(創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 20160511)
  • 従来のプロテオームデータベースにはその品質に問題があった:“The findings include an abundance of poor spectra, low-scoring peptide-spectrum matches and incorrectly identified proteins in both these studies, highlighting clear issues with the application of false discovery rates.” (参考文献参照:Ezkurdia et al. 2015)
  • jPOSTデータベースは、登録されたMSデータをjPOSTが設計した標準データ解析プロトコルに拠って再解析・再アノテーションし、品質管理を経て、1サンプルごとに“Cube”データベースに蓄積し、データリボジトリーとしての役割を果たす。
  • “Cube”は“Globe”データベースへと集積され、利用者は、カスタマイズ可能な柔軟なインターフェース“Slice“を介して“Globe”データベースを活用することができる。2016年5月11日現在、登録されたデータ(非公開)は、ヒトとニワトリを対象とする7プロジェクト由来の4,191ファイル(76.7GB)。  
  • jPOSTは2016年4月に国際標準のデータリポジトリシステムを提供するProteomeXchangeコンソーシウム(PXC)に加盟。今後、各国からPXCに登録されたデータも利用可能に。
  • jPOST Webサイト:http://jpost.org/ 
    PXC Webサイト:http://www.proteomexchange.org/