1. [レビュー] 1981年に初めて定義されたエンハンサー、2021年の定義が必要とするいう思いを込めたレビュー
[出典] Towards a comprehensive catalogue of validated and target-linked human enhancers. Gasperini M, Tome JM, Shendure J. Nat Rev Genet. 2020-01-27 [9ページ/244文献].
- ヒトゲノム内のエンハンサーを同定、検証そしてまたは特徴づける多彩な技術の最新動向をレビューし、レポータを利用したアッセイ、生化学的測定およびCRISPRスクリーンからの多相かつ相補的なデータを包含するエンハンサーの定義をもたらすフレームワークを提案
- Table 1に、表題手法16種類について利点と弱点がまとめられている。CRISPR技術については、単一遺伝子のスクリーンと、トランスクリプトームを対象とするCRISPRスクリーンの2種類の手法として取り上げられている。
- テキスト中ではCRISPR ko/i/a; scRNA-seqとの組み合わせ(Perturb-seq; CRISP-seq; CROP-seq; Mosaic-seq)が取り上げられている。
- (*)関連crisp_bio記事: 2019-06-05 scMAGeCK：CRISPRスクリーンとscRNA-seqの結果から多重なフェノタイプと相関する遺伝子群を同定; CRISPR関連文献メモ_2016/12/19 - Perturb-seq, CRISP-seq, CROP-seq
2. インターロイキン-1の刺激がもたらすクロマチン・アクセシブリティー・ランドスケープの変化
[出典] Dynamic chromatin accessibility landscape changes following interleukin-1 stimulation. Barter MJ, Cheung K, Falk J [..] Young DA. [Newcastle U.] bioRxiv 2020-01-30
- IL-1の刺激により開くクロマチン領域とそこに結合する転写因子をATAC-seq, モチーフ探索およびChIP-seqで絞り込み、遺伝子発現調節機能をCRISPR KOとCRISPRaで同定
3. 植物ゲノム編集に最適なgRNA設計支援ツールを開発することが必要である - 動物実験に基づくツールは不適
[出典] Are the current gRNA ranking prediction algorithms useful for genome editing in plants? Naim F [..] Waterhouse PM. [Queensland U. Technologyなど] PLoS One 2020-01-24.
- 8種類のオンラインgRNA設計支援ツールを評価し、ランキング結果がほとんど整合せず、in vivo実験からの評価結果との間に有意な相関を見いだせなかった (Fig. 4 (C)引用下図参照)。
4. [レビュー] 神経科学における光遺伝学技術とヒトPSCからの脳オルガノイド技術の融合をテーマとするレビュー: 光によるCRISPR-Cas9の活性制御技術 (*)について1節を費やしている
[出典] New Pioneers of Optogenetics in Neuroscience. Somuncu ÖS, Berns HM, Sanchez JG. In: Advances in Experimental Medicine and Biology. 2020-01-26.
(*) 例示関連crisp_bio記事
- 2019-06-28 オンオフ可能な近赤外光スイッチを内蔵したCas9ナノシステム
- CrISPRメモ_2018/07/03 [第3項] 遠赤色光によるCRISPR-dCas9の活性化を介して遺伝子転写を誘導するFACE法を開発
- CRISPR関連文献メモ_2015/06/18 [第1項]東大佐藤研の二本垣裕太らによる光によるCas9活性制御
5. EUが"生殖細胞系列系の'遺伝的同一性'を改変する臨床試験を禁止したのを受けて、616編の文献を解析し、'遺伝的同一性'が多様な概念、場合によっては、相反する概念を示しているとし、'遺伝的同一性'の定義が必要と主張
[出典] Systematic scoping review of the concept of ‘genetic identity’ and its relevance for germline modification. Goekoop FM [..] Evans N [Amsterdam AMC] PLoS One 2020-01-24.
6. [特集号]CRISPRbabiesが提示した生殖細胞系列のゲノム編集の受け止めに関する考察
- Perspectives in Biology and Medicine, volume 63, number 1 (winter 2020)のプレプリント (2020-01-25 MUSE Webサイトから公開)
- Introduction to the Special Issue on CRISPR. Daley GQ*. [Harvard Medical School]: 著者はCRISPRbabiesが話題をさらったヒトゲノム編集第2回国際サミット (香港)の組織委員会委員の一人
- Commentary: code dread? Baer N [Harvard U] : "Now that we have the power to shape our own evolution, we must think long and hard about how we want to use it"
- Imperatives of Governance: human genome editing and the problem of progress. Hurlbut JB. [Arizona State U.]: "It is at our peril that we the people cede the authority to guide and govern our common future to those who would mistake the sweetness of their own success for progress"
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