(創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/11/03)
  • Corresponding author: Chad Creighton (Baylor College of Medicine/U. Texas MD Anderson Cancer Center)
  • 非小細胞肺癌 (NSCLC)は、病理上、遺伝的かつ細胞レベルでも多様性を示す疾患である。組織学的には、その〜50%が肺腺癌(lung adenocarcinoma, 以下 AD)、〜40%が肺扁平上皮癌(squamous cell carcinoma、以下 SQCC)である。ADsとSQCCsは、薬剤応答性や遺伝子発現プロファイルも異にし、ADまたはSQCCがさらに特徴と異にするサブタイプに分かれている。
  • TCGA (The Cancer Genome Atlas)が完成したことで、分子レベルで極めて多様な様相を示す非小細胞肺癌 (NSCLC)の全体像を、TCGA NSCLCコホートに基づいて捉えることが可能になった。研究チームは今回、TCGAの非小細胞肺癌1023件(肺腺癌(AD)プロジェクト由来の519件と肺扁平上皮癌(SQCC)プロジェクト由来の504件)の全エクソームシーケンシング、一塩基アレイによるDNAコピー数、RNA-seq、マイクロRNA-seq、DNAメチル化アレイ、およびReverse Phase Protein Array (RPPA)のデータを、クラスター解析し、外部のPROSPECT (Profiling of Resistance patterns and Oncogenic Signaling Pathways in Evaluation of Cancers of the Thorax) NSCLCのデータセットとも比較した。
  • DNAメチル化、DNAコピー数、mRNA発現、microRNA発現およびタンパク質発現のそれぞれのプラットフォームでのクラスター分析を’cluster-of-clusters analyses’(COCA)解析し、NSCLCに9種類のサブタイプを定義可能なことを見出した。その中には、PDL1PDL2を含む数種類の免疫チェックポイント遺伝子を発現し、免疫チェックポイント阻害剤が有効と推定されるサブタイプが含まれていた。
  • 各サブタイプの分子レベルの特徴から、遺伝子変異だけから癌に関与するパスウエイレベルでの変異と腫瘍微小環境の影響を判定することが困難であり、NSCLCの精密医療には、各サブタイプを特徴づける複数の遺伝子の変異を特定する必要がある。
  • [注] 関連情報資源:The Cancer Proteome Atlas - Enable Scientific Discovery through Functional Proteomics