[出典] "Regulatory variants: from detection to predicting impact" Rojano E, Seoane P, Ranea JAG, Perkins JR. Brief Bioinform. 2018 Jun 8.
  • エンハンサー、転写因子結合部位、DNAメチル化領域などのノンコーデング領域 (シスエレメント(下図左 Figure 2 参照); miRNAとlncRNA)における変異の発見から機能予測までに利用されるシーケンシング解析とコンピュータ解析 (ワークフロー下図右 Figure 1参照)、および予測の評価技術をレビュー。加えて、複雑な疾患に関連する解析を例示 (以下、ノンコーディング/調節領域の変異をRegVarと略記)
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  • 患者特有のRegVar発見を目的とする臨床ゲノムシーケンシング：シーケンシングプラットフォーム最新動向；リードの前処理とアラインメント；バリアントコール；RegVarと疾患の関連付け (GWAS, トリオ解析)
  • RegVarアノテーションの情報基盤となる大規模国際的プロジェクトとデータベース：ENCODE；FANTOM5；Roadmap Epigenomics Project；GTEx；その他有用なデータベース11種類
  • RegVarアノテーションツール：RegulomeDB；HaploReg；FunciSNPなど11種類
  • RegVarの病原性を含む機能の予測 (ルールベースやディープラーニングなどの技術を利用した予測ツール13種類)
  • RegVarの機能予測結果の検証法：クロマチン高次構造へのマッピング (3C/4C/5C/Hi-C/ChiA-PET/Luciferase reporter assay/FISH)；将来ますます有用になるであろうCRISPR-Cas9による変異誘発実験
  • 疾患と相関するRegVar解析例：冠動脈疾患；クローン病；統合失調症；癌