12a/Cpf1を介したエクソン内スプライシング促進配列削除による遺伝子の不活性化およびレスキュー
  • 発明者 Lum L, Tuladhar R, Hwang TH, Yeu Y, Piazza JT, Barrett Q;権利者 University of Texas, Austin;公開日 2018-12-13
12. [特許] 真核生物における配列と活性を操作するためのCRISPR-Casニッカーゼ・システム
  • 発明者 Zhang F, Cong L, Ran F;権利者 Harvard, MIT, Broad;公開日 2018-12-13
13. [論説] 真菌の研究と応用におけるCRISPR革命
[出典] Editorial "The CRISPR revolution in fungal biology and biotechnology, and beyond" Idnurm A, Meyer V. Fungal Biol Biotechnol. 2018-12-20.
  • Fungal Biology and Biotechnology誌のエディターが、真菌研究におけるCRISPR技術の広がりを概観
14. 患者由来iPSCsから網膜色素変性症研究に有用な細胞モデル作出
[出典] "Functional Assessment of Patient-Derived Retinal Pigment Epithelial Cells Edited by CRISPR/Cas9" Foltz LP, Howden SE, Thomson JA,  Clegg DO. Int J Mol Sci. 2018-12-19.
  • PRPF8 スプライシング因子にミスセンス変異が起きている網膜色素変性症患者由来線維芽細胞から誘導した変異iPSCsと、CRISPR/Cas9で修正を加えたiPSCsを作出し、いずれ野生型とほぼ同等の形態と特性(頂底極性や視細胞外節の貪食)を示す網膜色素上皮細胞 (retinal pigment epithelial, RPE)へと分化させることに成功した。
15. [研究資源] 外胚葉異形成症に関連するEDA遺伝子をノックアウトしたヒトES細胞株の樹立
[出典] "Establishment of an ectodermal dysplasia related gene EDA Knockout human embryonic stem cell line (WAe001-A-22) by CRISPR-Cas9 technology" Xue Y, Liao B, Xie Y, Li S, Ma X, Sun X. Stem Cell Res. 2018-12-21.
  • 外胚葉分化と歯の発生の研究に有用
16. [研究資源] CRISPR/Cas9によるホモ接合STUB1ノックアウトhiPSC株樹立
[出典] Lab Resource "Generation of a homozygous CRISPR/Cas9-mediated knockout human iPSC line for the STUB1 locus" Schuster S, Saravanakumara S, Schölsa L, Hauser S. Stem Cell Res. 2018-12-21.
STUB1は、常染色体劣性遺伝性脊髄小脳失調症(SCAR)16の原因遺伝子でありCHIPタンパク質をコード

CRISPRメモ_2018/12/26 - 1