CRISPRメモ_2019/06/19-2 (6件) : crisp

8. CRISPR/Cas9を介したマイクロホモロジー媒介末端結合 (MMEJ)修復に基づくマラリア原虫のスポロゾイト表面タンパク質CSP欠損変異体の作出と機能解析

[出典] "Generation and functional characterization of Plasmodium yoelii csp deletion mutants using a microhomology-based CRISPR/Cas9 method" Xu R [..] Su XZ, Li J. Int J Parasitol 2019-06-13.

厦門大学と米国NIAID/NIHの研究グループが、DSBのNHEJ修復に必要なタンパク質を欠損しているマラリア原虫P. yoelii において、MMEJを介してCSPの中央部の反復配列 (CSP-CRR)の一部をサイズを変えて欠損させる実験を行なった。その結果、CSP-CRRの大規模な削除に限りP. yoeliiに発育不全をもたらすことを見出した。
マラリア原虫遺伝子編集関連crip_bio記事：2019-05-09 モデルマラリア原虫のステージ特異的遺伝子編集を、リボザイムとPol IIを介したsgRNA発現により実現

9. CRISPR/Cas9による病原性原虫牛バベシアのゲノム編集

[出典] "Genome Editing of Babesia bovis Using the CRISPR/Cas9 System" Hakimi H, Ishizaki T, Kegawa Y, Kaneko O, Kawazu SI, Asada M. mSphere 2019-06-12.

長崎大学と帯広畜産大学の研究グループは今回、CRISP/Cas9により、これまで困難であった牛バベシアの機能ゲノミクスが可能であることを実証した。

10. ニコチン生合成経路を標的とするCRISPR-Cas9遺伝子編集により、ニコチンフリーで外来遺伝子フリーなタバコを作出

[出典] "Nicotine-free, Non-transgenic Tobacco (Nicotianatabacuml.) Edited by CRISPR-Cas9" Schachtsiek J, Stehle F. Plant Biotechnol J 2019-06-17.

TU Dortmund Universityは今回、ニコチン生合成の最終段階である酸化過程を触媒するベルベリン架橋酵素様 ( berberine bridge enzyme-like: BBL)フラボタンパク質をコードする遺伝子ファミリー (BBLa, BBLc, BBLd.2, BBLb, BBLd.1, BBLe)を、すべてに共通な配列を標的とする単一のsgRNAに基づくCRISPR-Cas9遺伝子編集により同時にノックアウトすることで、表題を実現した

11. SpCas9-VQRとSpCas9-EQRはシロイヌナズナ遺伝子編集実験に有用である

[出典] "Developing heritable mutations in Arabidopsis thaliana using a modified CRISPR/Cas9 toolkit comprising PAM-altered Cas9 variants and gRNAs" Yamamoto A, Ishida T, Yoshimura M, Kimura Y, Sawa S. Plant Cell Physiol 2019-06-14.

熊本大学の研究チームは今回、PAMを拡張したSpCas9改変体 (*)、SpCas9-VQR (PAM配列：NGANまたは NGNG)と SpCas9-EQR (PAM配列：NGAG)によるシロイヌナズナ遺伝子編集を比較評価した。
SpCas9改変体はいずれも改変PAMに対応したsgRNAsによって、標的遺伝子のCLV3とAS1に効率的に変異を誘導し、誘導された変異は継代された。
(*) 2018-01-17 [PDIS]Cas9への変異導入によってPAMの拡張が可能になる構造基盤

12. CRISPR-Cas9遺伝子編集はキャサバを病原性ウイルス感染から保護できるのか保護できないのか。

[出典] NEWS AND VIEWS "CRISPR–Cas9 strikes out in cassava" Rybicki EP. Nat Biotechnol 2019-06-13.

植物病原性DNAウイルスであるジェミニウイルス科の一種キャッサバモザイク病ウイルス (African cassava mosaic virus: ACMV)は、特に、アフリカ大陸の壊滅的な飢饉を引き起こし、ACMV抵抗性のキャサバに感染するより病原性が高い株も発生している。
ETH ZurichのD Mehtaらを中心とする研究グループは、ACMVがCRISPR-Cas9遺伝子編集に対しても耐性を獲得することを発見し、"CRISPR-induced virus evolution"の警鐘を鳴らした (Ref 1)。
これに対してUniversity of Cape TownのE. P. Rybickiは今回、その8週間という長期にわたる解析とディープシーケンシングによる変異ACMVゲノム解析を評価しつつも、他のレビューや報告 (Ref 2, 3)しながら結論に対して疑問を呈し、少なくとも"CRISPR-induced virus evolution"をジェミニウイルス全体に敷衍するのは不適切とした。

　参考資料

Ref1: CRISPR-Cas9遺伝子編集がウイルスの進化を誘導する (“CRISPR-induced virus evolution”)： "Linking CRISPR-Cas9 interference in cassava to the evolution of editing-resistant geminiviruses" Metha D [..] Vanderschure H. Genome Biol 2019-04-25 (bioRxiv 2018-05-04)；CRISPRメモ_2018/05/05 [第4項目] キャッサバに感染するモザイク・ウイルスの33~48%が、CRISPR-Cas9によるゲノム切断に対する耐性SNPを生成する
Ref 2: 植物免疫工学：CRISPR/Cas9によってウイルス抵抗性を付与する：“Engineering Plant Immunity: Using CRISPR/Cas9 to Generate Virus Resistance.” Zaidi SS, Tashkandi M, Mansoor S, Mahfouz MM. Front. Plant Sci 2016-11-08.
Ref 3 "Simultaneous CRISPR/Cas9‐mediated editing of cassava eIF4E isoforms nCBP‐1 and nCBP‐2 reduces cassava brown streak disease symptom severity and incidence" Gomez MA, Lin ZD [..] Bart RS. Plant Biotechnol J 2018-07-18.

13. [レビュー] 糸状菌研究へのCRISPR/Cas9技術展開の進展と課題

[出典] REVIEW "Progress and challenges: Development and implementation of CRISPR/Cas9 technology in filamentous fungi" Wang Q, Coleman JJ. Comput Struct Biotechnol J 2019-06-13.