1.逆転写酵素(RT)とCRISPR-Casシステムの関係
[出典] Toro N, Martínez-Abarca F, González-Delgado
A. “The Reverse Transcriptases Associated with CRISPR-Cas Systems.” Sci Rep. 2017 Aug 2;7(1):7089.
- 先行研究で、RTを伴うCRISPR-Casシステムが存在し、Cas1にRTが融合しているタイプIII-Bシステムがin vivoで外来RNAを直接獲得することが、明らかにされた.
- 今回、RTsとCas1タンパク質の網羅的系統解析を行い、RT-Cas1モジュールの起源と進化過程について示唆を得た:RT-Cas1は主としてバクテリアに存在し遺伝子水平移動によってアーケアへ;RTsは特定の分類群に対応する12種類のクラスターに分類され、その機能は宿主依存;RTとCas1は共進化
[関連文献]
- Silas S ~ Fire AZ. “Direct CRISPR spacer acquisition from RNA by a natural reverse transcriptase-Cas1 fusion protein.” Science. 2016 Feb 26;351(6276):aad4234:“タイプIII CRISPR-Casシステムには、Cas1にRTが融合したサブタイプが存在し、RT-Cas1が外来RNA断片を直接獲得することで、外来DNAに加えて外来RNA由来のスペーサーをCRISPR座位に記憶する.”
- Silas S ~ Fire AZ. “On the Origin of Reverse Transcriptase-Using CRISPR-Cas Systemsand Their Hyperdiverse, Enigmatic Spacer Repertoires.” mBio. 2017 Jul 11;8(4):e00897-17:“RTを伴うタイプIII-B CRISPR-Cas座位と、RTを伴わないタイプIII-D CRISPR-Cas座位の双方が存在するArthrospira platensis(スピルリナ)において、前者のスペーサーの由は不明であるが、後者のスペーサーの多くは既知のウイルスやバクテリア遺伝子由来であることを同定(CC BY 4.0)”
2. TIDE
method (Tracking of Indels by DEcomposition)は、 ゼブラフィッシュにおけるgRNAsの評価に適した簡便で効果的な評価法である
[出典] Etard
C, Joshi S, Stegmaier J, Mikut R2, Strähle U. “Tracking of Indels by
DEcomposition is a Simple and Effective Method to Assess Efficiency of Guide
RNAs in Zebrafish.” Zebrafish. 2017 Aug 2.
- TIDE法:Brinkman EK, Chen T, Amendola M, van Steensel B. “Easy
quantitative assessment of genome editing by sequence trace decomposition.” Nucleic
Acids Res. 2014 Dec 16;42(22):e168.
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