[出典] "Metascape provides a biologist-oriented resource for the analysis of systems-level datasets" Zhou Y [..] Chanda SK. Nat Commun. 2019-04-03;Metascapeポータルサイト http://metascape.org;クイックガイド http://metascape.org/gp/index.html#/menu/quickguide
  • 生体システムの研究は、多様なオミックス・データセットにおける生物学的パスウエイとタンパク質複合体の偏りを見つけ出すことから始まる。そのためには、最新の広汎なバイオ・データベースと解析パイプラインを統合した上で、その生物学的意味をストレスなく把握できる形で解析結果を提供する情報環境が必要である。
  • Sanford Burnham Prebys Medical Discovery Institute、Genomics Institute of the Novartis Research FoundationおよびUCSDの研究グループは今回、いわゆる実験生物学者 (experimental biologists)を利用者と設定した情報環境、Metascpae (http://metascape.org/)、をNature Communicationsに発表した。
  • Metascapeはモデル生物10種類にわたる40種類を超えるデータセットを基盤として、機能エンリッチメント解析、インタラクトーム解析、遺伝子アノテーション検索、特定のGOタームなど一定の条件を満たすデータへの絞り込み (membership search)の機能の組み合わせを実現している。
  • [crisp_bio] Metascapeの解析ワークフローの概要図をFig. 1から引用した左下図の左側に表示し、その右側にMetascapeに用意されている遺伝子IDsサンプルデータの入力から解析開始までのWeb画面キャプチャを配置し、右下図にサンプルデータ解析結果をパワポイントファイル形式でダウンロードしたファイルからの一部コピーを提示した。
Metascpae 1 Metascape 2
Metascape 4 Metascape 3
  • 今回の報告には、解析結果の可視化ツールの利用動向もFig. 5に紹介されている (左上図参照)
  • 研究グループが検証した25のバイオデータ解析ポータルサイトの60%で、それぞれの基盤データベースが1年以上更新されていなかった。Metascapeでは、Fig. 4から引用した右上図にあるワークフローにて半自動で毎月更新している。
  • Metascapeの大きな特徴の一つが、複数の遺伝子リストの解析を同時に実行可能な点である (同時実行可能な遺伝子リストの数にはソフトウエアからの制限は無いが、使用可能なメモリーと計算時間で制限される)。論文ではインフルエンザウイルスに関する3つの独立したデータセットからの3種類の遺伝子リストを同時解析した結果が紹介されている (FIg. 3から引用した下図参照)Metascape 5