# 2020-03-05 DETECTR流の装置の概念実証実験に関するbioRxiv投稿を追加
# 2020-03-04 "v3: March 2, 2020: updates to minimum sample equipment and test interpretation matrix"のリンクへ改訂

[出典] White Paper – A protocol for rapid detection of SARS-CoV-2 using CRISPR: SARS-CoV-2 DETECTR. Broughton JP, Deng W, Fasching CL, Singh J, Chiu CY, Chen JC. Mammoth Bioscience (v1. 2020-02-15; v2 2020-02-18; v3 2020-03-02)

 Feng ZhangらのSHERLOCKに相次いで2020-02-15に、Jennifer Doudnaらが共同設立者であるMammoth BioscienceはCas12を利用するDETECTRに準拠したSARS-Cov-2の検出プロトコルを発表し、2020-02-18にversion 2へと更新し、さらに、2020-03-02にversion  3へと更新した。
  • CODIV-19にチューニングしたDETECTRによって、患者由来サンプル由来RNAをRT-LAMP法で増殖に20分、Cas12aのssDNAコラテラル切断活性反応に10分2分待ってラテラルフロー・試験紙上で目視で判定となる。
  • Mammoth Bioscienceが公開したワークフローを同社のPDF資料Table 1から下図に引用した: Table 1
  • RT-LAMP法は栄研化学が開発した手法であり、RNAをDNA鎖に変換し増幅する手法である (栄研化学Webサイト参照)。
  • SARS-CoV-2のコピー数に応じた蛍光強度のグラフと試験紙上の結果、および、必要な器具の一覧をそれぞれPDF資料から左下図と右下図に引用した: 
Fig. 1 2020-03-04 10.04.11
  • Mammoth Bioscienceは、SHERLOCKおよび現行のCDC/WHOのワークフローとの比較結果も公開した (Appendox Figure 1から引用した下図参照): 
Comparison
  • このプロトコルは、FDA未認可であり、臨床診断への利用は不可
  • 問い合わせ窓口 diagnostics @ mammothbiosci.com 
 [関連crisp_bio記事、投稿など]
  • crisp_bio 2020-02-15 SHERLOCK、新型コロナウイルス検出プロトコルを公開
  • crisp_bio 2018-02-23 CRISPRによる核酸検出・診断(DETECTRとSHERLOCK)
  • DETECTR流の装置の概念実証実験: "An ultrasensitive, rapid, and portable coronavirus SARS-CoV-2 sequence detection method based on CRISPR-Cas12"  Lucia C,  Federico PB, Alejandra GC. bioRxiv 2020-03-02 :アルゼンチン (INPA-National Scientific and Technical Research Council (CONICET))とCRISPR診断技術研究開発のベンチャーCASPR Biotech https://caspr.bio/ が、WH-human1 sequence (GenBank MN908947)のデータをもとに、RdRpイタ, ORF1bイタ およびORF1abイタの遺伝子を合成し、概念実証実験に成功
 [コラテラル切断活性を帯びたエフェクターの特徴]
 Mammoth BiosciencesのWeb site "The Cas proteins behind RISPR disgnostics"から引用 2020-03-04 21.59.40