2020-06-04 第2項にてin pressとした引用したNature Communication論文の書誌事項とリンクを追加
2020-05-31 初稿
1. PaCRISPR: anti-CRISPRタンパク質 (Acr)を予測し可視化するWebサービス
[出典] "PaCRISPR: a server for predicting and visualizing anti-CRISPR proteins" Wang J [..] Lithgow T. Nucleic Acids Res 2020-05-27
 Monash Universityと桂林電子科技大学の研究グループは、ゲノムまたはメタゲノムからタンパク質配列をもとにAcrsを予測するPaCRISPRを開発し、http://pacrispr.erc.monash.edu/から公開した。
  • 研究グループははじめに、Anti-CRISPRdb [1]、Anti-CRISPR Name Registry [2]のデータならびに文献から抽出データから整備したpositiveデータセットと、4種類の基準で選択したnegative (非Acrペプチド配列)データセットを用意した。
  • PaCRISPRは、位置特異的スコアマトリックス (Position-Specific Scoring Matrix: PSSM)をもとに算定した4種類の進化的特徴量とSVMを介して導出した4種類のモデルをもとにしたアンサンブル学習モデルに基づいている。
  • PaCRISPRは、配列相同性をもとにした予測器や既存のツールキットを凌ぐ性能を示し、また、予測したAcrに進化的に近い既知のAcrsを提示し、新規Acrのアノテーションも支援する。
[参考crisp_bio記事]
  1. CRISPRメモ_2017/09/26 [第3項] Anti-CRISPRタンパク質データベースの構築・公開
  2. CRISPRメモ_2018/10/24 - 2 [第1項] [Correspondence] Anti-CRISPR (Acr)タンパク質登録・共有データサイト公開
  3. 2020-01-25 機械学習によりゲノム配列から16,929種類のAcrsを推定し、2,500種類の新奇Acrファミリーを提案
  4. CRISPRメモ_2020/04/16 - 3 [第1項] 機械学習により新たな抗-CRISPR (Acr)タンパク質を推定
2.  I-F Acrsファミリーの中で、AcrIF9はCas7fに結合し、タイプI-F CRISPR-Cas (Csy)複合体に、dsDNAに非選択的に強く結合する機能を付与する
[出典] "An anti-CRISPR protein induces strong non-specific DNA binding activity in a CRISPR-Cas complex" Lu WT [..] Davidson AR. bioRxiv 2020-05-29. (査読なし投稿)
 University of TorontoとUniversity of Marburgの研究グループは、Nature Communicationに姉妹論文を発表: 
"AcrIF9 tethers non-sequence specific dsDNA to the CRISPR RNA-guided surveillance complex"  Hirschi M, Lu WT [..] Davidson AR, Lander GC, Wiedenheft B.Nat Commun 2020-06-01; 構造情報 
6WHI / EMD-21517 /-21516 : Cryo-electron microscopy structure of the type I-F CRISPR RNA-guided surveillance complex bound to the anti-CRISPR AcrIF9