(創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/07/03)
    Cas9にない特徴を持っているCpf1の研究が広がっている。今回、韓国と米国の研究チームがそれぞれ
    判然としていなかったCpf1のヒトゲノム全域にわたる標的選別性を解析。
  1. [論文] ヒト細胞におけるCRISPR/Cas Cpf1ゲノム編集の特異性(1)
    • Corresponding author: Jin-Soo Kim ( Inst. Basic Science/Seoul National U.)
    • HEK293細胞においてLachnospiraceae bacterium (LbCpf1), Acidaminococcus sp. (AsCpf1), Francisella novicida (FnCpf1) ならびに Moraxella bovoculi (MbCpf1)のゲノム編集予備実験を経て、LbCpf1ならびにAsCpf1とSpCas9との比較に進んだ(Cpf1とcrRNAはプラスミドで送達)。
      • 変異率:SpCas9は32±4%;LbCpf1は19±6%;AsCpf1は20±5%(1遺伝子あたりのガイドRNA数は8)
      • 標的選択性
        • オンターゲット:3’PAMから遠位の1〜2塩基ミスマッチは許容するが、5’PAM近位の1〜2塩基ミスマッチは許容しない。
        • オフターゲット:Digenome-seqで評価;crRNAあたりの切断サイト数が、LpCpf1では6ヶ所、AsCpf1では12ヶ所、Cas9では90ヶ所以上;crRNAとCpf1のRNP(リボ核タゾパク質)送達によってオフターゲットは検出限界以下。
  2. [論文] ヒト細胞におけるCRISPR/Cas Cpf1ゲノム編集の特異性(2) 
    • Corresponding authorsBenjamin P. KleinstiverJ. Keith Joung (Massachusetts General Hospital/Harvard Medical School)
    • HEK293細胞とU2OS細胞で、AsCpf1ならびにLbCpf1とSpCas9のゲノム編集サイト選択性を解析。
      • 変異率:SpCas9は53%;LbCpf1は28%;AsCpf1は31%(1遺伝子あたりのガイドRNA数は20)
      • 標的選択性
        • オンターゲット:;短いcrRNAsの3’末端の4〜6塩基は1塩基ミスマッチを許容したが、他の領域は1〜2塩基のミスマッチを許容しなかった。
        • オフターゲット;GUIDE-seqで評価(CRISPR関連文献メモ_2016/05/08-3);20種類のcrRNAsの半数以上についてオフターゲットは検出限界以下。
  3. [関連ニュースウオッチ記事]