1.PAMは、CRISPR-Cas9をアロステリックに活性化する

 [出典] Palermo G, G Ricci C, Fernando A, Basak R, Jinek M, Rivalta I, Batista VS, McCammon JA. “PAM-induced allostery activates CRISPR-Cas9.” J Am Chem Soc. 2017 Aug 2.

2.タイプI CRISPR-Casシステムの多Cascade

[出典] Patrick Pausch, Hanna Müller-Esparza, Daniel Gleditzsch, Florian Altegoer, Lennart Randau'Correspondence information about the author Lennart Randau, Gert Bange

Structural Variation of Type I-F #CRISPR RNA Guided DNA Surveillance” Mol Cell 2017 Aug 17;67:1-11. Published online Aug 3. 2017.

5O7H: Cascade type I-Fv (分解能 3 Å) (2017/08/08 編集処理済、登録者の確認・同意待ち)

5O6U: R-loop/Cascade type I-Fv  (分解能 3 .25 Å)   (2017/08/07 編集処理済、登録者の確認・同意待ち)

  • CascadeCRISPR-ASsociated Complex for Antiviral Defense)は,タイプI CRISPR-Casシステムにおいて、crRNAと標的DNA鎖との二本鎖形成・維持からCas3のリクルートによるDNA切断と担う多サブユニット複合体であり、その多様性が知られている.今回、Shewanella putrefaciens CN32由来のタイプI-Fvカスケドの造を解析し、他のI-Fカスケド及び タイプI-Eカスケドにする独特の造と能をじた。

3.細胞に遺伝子操作因子を送達する媒体レトロウイルスベクター

[出典] [レビュー] Elsner C, Bohne J. “The retroviral vector family: something for everyone.” Virus Genes. 2017 Jul 31.

  • レトロウイルス(alpha-; gamma-; Lentivirus; Spumavirus)のゲノム構造と各ウイルスベクターの特徴;ウイルスからのベクター設計;“All-in-one”Tet誘導レンチウイルスベクター;iPSC作出への利用;RNAiへの利用;CRISPR-Cas9への利用

4.CRISPRpred: sgRNAsのオンターゲット活性を高効率で予測するツール

[出典] Rahman MK, Rahman MS. “CRISPRpred: A flexible and efficient tool for sgRNAs on-target activity prediction in CRISPR/Cas9 systems” PLoS One. 2017 Aug 2;12(8):e0181943.

  • 公的データベースから17遺伝子を対象とするgRNAs5,310件のデータを入手し、ランダムフォレストにより活性予測に1/2/3/4ヌクレオチドの位置特異性とRNA二次構造が重要と判定
  • サポートベクターマシンによりsgRNAsの活性判定ツールCRISPRpredを開発、ROC解析など5種類の性能評価を行い、マイクロソフト開発のAzimuthNat Biotechnol. 2016 Feb;34(2):184-191. Epub 2016 Jan 18.)を凌ぐと判定.