[出典] Vast diversity of anti-CRISPR proteins predicted with a machine-learning approach. Gussow AB [..] Koonin EV. bioRxiv. 2020-01-24.
  • NCBIのKooninらに、UCSFのBondy-Denomy [1]が加わった研究グループの成果
 抗-CRISPRタンパク質 (Acr)の予測はこれまで主として、anti-CRISPR-associated(aca)遺伝子 [2]を手がかりとするか、または、自身のゲノムを標的とするスペーサを手がかりとして、探索され、発見されてきた。後者は、そうした宿主は内在CRISPR-Casシステムを抑制するAcrも内在することで、生存してきたという想定に基づいた発想である。しかし、既知のAcrsは小型で配列が極めて多様であり、また、抗-CRISPR以外の機能が知られていないため他のタンパク質との判別が難しいことから、Acrsの大規模探索は困難であった。

 研究グループは既知のAcrsの特徴 (原論文Table. 1参照)をもとに、1,000本の決定木からなるランダムフォレスト・モデルを構築し、ヒューリスティックなフィルタリング (原論文Table. 2参照)を経て表題のセットを同定し、その中で、最もAcrらしい候補について抗-CRISPR活性を帯びていることを確認し、AcrIIA12とした。Acrsの配列とアノテーションはデータベースとしてhttp://acrcatalog.pythonanywhere.com/  から公開した [画面キャプチャー下図参照]。Acr catalog
[引用crisp_bio記事]
  1. 2019-12-11 ジャンボファージは殻にこもることでCRISPR-Casシステムから身を守るがタイプIII-Aには捕捉される (2報) 採録2論文のうち[出典1]の責任著者 
  2. 2019-08-30 anti-anti-CRISPR: ファージのAnti-CRISPRタンパク質(Acr)を、ファージのAcaタンパク質が抑制する:"... Acrタンパク質をコードするacr遺伝子のほとんどが、ヘリックスターンヘリックス (HTH)モチーフを帯びたタンパク質をコードする保存性の高いanti-CRISPR-associated(aca)遺伝子に隣接している。このことから、aca遺伝子は、ゲノム配列からのacr遺伝子探索の手がかりとして利用されている。..."