1.Cpf1とシチジンデアミナーゼの融合による1塩基編集 (BE)
  • [出典] "Base editing with a Cpf1–cytidine deaminase fusion" Li X, ~ Huang X, Yang L, Chen J. Nat Biotechnol. Published online 2018 Mar 19.
  • CRISPR-Cas9をベースとするBEの標的はG/CリッチなPAMの制限を受ける。上海の研究チームは今回、Lachnospiraceae bacterium由来不活性化Cpf1にラット由来シチジンデアミナーゼAPOBEC1を融合することで (dCpf1-BE)、ヒト細胞において、TリッチなPAMを認識してA/Tリッチな領域でもC-to-T変換を触媒するBEを開発。この編集に伴って発生するindels、C-to-T変換およびオフターゲット編集は低レベルであった。
  • 関連crisp_bio記事:2017/10/26 二本鎖DNAを切断することなく1塩基置換を実現する”base editors”の進化続く
2.Cas9にCtIPを融合することで、相同組換え修復 (HDR)を介した外来遺伝子導入を亢進
  • [出典] "CtIP fusion to Cas9 enhances transgene integration by homology-dependent repair" Charpentier M, ~  Concordet JP. Nat Commun. Published online 2018 Mar 19.
  • 相同組み換えの初期段階に関与するCtIPタンパク質のN末端フラグメント(1~296)がCtIPのHDR活性をもたらすことを同定しこのセグメントHE (HDR enhancer) をdCas9に融合することで、AAVS1セーフ・ハーバーへのが外来遺伝子組み込みを亢進;HEk293細胞、RG37細胞、HCT116細胞、およびiPSCで検証
3.Cas9のRNA切断活性に関する3論文を数行で紹介
  1. *2018/03/06 - 4.Campylobacter jejuni Cas9は、RNAを介して内在RNAsに結合し切断する;5.髄膜炎菌Neisseria meningitidisのタイプII-C CRISPR-Cas9は、プログラム可能なリボヌクレアーゼである
  2. *2018/01/11 - 4.[NEWS & VIEWS]哺乳類細胞におけるRNAノックダウンとRNA編集を可能にするCas13は、RNA生物学を拡げるツールである。
  3. *2018/01/07 - 1.タイプ II-A SauCas9とタイプ II-C CjeCas9は、ssRNAも切断する
  4. 2017/12/04 - 10.[レビュー]CRISPR/Cas9システムによるプログラム可能な転写調節と転写後調節
  5. 2017/04/22 - CRISPR-Cas9に、DNAに留まらず、RNAも切断させる
  6. 2017/04/22 - 2. [NEWS] CRISPRはRNAを編集するツールボックスにもなる
4.dCas9の高発現が誘起する大腸菌の細胞形態異常とその分子機構
  • [出典] "High-level dCas9 expression induces abnormal cell morphology in Escherichia coli"
  • Cho S, Choe D, Lee E, Kim SC, Palsson BØ, Cho BK. ACS Synth Biol Publication Date (Web) March 15, 2018.
  • 大腸菌は、dCas9高発現により形態が異常になり増殖速度が半減し、dCas9が細胞分裂と細胞内膜/外膜に大きな影響を与えることを見出した;RNA-seqから細胞分化に関連する遺伝子発現が上方制御される一方で主として細胞膜に位置する遺伝子発現が下方制御されることを同定;ChIP-seqからfimAを含むバクテリアのフィムブリエをコードする37遺伝子の上流にsgRNAを介さず直接結合することを同定
5.Cas9/sgRNAを組み合わせたリバースPCR (CARP)技術による標的DNA検出
  • [出典] "Detection of target DNA with a novel Cas9/sgRNAs-associated reverse PCR (CARP) technique" Zhang B, ~ Xia X, Wang J. Anal Bioanal Chem. First Online 15 March 2018
  • CARP法の3ステップ:標的DNAに特異的なsgRNAsペアとCas9により標的DNAを切断後Cas9を不活性化;切断されたDNAにDNAリガーゼを結合;DNAをPCRで増幅
  • ヒトパピローマウイルスのサブタイプ検出で実証
6.CRISPR/Cas9を介したFBX40ノックアウトにより、病理異常を伴わないブタの筋肥大を実現
  • [出典] "An FBXO40 knockout generated by CRISPR/Cas9 causes muscle hypertrophy in pigs without detectable pathological effects" Zou Y, Li Z, Zou Y, Hao H, Li N, Li Q. Biochem Biophys Res Commun. Available online 15 March 2018.
  • CRISPR/Cas9と体細胞核移植によりFBXO40両アレルノックアウト・ブタを高効率で作出
7.多段階のクローニングを必要としない酵母への効率的CRISPR/Cas9点変異導入
  • [出典] "A Simple PCR-based Strategy for the Introduction of Point Mutations in the Yeast Saccharomyces cerevisiae via CRISPR/Cas9" Hu G, Luo S, Rao H, Cheng H, Gan X. Biochem Mol Biol J. 2018 Mar 7;4(1):9.
  • PCRの利用によりpML104 pプラスミドへのsgRNA導入を3-4日から5時間に短縮可能とする手法を開発
8.[プロトコル]哺乳類細胞における標的遺伝子短縮を目的とするpcDNA3バックボーンに基づくCRISPR-Cas9用カスタムドナーベクターの構築
  • [出典] "A protocol for custom CRISPR Cas9 donor vector construction to truncate genes in mammalian cells using pcDNA3 backbone" Vazquez N, ~ Keniry M. BMC Mol Biol. 2018 Mar 14;19(1):3.
pcDNA3 backbone 1 pcDNA3 backbone 2

9.早期発症型アルツハイマー病療法としてのCRISPR/Cas9によるSwedish変異APPアレルの破壊
  • [出典] "CRISPR/Cas9 mediated disruption of the Swedish APP allele as a therapeutic approach for early-onset Alzheimer's disease" György B et al. Mol Ther Nucleic Acids. Available online 16 Mar 2018.
  • アミロイド前駆体タンパク質 (APP) 遺伝子におけるSwedish変異 (APPswe) は、βセクレターゼによるAβ前駆体タンパク質の切断亢進を介して、優性遺伝性アルツハイマー病 (AD) を発症する。今回、APP^SWを標的とするCRISPR/Cas9によりex vivoでもin vivoでも病原性Aβを低減可能なことを実証。
10.CRISPR技術による初の甲虫類 (コクヌストモドキ)眼色変異誘導
11.[プロトコル]CRISPR/Cas9システムのエレクトロポレーションによるユウレイボヤ胚における遺伝子ノックアウト
  • [出典] "CRISPR Knockouts in Ciona Embryos" Gandhi S, Razy-Krajka F, Christiaen L, Stolfi A. In: Sasakura Y. (eds) Transgenic Ascidians. Advances in Experimental Medicine and Biology, vol 1029. 
12.CRISPR変異誘発実験により、ブラインドケーブ・カラシンにおけるメラニン色素沈着におけるoca2遺伝子の機能を明らかに
13.大腸菌由来タイプ I‐E CRISPR-Casシステムと反復クローニングによるgRNAアレイ開発によるパスウエイのコンビナトリアル編集
14 .  [レビュー] 物理学者のためのCRISPR-Casガイド (73ページ)