1. Cas9の標的DNAと相同組み換え修復用テンプレートの双方にニックを入れる'in trans paired nicking'の手法のさらなる検証
[出典] Expanding the editable genome and CRISPR–Cas9 versatility using DNA cutting-free gene targeting based on in trans paired nicking. Chen X, Tasca F [..] Gonçalves MAFV.
 Leiden University Medical Centerを主とする研究グループが、先行研究 [1-2] で精密な遺伝子編集を可能とする手法として提示された表題手法について、ハプロ不全を示す遺伝子や必須遺伝子を対象とした場合について検証し、DSBを介した遺伝子編集に対して変異原性が低く大規模な転座も誘導せず精密な遺伝子編集が可能であり、細胞のフィットネスにほとんど影響しないことを確認した。
[参考crisp_bio記事] 1. CRISPRメモ_2017/09/23_技術開発 [第2項] 標的DNAとHR用テンプレートDNAに同時にニックを入れることで、二本鎖切断を介さずシームレスなゲノム編集を実現. 2. CRISPRメモ_2017/12/27-2 [第12項] 二本鎖DNA切断を経ない精密かつ高効率な遺伝子編集の新たな手法

2. [レビュー] CRISPR-Cas9は癌の精密医療の実現に強力なツールを提供する
[出典] [REVIEW] CRISPR-cas9: a powerful tool towards precision medicine in cancer treatment. Xing H, Meng LH . Acta Pharmacol Sin. 2019-12-02.
 中国科学院上海薬物研究所の研究チームによる創薬標的とバイオマーカの同定と薬剤耐性発生機構解明など、個別化医療の研究開発に役立つCRISPR-Cas9による偏りの無いスクリーニングをレビュー。

3. 新奇Il2rgノックアウトマウスをCRISPR-Cas9遺伝子編集により作出
[出典] Generation of Novel Il2rg-Knockout Mice with Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats (CRISPR) and Cas9. Byambaa S, Uosaki H, Hara H, Nagao Y, Abe T, Shibata H, Nureki O, Ohmori T, Hanazono Y. Exp Anim. 2019-12-04
 X連鎖重症複合免疫不全症 (X-SCID)患者の大半のIL2RG遺伝子に点変異を見られる。一方で、Il2rgノックアウトマウスがX-SCIDの病態を再現するが、前述の点変異は再現されていない。
 自治医科大学の研究グループはマウスにおいて、Il2rgのエクソン2, 3または4を標的とするCRISPR-Cas9遺伝子編集により、エクソン2に7塩基欠損、エクソン3と4にそれぞれ1塩基挿入を帯びたマウスを得た。
 IL2RGタンパク質の発現は、エクソン3/4の変異マウスのT細胞には見られなかったが、エクソン2変異マウスでは発現が見られ、CRISPR-Cas9による効率的なindels誘導が実証された一方で、遺伝変異が必ずしも表現型改変につながらないことも示された [関連crisp_bio記事: 2019-07-28  CRISPR-Cas9ノックアウト実験は必ずしもタンパク質のノックアウトまでは意味しない]。

4. CRISPR/Cas9遺伝子ノックアウとにより、ファブリー病モデルiPSCsを樹立
[出典] Generation of a GLA knock-out human-induced pluripotent stem cell line, KSBCi002-A-1, using CRISPR/Cas9. Kim YK, You JH, Min SH, Park SW. Stem Cell Res. 2019-12-04
 韓国 Daegu-Gyeongbauk Medical Innovation Foundationの研究チームが、正常なヒトiPSCs (hFSiPS1)のα-ガラクトシダーゼ遺伝子 (GLA)をノックアウトし、表題のGLA-KO hiPSCsを樹立。

5. CRISPR-Cas13ファミリの中で、Cas13dが植物RNAウイルスに最も効果的に干渉する
[出典] CRISPR-Cas13d mediates robust RNA virus interference in plants. Mahas A, Aman R, Mahfouz M. Genome Biol. 2019-12-02.
 King Abdullah University of Science and Technologyの研究グループが、Leptotrichia wadei (LwaCas13a)、Bergeyella zoohelcum (BzCas13b)とPrevotella sp. P5-125 (PspCas13b)およびRuminococcus flavefaciens XPD3002 (Cas13d, 論文中では専らCasRxと表記 [*])のRNAウイルスに対する干渉活性をNicotiana benthamianaにおいて比較し、表題結論に至った。
[*] 2018-03-17 これまでで最小かつヒト細胞で活性なCas13dの同定と解析2報(Salk研;Arbor Biotechnologies/NCBI)

6. GusAIdgSの2種類のレポータ遺伝子を利用することで、CRISPR/Cas9ゲノム編集を施した放線菌の選別とプラスミド除去を効率化
[出典] Dual-function chromogenic screening-based CRISPR/Cas9 genome editing system for actinomycetes. Wang Q [..] Zhang L, Müller R, Fu C. Appl Microbiol Biotechnol. 2019-12-02
 中国科学院微生物研究所、Helmholtz Institute for Pharmaceutical Research Saarlandなどの研究グループが、Streptomyces coelicolor M145からの単一遺伝子およびVerrucosispora sp. MS100137からの小規模な (5.5 kb)遺伝子クラスタと大規模な (61 kb)遺伝子クラスタの削除で表題を実証

7. [レビュー] 植物細胞におけるゲノム配列追跡を可能とするCRISPR/Cas9可視化技術「」
[出典] [REVIEW] Application and prospects of CRISPR/Cas9-based methods to trace defined genomic sequences in living and fixed plant cells. Khosravi S, Ishii T*, Dreissig S, Houben A. Chromosome Res. 2019-12-03.
 「CRISPR/Cas9技術に基づく新たなDNA in situ可視化法"RGEN-ISL"」を開発し2019年3月にNew Phytologist誌に発表したLeibniz Institute of Plant Genetics and Crop Plant Researchの研究チーム (*現 鳥取大学)による植物の生細胞および固定細胞における特定のゲノム配列の可視化追跡手法を、CRISPR-Cas9技術に焦点をあててレビュー

8. ACE: CRISPR-Cas9負の選択スクリーンにおいて、各遺伝子の必須性を算定する
[出典] ACE: A Probabilistic Model for Characterizing Gene-Level Essentiality in CRISPR Screens. Hutton E,  Siepel A. bioRxiv. 2019-12-08.
 # 論文タイトルにある'ACE'はAnalysis of CRISPR-based Essentialityに由来する。
 CRISPR-Cas9スクリーンによる遺伝子の必須性はこれまで専ら、スクリーン前とスクリーン後のsgRNAsのシーケンシング・リードの比 (fold change)から一定の閾値で、必須か否かが判定されてきた。CSHLの研究チームは、この要約統計量に基づく判定法では、細胞株ごとに変動する遺伝子の必須性を識別できないとして、確率モデル (階層ベイズモデル)に基づく遺伝子の必須性の算定を可能にするACEを開発した。

9. タイプIV-A CRISPR-CasシステムがプラスミドDNAをin vivoで切断することを初めて同定
[出典] A Type IV-A CRISPR-Cas System in Pseudomonas aeruginosa Mediates RNA-Guided Plasmid Interference In Vivo. Crowley VM [..] Jackson RN. CRISPR J. 2019-11-27
 タイプIV-Aステムについてこれまで、主として配列解析から、ヘリカーゼやエンドヌクレアーゼを帯びた複合体の形成やcrRNAの生合成、およびcrRNAにガイドされた標的の認識の機能が推定されてきたが、その活性は確認されていなかった。Utah State UniversityとUCSFの研究グループは、データベース検索から発見したP. aeruginosa PA83由来のタイプIV-A CRISPR-Casシステムが、crRNAにガイドされて表題活性を示すことを、E. coli細胞で同定した。

10. Cas12aによるC. glutamicumの機械受容チャネルMscCGのアミノ酸置換とその利用
[出典] CRISPR/Cas12a mediated genome editing to introduce amino acid substitutions into the mechanosensitive channel MscCG of Corynebacterium glutamicum. Krumbach K, Sonntag CK, Eggeling L, Marienhagen J. ACS Synth Biol. 2019-12-02.
 Cas12aを介した塩基編集によりアミノ酸生産菌として知られるC. glutamicumのMscCGのアミノ酸変異ライブラリーを作出・評価し、L-グルタミン酸のエクスポートを促進する機能獲得変異を同定。