[出典] Targeted nanopore sequencing with Cas9-guided adapter ligation. Gilpatrick T [..] Timp W. Nat Biotechnol 2020-02-10. ["nCATS"は"nanopore Cas9-targeted sequencing"に由来する]

 Johns Hopkins UniversityとOxford Nanopore Technologiesなどの研究グループは今回、解析対象とする領域 (region of interest, ROI)のDNAの両端を、脱リン酸化後にCas9-gRNA RNPで切断したのに続いて、ナノポアシーケンシング用アダプターをライゲーションし、minIONまたはFlongleフローセルにてシーケンシングするプロトコルを確立した。

 nCATSにより、~3μgのゲノムDNAから一塩基多型、構造多型、CpGメチル化 (低メチル化を含む)のハプロタイプを同時に同定可能なことを実証した。
  • 検証サンプル:リンパ芽球様細胞株GM1287, 3種類の乳癌細胞株 (MCF-10A, MCF-7およびMDA-MB-231); 正常乳房組織, ヒト乳癌組織の正常および腫瘍組織のペア, ヒト乳癌細胞株移植マウスモデルの組織
  • ターゲット: 腫瘍関連遺伝子 (TP53, KRASおよびBRAF); CpGアイランド関連遺伝子 (KRT19, SLC12A4, GSTP1, TPM2およびGPX1); 2ヶ所の大規模欠失 (6-8 kb); 反復配列を含み大規模なBRCA1遺伝子座 (> 80 kb)