2020-06-01 "コレクション"更新からタグの"機械学習-AI"の活用に移行
2020-02-04 初稿 CRISPRゲノム編集分野における機械学習利用に関するレビューに触発されたコレクション

ランダムフォレスト
  • CCS(Computational_CRISPR_Strategy) crisp_bio 2020-05-13 バーチャルCRISPRタイリング・スクリーンを開発し, p53依存性エンハンサー内において遺伝子発現活性化に決定的な領域を同定
  • crisp_bio 2020-03-19 Cas13dによるRNAノックダウンに最適なcrRNAsを超並列スクリーン結果に基づく機械学習モデルにより設計
    CUNECRISPRメモ_2019/02/28-1 [第3項] Base editor (BE)またはHDRを介した一塩基置換を支援するWebサービスCUNE
  • CRISTA: [ツイッター引用のみ] A machine learning approach for predicting CRISPR-Cas9 cleavage efficiencies and patterns underlying its mechanism of action. Abadi S, Yan WX, Amar D, et al. PLoS Comput Biol 2017;13(10):e1005807.
  • TUSCAN: CRISPRメモ_2018/04/25 [第3項] 高活性標的サイト同定プログラムTUSCANを開発
  • CRISPR-DT: CRISPRメモ_2018/02/28 [第7項] CRISPR-DT:CRISPR-Cpf1の編集効率と特異性を高めるgRNAsの設計
  • CRISPRpredCRISPRメモ_2017/08/08 [第4項] CRISPRpred: sgRNAsのオンターゲット活性を高効率で予測するツール
勾配ブースティング
  • SPROUTcrisp_bio 2019-07-30 初代T細胞のCas9編集結果を予測する機械学習モデル'SPROUT'を、大規模実験データに基づいて構築
  • Azimuth: CRISPRメモ_2018/01/16 [第2項] CRISPR gRNAsの設計に資するオフターゲット活性予測法"Elevation"を開発しクラウドサービスから公開
深層学習
  • crisp_bio 2020-05-14プール型CRISPR-Cas9スクリーンにより、ストレス顆粒レベルを調節するRNA結合タンパク質同定を実現する手法
  • CRISPRメモ_2019/06/19-1 [第3項] 深層学習によりCRISPR-Cpf1のオンターゲット編集活性とオフターゲット編集発生を予測 (DeepCpf1と命名)
  • DeepCas9CRISPRメモ_2019/05/17-1 [第1項] SpCas9活性の深層学習モデルDeepCas9
  • crisp_bio 2018-11-08 機械学習モデルにより一塩基編集技術を磨く -  ディープラーニングに基づくモデルにより、NHEJ/MMEJを介した1-bp挿入と病因変異修復を実現 (inDelphi)
  • crisp_bioに未収録: off_target_prediction: Off-target predictions in CRISPR-Cas9 gene editing using deep learning. Lin J, Wong KC. Bioinformatics 2018-09-01
  • DeepCRISPRCRISPRメモ_2018/07/02-1 [第7項] DeepCRISPR:深層学習によるCRISPR gRNAの最適設計
  • DeepCpf1: CRISPRメモ_2018/02/04 [第3項] CRISPR-Cpf1 gRNA活性予測精度を、深層学習(deep learning)により向上
ベイジアン回帰
  • CRISPR-GNL: CRISPRメモ_2019/04/22 [第1項] : 機械学習と特徴表現によるCRISPR活性予測モデルの改良
  • TRAP-seqcrisp_bio 2020052412,000サイトでのCBEとABEの編集結果をもとに機械学習を経て活性なgRNAsを設計・公開