TCGAプロジェクト10年の成果、Cell Press系学術誌の
"Pan-Cancer Atlas"26論文に結実
"Pan-Cancer Atlas"26論文に結実
TCGA (The Cancer Genome Atlas)は米国の国立癌研究所 (NCI)と国立ヒトゲノム研究所 (NHGRI)の共同プロジェクトであり、2006年からのパイロットプロジェクトを経て2009年から本格プロジェクトに進み、2018年に10周年を迎えた。その間に、33種類の腫瘍 (tumor types)を対象として、11,000人の患者の腫瘍組織と正常組織について、ゲノム、トランスクリプトーム、プロテオームおよびメチロームの解析データと臨床および画像データ、のべ2.5ペタバイトのデータを、統合的に解析してきた。今回、その成果論文26報が、学術雑誌Cell、Cell Reports、Cancer Cell、Cell Sytems、およびImmunityから刊行された。
成果論文3つのカテゴリー
- 各カテゴリーは、フラッグシップ論文 ('marker'論文)1報と数報のコンパニオン論文で構成されている
- Cell-of Origin Patterns (1+5論文):ヒト腫瘍型の再分類:分子データに基づくクラスタリングの結果、原発組織による分類を再編成;幹細胞様特性と脱分化の相関を同定
- Oncogenic Processes (1+12 論文):生殖細胞の変異と体細胞の変異の協働による癌化過程、変異がシグナル伝達と免疫応答パターンに与える影響
- Signaling Pathway (1+6論文):MYC, RAS、ユビキチン、DNA修復、スプライシングおよび代謝のパスウエイの解析から併用療法や個別化医療に有用な癌脆弱性を発見
- Resources (関連投稿):Snapshot: TCGA-Analyzed Tumors;Commentary: The Cancer Genome Atlas: Creating Lasting Value Beyond Its Data;Voices: The TCGA Legacy;(*) Editorial: Charting a Course to a Cure
成果普及:各論文へのアクセスを容易にするWebサイト(*)が開設され、Webinarとシンポジウムが用意されている。また、Pan-Cancer Atlasの成果は、NCI Genomic Data Commonsにも取り込まれている。
- (*)Webサイト "Welcome to the Pan-Cancer Atlas" (26論文へのナビゲーション)
- Webinars "The Pan-Cancer Atlas: Charting a Course to a Cure" 2018 May 22 at 1 pm ET(USA):プロジェクトリーダーのKatherine Hoadley, Nikolaus Schultzm、ならびにLi Ding
- 公開シンポジウム "TCGA Legacy: Multi-Omic Studies in Cancer" Washington, D.C., September 27-29, 2018.
- NCI Genomic Data Commons (TCGAの成果を含む癌情報共有プロジェクト) :Data Release 10.1 (February 15, 2018) の概要 (40プロジェクト; 61原発部位;32,555症例;22,147遺伝子; 3,142,246変異)
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