1. ウイルスと混同されたこともある極少なバクテリア (モリクテス)におけるCRISPR/Cas9システムの起源は多重であり独特な進化をしてきた
[出典] Multiple Origins and Specific Evolution of CRISPR/Cas9 Systems in Minimal Bacteria (Mollicutes). Ipoutcha T [..] Sirand-Pugnet P. Front Microbiol. 2019-12-21.
 U. de Bordeaux、U. de Toulouse、Anglia Ruskin U.およびU. of Londonの研究グループは今回、CRISPR/Casシステムを帯びたバクテリアの中で最小のゲノムで構成されているモリクテス綱の52種類の代表的なバクテリアから21種類において、完全または劣化したタイプII-Aシステムと、頻度は低いがタイプII-Cシステムを同定した。
 CRISPR/Casシステムの起源について、進化系統解析から、マイコプラズマ科バクテリア全てに共通な起源と、スピロプラズマ科バクテリアに少なくとも2種類の起源を推定し、Cas9の構造、crRNA/tracrRNAハイブリットの構造、CRISPRスペーサとファージとの関係なども分析した。

2. Cas13aによる蚊の遺伝子サイレンシング
[出典] Programmable CRISPR interference for gene silencing using Cas13a in mosquitoes. Kulkarni A [..] Xu J. bioRixv. 2019-11-18.
 Mexico State Universityの研究グループがLwaCas13aとcrRNAの胸腔内注入により、ガンビエハマダラカとネッタイシマカにおいて、それぞれ、ビテロゲニン (Vg)遺伝子とCOPI遺伝子のサブユニットのノックダウン、および、多重 (Cactus; CasparまたはCactus; COPI)ノックダウンを実現した。

3. ヒト細胞におけるDNA損傷応答関連遺伝子マッピング 
[出典] A genetic map of the response to DNA damage in human cells. Olivieri M [..] Durocher D. bioRxiv. 2019-11-18.
 Mount Sinai Hospital、University of Torontoなどの研究グループが、不死化ヒト二倍体細胞株 (RPE-1 hTERT)において、放射線や抗癌剤を含む25種類の遺伝毒性物質について、28回のゲノムスケールCRISPR/Cas9ドロップアウト・スクリーンを繰り返し、その欠損がそれぞれの遺伝毒性物質に対する感受性または耐性をもたらす遺伝子840種類を同定した。

4.  ショートリードから結核菌群 (MTC)におけるCRISPR遺伝子座を正確に再構成する
[出典] Exhaustive reconstruction of the CRISPR locus in Mycobacterium tuberculosis complex using short reads. Guyeux C, Sola C, Refrégier G. bioRixv. 2019-11-16
 特定のMTC内の結核菌の多様性判定にCRISPR遺伝子座のデータが有用であるが、公開されているゲノムアセンブリーにアノテーションされているCRISPR遺伝子座の3分の1の配列に誤りがある。 Univ. Bourgogne France-Comté とUniversité Paris‐Saclayは、in silicoの手法を新たに開発して、ショートリード (イルミナの生データ)からのCRISPR遺伝子座を正しく再構成した。再構成したCRISPR遺伝子座の特徴を別途投稿予定。

5. ヒト慢性骨髄性白血病由来K562細胞株において、Cas13aにより、 BCR-ABL融合転写物のノックダウンを実現
[出典] Effective downregulation of BCR-ABL tumorigenicity by RNA targeted CRISPR-Cas13a. Singh A, Bhatia P. bioRxiv. 2019-11-16.
Oxford MinIONによるcDNAシーケンシングの結果、RNAを標的とするCas13aにより、ストップコドン、フレームシフトおよび塩基置換がそれぞれ19.15%、10.64%および27.22%の確率で発生し、残る57.45%は野生型のままであることを同定した。

6. CRISPR/Cas9を介した飽和突然変異誘導により、RNAの配列と構造がADARによるA-to-I RNA編集の効率と特異性に影響を及ぼす機構を探った
[出典] Learning cis-regulatory principles of ADAR-based RNA editing from CRISPR-mediated mutagenesis. Liu X, Sun T,  Shcherbina A [..] Kundaje A,  Li JB.bioRxiv. 2019-11-14
 Stanford UniversityがCRISPR/Cas9によりADARによるRNA編集の機械学習モデルを構築し、RNAの配列と構造が相乗的に編集レベルに影響を与えることを示した。
7. 多能性幹細胞における必須エンハンサーをCRISPR-Cas9スクリーンにより同定
[出典] Defining Essential Enhancer for Pluripotent stem cells using Features Oriented CRISPR-Cas9 Screen. Wang HF, Warrier T [..] Xu J, Lim TM, Loh YH. bioRxiv. 2019-11-12
 A*STAR Institute of Molecular and Cell Biology, National University of Singaporeなどを主とする研究グループは今回、OCT4が結合したシスエレメント (Cis Regulatory Elements; CREs)のFeatures Oriented CRISPR Utilized Systematic (FOCUS)スクリーンにより、235種類のCREs候補の中から、マウスES細胞の多能性維持に必須なエンハンサーとして16種類のCREsを同定した。続いて、RNA-seqとゲノムの4C-seqにより、CREs間の複雑なネットワークと、mESCsの成長と自己複製を支える下流の標的遺伝子群を同定した。さらに、必須エンハンサーCRE111とその標的のLrrc31が、LIF-JAK1-STAT3シグナル伝達過程を調節する重要なスイッチを形成することを同定した。

8. 第61回米国血液学会議年会 (61st ASH Annual Meeting)アブストラクト集 (Blood 2019-11-13, Vol 134, Supplement_1 https://ashpublications.org/blood/issue/134/Supplement_1)から
  1. Understanding Pre-Leukemia in Trisomy 21 Human HSC and Modeling Progression Towards Down Syndrome Associated Leukemia Using CRISPR/Cas9 at Single Cell Resolution. 
  2. CRISPR/Cas9-Targeted De Novo DNA Methylation Is Maintained and Impacts the Colony Forming Potential of Human Hematopoietic CD34+ Cells
  3. A CRISPR/Cas9 Library Screen in Patients' Leukemia Cells In Vivo
  4. Exome Sequencing of Relapsed Multiple Myeloma Combined with Pooled CRISPR/Cas9 Screens Identifies Gene Mutations Associated with Drug-Specific Resistance
  5. Studying the Role of ETV6 in Megakaryopoiesis and Thrombopoiesis Using a Novel CRISPR-Cas9 Halotag Genome Editing Strategy
  6. A CRISPR/Cas9-Generated Murine Model Reveals Cooperation between BCR Signaling and CDKN2A/2B and TP53 Disruption in Richter Syndrome
  7. Identification of Novel Synthetic Lethal Partners of NAMPT Inhibitor By CRISPR-Cas9 Screens in Acute Myeloid Leukemia
  8. CRISPR/Cas9 Mediated ELANE Knock-out Restores Survival and Granulocytic Differentiation of HL60 Cells Expressing Mutant Neutrophil Elastase: Is Neutrophil Elastase a Dispensible Granulocyte Protease?
  9. Efficient Correction of ELANE mutations in Primary HSPCs of Severe Congenital Neutropenia Patients Using CRISPR/Cas9 and rAVV6 HDR Repair Templates