1.  [プロトコル] i-GONAD
[出典] "Creation of CRISPR-based germline-genome-engineered mice without ex vivo handling of zygotes by i-GONAD" Gurumurthy CB [..] Ohtsuka M. Nature Protocol. 2019-07-24.
  • 東海大、University of Nebraska Medical Center (UNMC)、鹿児島大、東農大、浜松医科大、重井医学研ならびに防衛医科大の研究グループが、2018年にGenome Biology誌に発表したi-GONAD法の詳細プロトコルである。また、i-GONADは、東海大、UNMC、鹿児島大ならびに東農大の研究グループが、2015年にScience Report誌に発表したGONAD (Genome-editing via Oviductal Nucleic Acids Delivery)の改良版に相当する。
  • GONADは、卵管にCRISPRシステムをエレクトロポレーションすることで、受精卵の回収、CRISPRシステムの受精卵へのマイクロインジェクション、注入受精卵の偽妊娠マウスへの移植の3つの過程を不要とした簡便なゲノム編集技術として誕生した。i-GONADではエレクトロポレーションする時期を、GONADのE1.5胚からE0.7胚に変更。
  • [i-GONADD紹介crisp_bio記事] CRISPRメモ_2018/03/04 [第1項] i-GONAD:CRISPRヌクレアーゼによる安定したin situ生殖細胞ゲノム編集法
2. ヒストンシャペロンFACT複合体がCas9とdCas9の標的からの遊離を促しCas9/dCas9によるゲノム編集に影響する
[出典] "The histone chaperone FACT induces Cas9 multi-turnover behavior and modifies genome manipulation in human cells" Wang AS [..] Com JE. bioRxiv 2019-07-23.
  • UC BerkeleyとHarvard Medical Schoolの研究グループが近接依存性標識法により、アフリカツメガエル卵抽出液中で、FACT (facilitates chromatin transcription)を免疫除去すると、基質DNAに結合したCas9/dCas9の基質からの遊離を強力に阻害し、Cas9の活性をマルチ・ターンオーバーからシングル・ターンオーバーに変えることを見出した。
  • ヒト細胞では、FACTをノックダウンするとテンプレートに基づくHDRが阻害され、NHEJを介したindelsが増加した。また、FACT欠損はCRISPRa (dCas9-p300)を介したヒストンアセチル化を7倍にまで亢進したが転写活性化は亢進しなかった。い方で、FACTのノックダウンによって、CRISPRi (dCas9-KRAB)を介したヒストンメチル化と共にKRABを転写開始点周辺に局在させた場合の転写抑制作用が亢進した。
3. プトトリキア属におけるCRISPR-Cas13aシステムは多様である
[出典] "Composition and Diversity of CRISPR-Cas13a systems in the genus Leptotrichia"
Watanabe S [..] Cui L. bioRxiv 2019-0-22.
  • 標的RNAsの切断とともにRNAsの無差別切断の活性も帯びているCas13a (C2c2)は、Leptotrichia shahii 発見されたが、自治医科大学と鳥取大学の研究グループは今回、Leptotrichia株11種類の全ゲノムを解読し、公開されている18種類の株のゲノムとあわせて解析し、CRISPR-Cas13aおよびその他のCRISPR-Casシステムの存在とその多様性を同定した。
  • I-B (10, 34.4%), II-C (1, 2.6%), III-A (6, 15.4%), III-D (6, 15.4%), III-like (3, 7.7%) およびVI-A (11, 37.9%)が存在 (カッコ内はゲノム数と割合)し、8株 (20.5%)にはCRISPR-Casシステム見られず;L. shahiiに対するアミノ酸配列の相同性は61 ~ 90%の範囲に分散;のべ400種類のスペーサのうち2種類の株で共有されているスペーサは僅か2種類 (0.5%)
4. ニューロン内在タンパク質のエピトープ・タギングを実現するCRISPR/Cas9ゲノム編集ツールボックスORANGE (Open Resource for the Application of Neuronal Genome Editing)
[出典] "ORANGE: A CRISPR/Cas9-based genome editing toolbox for epitope tagging of endogenous proteins in neurons" Willems J, de Jong APH, Scheefhals N, MacGillavry HD. bioRxiv 2019-07-19.
  • Utrecht U.の研究チームは今回、HITI法に基づいてORANGEを開発し、超解像顕微鏡と組み合わせて、神経シグナル伝達分子、シナプス足場タンパク質および神経伝達物質受容体の局在と動態をナノスケールの精度で明らかにした。
  • pORANGEの構成:U -  gRNA - donor DNA - CMV | β-actin - SpCas9;gRNAはtarget sequence, scaffoldおよびtermination sequence;donor DNAはノックインする蛍光タグ配列をPAMと標的配列のペアで挟み込んだ構成
5. [レビュー] 分子動力学シミュレーションによるCRISPR/Cas9の分子機構解明の動向
[出典] REVIEW "Molecular simulations have boosted knowledge of CRISPR/Cas9: A Review" Ray A, Di Felice R (UCLA). arXiv:1904.06375v2  2019-06-24.

6. 学部学生研究プロジェクト:CRISPR-Cas9遺伝子編集技術によるシロイヌナズナの遺伝子機能解析
[出典] "An Undergraduate Research Project Utilizing CRISPR-Cas9 Gene Editing Technology to Study Gene Function in Arabidopsis thaliana" Ruppel NJ, Estell LE, Jackson RI, Wolyniak MJ. J Microbiol Biol Educ. 2019-06-28.
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