[出典] "crispRdesignR: A Versatile Guide RNA Design Package in R for CRISPR/Cas9 Applications" Beeber D, Chain FJJ. J Genomics 2020-05-18; プログラム入手先 https://github.com/dylanbeeber/crispRdesignR

 UMASS Lowellの研究チームが、6-bp以内の任意のPAM配列に適合するsgRNAs全てについて、オンターゲット編集効率スコア (以下、スコア)に関与する特徴およびオフターゲット候補サイトの情報を提示するRのパッケージを開発した。
  • Doenchモデル [*]に設定されていた特徴 (但し、ノンコーディング領域の標的部位も許容するためタンパク質における切断サイトを除く)とデータセットに基づく勾配ブースティング回帰モデル (R package gbm)に拠ってパッケージを開発した。
    [*] 2017-04-21 sgRNAの最適設計:CRISPR/Cas9の活性を最大限にオフターゲット編集を最小限に
  • パッケージは、スコアの信頼性が保証されない応用に備えて、スコアに関与しない特徴も提示し、また、GUIも備えている [Figure 1引用下図参照]Figure 1
  • 論文には、CHOP-CHOP, CRISPR Design, CRISPRseek, CRISP-OR, GuideScanとの性能比較あり[Table 1引用下図参照]。スクリーンショット 2020-05-26 20.33.10