# 2020-03-05 DETECTR流の装置の概念実証実験に関するbioRxiv投稿を追加
# 2020-03-04 "v3: March 2, 2020: updates to minimum sample equipment and test interpretation
matrix"のリンクへ改訂
[出典] White Paper – A protocol for rapid detection of SARS-CoV-2 using CRISPR: SARS-CoV-2 DETECTR. Broughton JP, Deng W, Fasching CL, Singh J, Chiu CY, Chen JC. Mammoth Bioscience (v1. 2020-02-15; v2 2020-02-18; v3 2020-03-02)
[出典] White Paper – A protocol for rapid detection of SARS-CoV-2 using CRISPR: SARS-CoV-2 DETECTR. Broughton JP, Deng W, Fasching CL, Singh J, Chiu CY, Chen JC. Mammoth Bioscience (v1. 2020-02-15; v2 2020-02-18; v3 2020-03-02)
Feng ZhangらのSHERLOCKに相次いで2020-02-15に、Jennifer Doudnaらが共同設立者であるMammoth BioscienceはCas12を利用するDETECTRに準拠したSARS-Cov-2の検出プロトコルを発表し、2020-02-18にversion 2へと更新し、さらに、2020-03-02にversion 3へと更新した。
- CODIV-19にチューニングしたDETECTRによって、患者由来サンプル由来RNAをRT-LAMP法で増殖に20分、Cas12aのssDNAコラテラル切断活性反応に10分、2分待ってラテラルフロー・試験紙上で目視で判定となる。
- Mammoth Bioscienceが公開したワークフローを同社のPDF資料Table 1から下図に引用した:
- RT-LAMP法は栄研化学が開発した手法であり、RNAをDNA鎖に変換し増幅する手法である (栄研化学Webサイト参照)。
- SARS-CoV-2のコピー数に応じた蛍光強度のグラフと試験紙上の結果、および、必要な器具の一覧をそれぞれPDF資料から左下図と右下図に引用した:
- Mammoth Bioscienceは、SHERLOCKおよび現行のCDC/WHOのワークフローとの比較結果も公開した (Appendox Figure 1から引用した下図参照):
- このプロトコルは、FDA未認可であり、臨床診断への利用は不可
- 問い合わせ窓口 diagnostics @ mammothbiosci.com
[関連crisp_bio記事、投稿など]
- crisp_bio 2020-02-15 SHERLOCK、新型コロナウイルス検出プロトコルを公開
- crisp_bio 2018-02-23 CRISPRによる核酸検出・診断(DETECTRとSHERLOCK)
- DETECTR流の装置の概念実証実験: "An ultrasensitive, rapid, and portable coronavirus SARS-CoV-2 sequence detection method based on CRISPR-Cas12" Lucia C, Federico PB, Alejandra GC. bioRxiv 2020-03-02 :アルゼンチン (INPA-National Scientific and Technical Research Council (CONICET))とCRISPR診断技術研究開発のベンチャーCASPR Biotech https://caspr.bio/ が、WH-human1 sequence (GenBank MN908947)のデータをもとに、RdRpイタ, ORF1bイタ およびORF1abイタの遺伝子を合成し、概念実証実験に成功
[コラテラル切断活性を帯びたエフェクターの特徴]
Mammoth BiosciencesのWeb site "The Cas proteins behind RISPR disgnostics"から引用
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