CRISPRメモ_2019/04/21-2 (8件) : crisp

1. 温泉由来のCandidate Phyla Radiation (CPR)に属するRoizmanbacteriaは、CasYシステムに加えてタイプI-BとIII-Aも帯びている

[出典] "Candidate Phyla Radiation Roizmanbacteria from hot springs have novel and unexpectedly abundant CRISPR-Cas systems" Chen LX [..] Doudna JA, Banfield JF. Front Microbiol. Accepted 2019-04-12. (bioRixv. 2018-11-02)

CRISPRメモ_2018/10/24-2 2. 温泉由来のCandidate Phyla Radiation (CPR)に属するRoizmanbacteriaは、CasYシステムに加えてタイプI-BとIII-Aも帯びている (bioRixv版を引用)

2. 高度好塩菌 (Haloarchaea)のクラス 1 CRISPR-Casシステムは、Cas5とCas7の遠縁のホモログを帯びているが、CRISPRアレイを欠いている

[出典] "Predicted highly derived class 1 CRISPR-Cas system in Haloarchaea containing diverged Cas5 and Cas7 homologs but no CRISPR array" Makarova KS [..] Koonin EV. FEMS Microbiol Lett. 2019-04-17.

バクテリアとアーケアのゲノムデータベースから新奇CRISPR-Casシステムを探索しようとすると、interferenceを備えておらず獲得免疫以外の機能を示唆するシステムが発見される。
NCBIのMakarovaらは今回、CRISPRエフェクタまたはCRISPRアレイを欠いているが、Cas5/Cas7タンパク質と機能未知のタンパク質およびヌクレアーゼを帯びた高度好塩菌を発見し、通常のCRISPRエフェクターに代わるニクレアーゼを介したRNA依存性免疫機構の存在を示唆した。

3. [レビュー] CRISPR/Cas9システムの分子動力学シミュレーションの現状と展望

[出典] REVIEW "Molecular simulations have boosted knowledge of CRISPR/Cas9: A Review" Ray A, Di Felice R. arXiv. 2019-04-12.

CRISPR/Cas技術の構造と分子機構の解説に続いて、実験データを参照しながら、CRISPR/Cas9複合体の分子動力学シミュレーションの発展をレビュー

4. [プロトコル] GPCRsのコンフォメーションプロファイリングとCRISPR/Cas9遺伝子編集技術の融合

[出典] PROTOCOL "Combining Conformational Profiling of GPCRs with CRISPR/Cas9 Gene Editing Approaches" Bourque K, Devost D, Inoue A, Hébert TE. In: Tiberi M. (eds) G Protein-Coupled Receptor Signaling. Methods in Molecular Biology. 2019-04-11.

高感度バイオセンサー分子間BRETを利用したGPCRのコンフォメメーション・プロファイリングに、CRISPR/Cas9遺伝子編集技術を組み合わせて、Gタンパク質に依存/非依存のシグナル伝達機構を解き明かす法を考察

5. CRISPR-Cas9に対して核酸をベースとする小型の阻害剤を合理的に設計

[出典] "Rationally Designed Small Nucleic Acid-Based Inhibitors of CRISPR-Cas9" Barkau CL, O'Reilly D, Rohilla KJ, Damha MJ, Gagnon KT. Nucleic Acid Ther. 2019-04-16. [PMC https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6555185/]

CRISPR-SpCas9のDNAヘの結合を競合阻害する核酸配列 (anti-crRNA/-tracRNA/-PAM)を設計・評価し、 anti-PAMとanti-tracrの併用が相乗作用を生むことを見出し、さらに、anti-tracrを修飾することで、CRIAPR/SpCas9に対する阻害能を高め、また、ヒト細胞における阻害能の用量依存性をもたらし、核酸低分子によるCRISPR-SpCas9の活性調節を実現した。

6. CRISPR/Cas9により自己開裂するヘルパー依存性アデノウイルス (helper-dependent adenoviruses: HDAds)によりオフターゲット抑制をもたらすCas9活性の一時的活性化を実現

[出典] "Production of CRISPR/Cas9-mediated self-cleaving helper-dependent adenoviruses" Palmer DJ, Turner DL, Ng P. Mol Ther Methods Clin Dev. 2019-04-08.

CRISPR-Cas9の活性を一時的に留めることで、そのオフターゲット編集を抑制する試みがされている。
Baylor College of Medicineの研究グループは、Cas9を標的部位に誘導するsgRNA1と自身に向けるsgRNA2の２種類のsgRNAsを帯びたウイルスベクターと、ヘルパーウイルスベターからのμRNAとAcrIIA2/A4の発現によってCas9の活性を調節することで、Cas9活性の一時的発現を実現した(原論文 Figure 6参照）

7. CRISPRi によるペスト菌の機能ゲノミクスを実現

[出典] "Reversible Gene Expression Control in Yersinia pestis Using an Optimized CRISPRi System" Wang T [..] Du Z. Appl Environ Microbiol. 2019-04-12.

北京微生物流行病研究所と青海省風土病予防管理研究所の成果；バイオフィルム形成遺伝子 (hmsH)、低温ショックタンパク質遺伝子 (cspB)、病原性遺伝子 (yscBまたはail)を標的にノックダウンを実現し、想定された表現型を、HeLa細胞やマウスなどで確認し、ペスト菌の多数の機能未知遺伝子のハイスループット機能解析に弾みをつけた。

8. 北米のポピュラーなプレスはCRISPR技術をどのように報道しているか？

[出典] "CRISPR in the North American popular press" Marcon A, Master Z, Ravitsky V, Caulfield T. Genet Med. 2019-04-12.