（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/01/24）

  • [目的] エピゲノム修飾因子/タンパク質が発がん性に関与する機構研究の基盤（dbEM: database of Epigenetic Modifiers）
  • [概要] 腫瘍サンプル、がん細胞株および健常サンプル由来の167種類の修飾因子/タンパク質（DNAメチル化酵素；ヒストン脱アセチル化酵素；ヒストンアセチル化酵素；ヒストンメチル化酵素；ヒストン脱メチル化酵素）
  • [データ項目] 遺伝子変異；遺伝子発現；コピー数多型；必要度（essentiality）；配列と構造；翻訳後修飾；薬剤/阻害剤（54種類の低分子）
  • [一次データ（情報源）など] 文献；Catalogue of Somatic Mutation in Cancer (COSMIC)；Cancer Cell Line Encyclopedia (CCLE)、1000人ゲノムプロジェクト；dbPTM (翻訳後修飾のデータベース)；COLT-cancer database (72種類のがん細胞株由来16,000遺伝子の必要度データ)；HMMERからのHMMプロファイル；PSSMプロファイル；HH suite 2.0.16とModeller 9.13による構造モデル；PDB, DrugBank, PubChemへのリンク
dbEM1  dbEM