（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 20160508）
[出典] Scott E. Boyken et al. “De novo design of protein homo-oligomers with modular hydrogen-bond network–mediated specificity.” Science. 2016 May 6;352(6286):680-7.
  • Corresponding author: David Baker (University of Washington)
  • モジュラー型の水素結合(Hydrogen Bond, HB)ネットワークによって特異性が決定されるコイルドコイル状のオリゴマータンパク質（二量体、三量体、四量体）を、コンピュータ設計・合成し、結晶構造がモデルとほぼ整合することを確認。
  • HBnetでは、与えられた骨格について、極性側鎖のすべての組み合わせが取り得る全コンフォメーションについて水素結合と立体反発をあらかじめ計算しておき、その結果を、残基の位置をノードとし、相互作用可能な残基間をつなぐ線をエッジとするネットワークに蓄えておく。このエッジには、２つの残基間の全コンフォメーションに対応するエネルギー行列を付与しておく。HBnetはこのネットワーク上のあらゆるパスを走査して、最も広がりがあり最も低エネルギーのネットワークを選択していく。