[出典] CRISPR-Assisted Multiplex Base Editing System in Pseudomonas putida KT2440. Sun J [..] Wu JP. Front Bioeng Biotechnol 2020-07-31

 浙江大学の研究グループは、Figure 1から引用した下図 A にあるように、高精度版eSpCas9(1.1) [1]をベースにCBE [rAPOBEC1-eSPCas9ニッカーゼ (D10A)-UGI]を作出し、このCBEによるC-to-T変換を介して、アミノ酸変換に加えて、未成熟終止コドンを誘導することで、P. putida KT2440の遺伝子不活性化を実現した。この編集効率は最大100%に達した。P. putida
  • このCBEは、P. aeruginosa PAO1, P. fluorescens Pf-5およびP. entomophila L48にも有効であった。
  • さらに、eSas9(1.1)ニッカーゼに、5'-NG-3' PAMを認識 [2]可能とする変異を加えることで標的可能範囲を拡げ、一方で、APOBEC1にW90Y/R126E変異を導入 [3] することで、C-To-G変換のウインドウ幅を狭める高精度化、も実現した [右図 C 参照]。
  • P. putida KT2440では二重および三重の塩基変換を実証した。
[参考crisp_bio記事と文献]
  1. CRISPR関連文献メモ_2015/12/02 [第1項] "eSpCas9": Cas9/sgRBA/標的DNA三者複合体の構造に基づいて、オフターゲット編集を検出限界以下まで抑制するCas9変異体を作出 ; eSpCas9(1.1) (Addgene 71814
  2. CRISPRメモ_2018/12/16 [第1項] NG PAM配列を認識する改変型SpCas9による植物ゲノム編集 
  3. Increasing the genome-targeting scope and precision of base editing with engineered Cas9-cytidine deaminase fusions. Kim YB [..] Liu DR. Nat Biotechnol 2017-02-13