[crisp_bio注]「CRISPRメモ」を文献リストとしては維持しつつ、簡略化を模索中です。コメントよろしくお願い致します。なお、現時点でも「CRISPRメモ」はCRISPR関連論文の悉皆的リストとはなっておりません。

[crisp_bio注] 第2項と第3項は2019年論文と2017年論文が対象

1.  FnCas12aのgood gRNAとbad gRNA
[出典] Good guide, bad guide: spacer sequence-dependent cleavage efficiency of Cas12a. Creutzburg SCA [..] der Oost JV.  [Wageningen U.とU. Copenhagen] Nucleic Acids Res 2020-01-28
 FnCas12aの活性はcrRNAの2次構造に左右される; E. coli in vivoでのアッセイ系で測定; 効率的ターゲッティングにはgRNA (crRNA)と標的鎖の間の19-ntの結合で十分; gRNA20th-ntからの3'末端の設計により非効率なgRNAを高効率なgRNAに改変可能 (Figure 5引用下図参照)bad & good gRNA
[参考] Cas12a (Cpf1)活性のin silico予測
  • CRISPRメモ_2019/06/19-1 [第3項] 深層学習によりCRISPR-Cpf1のオンターゲット編集活性とオフターゲット編集発生を予測
  • CRISPRメモ_2018/02/04 [第3項] CRISPR-Cpf1 gRNA活性予測精度を、深層学習(deep learning)により向上
2. iRS細胞からiPS細胞への再プログラム過程可視化
[出典] Visualization of sequential conversion of human intermediately reprogrammed stem cells into iPS cells. Teshigawara R, Hirano K, Nagata S, Huang D, Tada T [京大]. Genes Cells. 2019 Oct;24(10):667-673. Online 2019-09-01
 OCT4, TDGF1およびE‐CADHERINをマーカ遺伝子として単一細胞マイクロアレーにより再プログラムに伴う遺伝子発現プロファイルの変化を追跡; OCT4関連75遺伝子の中から、LIN28 (LIN28A)とFOXO1をCRISPR/Cas9で標識し可視化し、OCT4が両者の活性化に必須と同定

3. ATAC-seqからミトコンドリアDNA (mt-DNA)由来リードを低減
[出典] Reducing mitochondrial reads in ATAC-seq using CRISPR/Cas9. Montefiori L [..] Nobrega M, Jo Sakabe N. [U. Chicago, Duke U.] Sci Rep. 2017-05-26. 
 ATAC-seqサンプル由来のリードの~20-80%はmtDNA; CRISPR/Cas9によるmtDNA切断を介してmtDNAシーケンシングの無駄を無くしATAC-seqを効率化