カテゴリ: CRISP_BIOコレクション

  1. 2020-04-04 新型コロナウイルス: SARS-CoV中和抗体との結合から見えてきたSARS-CoV-2エピトープは標的足り得るか
  2. 2020-04-01 回復した患者由来の血漿を移植することで重篤な感染者5名と10名の集団の症状改善
  3. 2020-04-01 脱ユビキチン化酵素の阻害が、HIV-1のShock & Kill療法を有効にする。
  4. 2020-03-27 All-In-One Dual CRISPR-Cas12a: Cas12aの使い方を工夫したSARS-CoV-2とHIV-1の超高感度検出システム
  5. 2020-03-27 改訂 新型コロナウイルス・ゲノムにみられる際立った特徴とセンザンコウ由来CoVのデータから、人為説を否定
  6. 2020-03-26 改訂 新型コロナウイルス:血清療法で凌ぎつつ、抗体とワクチンを待つ
  7. 2020-03-26更新 新型コロナウイルスのPDB公開構造一覧 [ID: タイトル; 公開日]
  8. 2020-03-26 更新 新型コロナウイルス: 予防法と治療法への取り組み状況
  9. 2020-03-25 新型コロナウイルスとヒト・タンパク質相互作用マップを描き、創薬標的と承認薬のリパーパシングの候補を洗い出した
  10. 2020-03-24 新型コロナウイルス:ゲノムにみられる際立った特徴
  11. 2020-03-23 新型コロナウイルスの治療戦略を提案
  12. 2020-03-23 新型コロナウイルス:スパイクのサブユニットS2の構造と、細胞融合・感染を阻害する脂質化ペプチドの合成
  13. crisp_bio 2020-03-17 新型コロナウイルスを、TMPRSS2を発現する細胞株を利用して、効率的に分離・増殖
  14. 2020−03−17 新型コロナウイルスとインフルエンザA型ウイルスの感染・増殖をCRISPR-Cas13d (CasRx)で阻止
  15. 2020-03-17 CRISPRメモ_2020/03/17 - 2 #12. 二本鎖RNAウイルスであるロタウイルス (RV)の遺伝子編集をCRISPR-Csy4により実現
  16. 2020-03-14 新型コロナウイルス:SARS-CoV-2の感染を阻害し中和するヒト・モノクローナル抗体を作出
  17. 2020-03-12 新型コロナウイルス:DETECTRは来た、SHERLOCKはどうしてる?
  18. 2020-03-11 野生動物コロナウイルスのヒト感染能を迅速判定する手法を確立
  19. 2020-03-11 SARS-CoVのスパイク(S)のサブユニットS2に対するモノクローナル抗体が、SARS-CoV-2と交差反応した
  20. 2020-03-10 新型コロナウイルスの創薬標的候補であるヌクレオカプシドのウイルスゲノムRNA結合ドメインの結晶構造解析
  21. 2020-03-07 新型コロナウイルスの感染は、ヒト細胞のACE2とTMPRSS2に依存し、慢性膵炎治療薬で阻害される
  22. 2020-03-05 新型コロナウイルスのサーベイランス:SHERLOCKに機械学習による設計を組み合わせて
  23. 2020-03-02 合成Notch受容体を介して、B型肝炎ウイルス (HBV)を感知してインターフェロンと中和抗体を分泌する免疫細胞を創出
  24. 2020-03-01 新型コロナウイルスのメインプロテアーゼに対してIC50 0.48μMの阻害活性を示す低分子を治験薬から発見
  25. 2020-02-29 新型コロナウイルス:台湾・米国・日本で分離されたウイルスの配列解析から見えてきたこと
  26. 2020-02-27 BGIの100ドルゲノムと新型コロナウイルス検出キット
  27. 2020-02-26 米国、新型コロナウイルスに対するmRNAワクチン第1相試験へ
  28. 2020-02-23 新型コロナウイルスのCas13dによるin vivo治療の可能性
  29. 2020-02-23 新型コロナウイルス感染症はCOVID-19、ウイルスはSARS-CoV-2 (ウイルス名には異議もあり)
  30. CRISPRメモ_2020/02/22 #2 LAMP法に、Cas12aとプラズモニックLAMP金ナノ粒子を組みわせて、B型肝炎ウイルスの高感度・高精度な検出を実現
  31. 2020-02-22 新型コロナウイルスのスパイク糖タンパク質 (S)の構造、機能および抗原性
  32. 2020-02-21 新型コロナウイルスのスパイク糖タンパク質とヒト受容体の複合体クライオ電顕構造
  33. 2020-02-19 コロナウイルス・プロテアーゼとは - RCSB PDB/PDBjの『今月の分子」から転載
  34. 2020-02-19 DETECTR、新型コロナウイルス検出プロトコルversion 2を公開 
  35. 2020-02-16 新型コロナウイルスのスパイク糖タンパク質 (S)のクライオ電顕構造
  36. 2020-02-15 SHERLOCK、新型コロナウイルス検出プロトコルを公開 
  37. 2020-01-17 CRISPRスクリーンでA型インフルエンザウイルス関連宿主因子群を同定 - ゾフルーザ感受性関連宿主因子も
  38. 2020-01-04 [第6項] [プロトコル] 中東呼吸器症候群コロナウイルス (MERS-CoV)・モデルマウスの作出
  39. 2019-12-21 ブタ臓器による移植医療の可能性、さらに広がる (ブタ内在性レトロウイルス)
  40. 2019-12-10 単純ヘルペスウイルス (HSV)の溶解感染ならびに潜在感染からの再活性化を、SaCas9により防止する
  41. 2019-11-29 サノフィ (Sanofi)、HIV/AIDSに続いて骨髄腫細胞を標的とする三重特異性抗体を発表
  42. 2019-10-11 Cas13a-crRNAに基づく超高感度核酸検出システムSHERLOCKに標的ssRNAウイルス分解機能を付加
  43. 2019-09-19 エンテロウイルス感染症に宿主標的療法の可能性
  44. 2019-12-04 賀建奎 (He Jiankui)の未発表論文原稿“Birth of Twins After Genome Editing for HIV Resistance”を読む
  45. 2019-09-12 CCR5ノックアウト造血幹細胞移植によるHIV療法の可能性
  46. 2019-09-06 葡萄畑でつかまえて:Cas12aコラテラルDNaseと金ナノ粒子コロイド溶液色変化により葡萄ウイルスを検知
  47. 2019-08-17 抗ウイルス薬を吸着した活性炭粒子が、細胞表面で単純ヘルペスウイルスを捉えつつ抗ウイルス薬を徐放する
  48. 2019-07-04 LASER ARTに続いてCRISPR療法を施すことで、HIV感染ヒト化マウスの一部にてリバウンドを阻止
  49. 2019-03-15 Cas13aによる鳥インフルエンザウイルス’H7N9’のオンサイト検出
  50. 2019-01-17 CRISPR-Cas9で、B細胞の抗原特異性をリプログラム - 抗HIVキメラ抗体作出
  51. 2018-08-27 ヒト疾患モデルはヒト - “experiment of nature"
  52. 2018-07-25 HIVの'kick and kill'療法、初のランダム化臨床試験で効用を示すに至らず
  53. 2018-06-22 CRISPR-Cas9による豚繁殖・呼吸障害症候群(PPRRS: porcine reproductive and respiratory syndrome)ウイルス耐性ブタの作出
  54. CRISPRメモ_2018/06/11-2 [#3] CRISPR-Cas9技術とpiggyBac組換え技術により作出したCXCR4変異細胞におけるHIV-1阻害
  55. 2018-06-03 [#4] CRISPR/Cas9に拠りHIV-1プロウイルスの不活性化の分子機構を探る
  56. CRISPRメモ_2018/05/22 [#1] HIV-1増殖に必須な調節遺伝子tatとrevを標的とするCRISPR/Cas9編集により、ウイルス感染T細胞におけるウイルス複製を阻害
  57. CRISPRメモ_2018/02/02-1 [#2] CRISPR/Cas9によるHIVの治癒(cure)には、ウイルスの多様性を勘案することが必須
  58. CRISPRメモ_2017/11/22-1 [#4] [展望]CRISPR-Cas9技術が復活させるTRIM5αを標的とするHIV-1免疫療法
  59. CRISPRメモ_2017/09/07 [#2] CRISPR-Cas9により、ヒトTRIM5遺伝子にHIV-1感染抑制性変異を導入する
  60. 2017-08-12 ブタ臓器による移植医療の可能性を広げるCRISPRによる網羅的レトロウイルス不活性化(09/23関連記事追記)
  61. 2017-07-26 アストロサイト内HIVプロウイルスを標的とするgRNAスクリーン法
  62. 2017-05-08 [PDIS]アラート:強力なHIV-1広域中和抗体10EBの構造基盤
  63. 2017-05-05 SARSウイルスの3C様プロテアーゼは、サブサイトと協働して、そのC末端自己プロセッシングサイトを切断
  64. 2017-05-03 コロナウイルスのスパイクタンパク質のクライオ電顕解析
  65. CRISPR関連文献メモ_2016/03/14 [#1]ヒトT細胞からHIV-1ゲノムを除去
  66. CRISPR関連文献メモ_2016/03/16 [解説] CRISPRシステムによる潜在HIV-1の再活性化

  1. 2018-08-10 腫瘍由来エクソソーム発現PD-L1レベルが、抗PD-1抗体癌療法選択の指標となる
  2. 2018-06-04 [レビュー] 癌細胞が放出する細胞外小胞が癌治療に貢献する
  3. 2018-05-19 交流動電現象を利用したマイクロチップによるリキッドバイオプシー:患者全血由来エクソソームからの膵臓癌迅速診断
  4. 2018-02-28 腫瘍細胞から分泌される新たなナノ粒子'exomeres'
  5. CRISPRメモ_2018/02/07-2 [第9項] エクソソーム - リポソームのハイブリッド・ナノ粒子で、CRISPR/Cas9システムを間葉系幹細胞(MSCs)に導入
  6. 2017-04-27 エクソソームをサイズに応じて分離可能とするLab-On-A-Chipを開発
  7. 2017-04-11 技術展望:リキッドバイオプシーによる精密診断が実現・普及するまで
  8. 2017-04-10 Science 誌「転移」特集から (メモ)

# CRISPRゲノム編集分野における機械学習利用に関するレビューに触発されたコレクション

ランダムフォレスト
  • CUNECRISPRメモ_2019/02/28-1 [第3項] Base editor (BE)またはHDRを介した一塩基置換を支援するWebサービスCUNE
  • CRISTA: [ツイッター引用のみ] A machine learning approach for predicting CRISPR-Cas9 cleavage efficiencies and patterns underlying its mechanism of action. Abadi S, Yan WX, Amar D, et al. PLoS Comput Biol 2017;13(10):e1005807.
  • TUSCAN: CRISPRメモ_2018/04/25 [第3項] 高活性標的サイト同定プログラムTUSCANを開発
  • CRISPR-DT: CRISPRメモ_2018/02/28 [第7項] CRISPR-DT:CRISPR-Cpf1の編集効率と特異性を高めるgRNAsの設計
  • CRISPRpredCRISPRメモ_2017/08/08 [第4項] CRISPRpred: sgRNAsのオンターゲット活性を高効率で予測するツール
勾配ブースティング
  • SPROUTcrisp_bio 2019-07-30 初代T細胞のCas9編集結果を予測する機械学習モデル'SPROUT'を、大規模実験データに基づいて構築
  • Azimuth: CRISPRメモ_2018/01/16 [第2項] CRISPR gRNAsの設計に資するオフターゲット活性予測法"Elevation"を開発しクラウドサービスから公開
深層学習
  • CRISPRメモ_2019/06/19-1 [第3項] 深層学習によりCRISPR-Cpf1のオンターゲット編集活性とオフターゲット編集発生を予測 (DeepCpf1と命名)
  • DeepCas9CRISPRメモ_2019/05/17-1 [第1項] SpCas9活性の深層学習モデルDeepCas9
  • crisp_bio 2018-11-08 機械学習モデルにより一塩基編集技術を磨く -  ディープラーニングに基づくモデルにより、NHEJ/MMEJを介した1-bp挿入と病因変異修復を実現 (inDelphi)
  • crisp_bioに未収録: off_target_prediction: Off-target predictions in CRISPR-Cas9 gene editing using deep learning. Lin J, Wong KC. Bioinformatics 2018-09-01
  • DeepCRISPRCRISPRメモ_2018/07/02-1 [第7項] DeepCRISPR:深層学習によるCRISPR gRNAの最適設計
  • DeepCpf1: CRISPRメモ_2018/02/04 [第3項] CRISPR-Cpf1 gRNA活性予測精度を、深層学習(deep learning)により向上
ベイジアン線形回帰
  • CRISPR-GNL: CRISPRメモ_2019/04/22 [第1項] : 機械学習と特徴表現によるCRISPR活性予測モデルの改良

  1. CRISPRメモ_2020/04/08 -1  #3 Cas12aのコラテラルssDNA切断活性を利用して、ssDNAプローブに基づく超高感度核酸検出ツールが開発されてきたが、著者らは、蛍光標識したdsDNA群が、Cas12aの標的dsDNA結合時に無差別切断され、プローブとして利用可能なことを示した。
  2. CRISPRメモ_2020-04-07 - 2 #3 Cas12a/crRNA/dsDNA三者複合体の形成からDNA切断までの反応過程の動態モデル
  3. 2020-04-03 より厳密なPAM配列を認識するCas12aオーソログによって、オフターゲット編集を抑制
  4. 2020-04-03 CRISPRi, CRISPRa, CRISPR-Cas9, およびCRISPR-Cas12aによる遺伝子編集に最適なgRNAの設計を支援する共通モデル開発
  5. CRISPRメモ_2020/04/02 #2 バイテクに有用な酵母であるYarrowia lipolyticaにおける遺伝子のノックアウトと発現調節を同時に制御可能とするCRISPR-Cpf1システム
  6. 2020-03-27 All-In-One Dual CRISPR-Cas12a: Cas12aの使い方を工夫したSARS-CoV-2とHIV-1の超高感度検出システム
  7. 2020-03-19 Cas9-Cas12aハイブリッド・プラットフォームを開発し、遺伝子ペアと選択的エクソンの機能を同定
  8. 2020-03-18 Liu DRとDoudna JAら、ABE7.10をABE8eへと進化 (SpCas9系の他に、LbCas12a, enAsCas12aの組み込み可能にしたABE)
  9. CRISPRメモ_2020/03/17 - 2 #10. Cas12a, T5エキソヌクレアーゼおよびds/ss DNAによる部位特異的変異誘導法
  10. 2020-03-12 新型コロナウイルス:DETECTR*は来た、SHERLOCKはどうしてる? (* Cas12ベース)
  11. CRISPRメモ_2020/02/24 [#7] CRISPR-ddAsCpf1システムによる細胞外電子移動 (extracellular electron transfer, EET)の亢進を介して、金属イオンを還元するシュワネラ菌の汚染物質分解性能を向上
  12. CRISPRメモ_2020/02/22 #2 LAMP法に、Cas12aとプラズモニックLAMP金ナノ粒子を組みわせて、B型肝炎ウイルスの高感度・高精度な検出を実現
  13. 2020-02-19 DETECTR、新型コロナウイルス (COVID-19)検出プロトコルversion 2公開
  14. CRISPRメモ_2020-02-19 #2  Cas12a (Cpf1)とCas9に、標的配列に依存してオンターゲットの10倍を超える編集が発生するオフタゲートサイトが存在
  15. CRISPRメモ_2020-02-19 #9 Cas12aのコラテラル活性を利用してエビ・サンプルから腸炎ビブリオの有無を紫外光照射を介して裸眼により5分で判定可能に
  16. 2020-02-14 CRISPR-Cas12aが単一のRuvCヌクレアーゼドメインによりDNAの二本のストランドを順次切断する機構
  17. 2020-02-14 CRISPR-Cas12aが単一のRuvCヌクレアーゼドメインによりDNAの二本のストランドを順次切断する機構
  18. CRISPRメモ_2020/02/10 - 1 (Cas12a関連 3件) [DNA-RNAキメラガイドの利用など]
  19. CRISPRメモ_2020/02/09 - 2 [第5項] 特許公開 2件
  20. CRISPRメモ_2020/02/08 [第1項] 分割したdCas12aに, エフェクター, crRNAおよび抗-CRISPRを組合わせることで、多入力・多出力遺伝子回路を構築
  21. 2020-02-05 CRISPR/Cas12aのコラテラルssRNA切断活性に基づく結核菌群の高感度検出法
  22. CRISPRメモ_2020/01/30 [第1項] FnCas12aのgood gRNAとbad gRNA
  23. CRISPRメモ_2020/01/26 -2 [第6項]  CRISPR-Cas12aを介してDNAの指数関数的増幅法rolling circle application (RCA)から偽陽性を排除する
  24. CRISPRメモ_2020/01/17 [第2項] CRISPRaによる生合成遺伝子クラスタの活性化を介して糸状菌から生理活性分子を発見する (dLbCas12a-VPRとdSpCas9-VPR)
  25. CRISPRメモ_2020/01/13 - 3 [第4項] CRISPR/Cas12aによるイネの病原体診断とGMO同定
  26. CRISPRメモ_2020/01/12 - 2 [第8項] CRISPR/Cas12aによりエクソソームを迅速かつ高感度で検出
  27. 2019-12-31 好熱性菌類Myceliophthora thermophilaのCRISPR-Cas9ゲノム編集法をアップグレード
  28. CRISPRメモ_2019/12/30 [第2項] [レビュー] RNAにガイドされるCas9とCas12aヌクレアーゼによるDNA切断
  29. CRISPRメモ_2019/12/22 [第1項] Cas12aによって、マイクロホモロジー媒介末端結合を介して、効率的で精密な遺伝子タギングを実現
  30. CRISPRメモ_2019/12/20 [第4項] dCas12a (Cpf1)に基づくCRISPRiにて、lacリプレッサーを介して速生育性のシアノバクテリアSynechococcus sp. UTEX 2973の光合成の鍵過程の抑制を調節
  31. CRISPRメモ_2019/12/12 [第2項] CRISPR/Cas9で誘導した両アレル変異体を、Cas12aにもとづくバイオセンシング・プラットフォームにより、精密かつ効率的にスクリーニングする; [第5項] CRISPR-CasがHDRを介したもたらす結果の多様性を検証する (Cas9に加えてCas12aを含む)
  32. CRISPRメモ_2019/12/07 - 1 [第4項] [レビュー] Casヌクレアーゼ、Cas改変体、および、塩基編集 (BEs)による植物ゲノム編集の最新動向
  33. 2019-12-06 Cas12aオーソログから560種類の合成キメラCas12aライブラリを構築し、ゲノム編集活性を評価
  34. 2019-11-27 小麦遺伝子編集に最適なCRISPR-Casシステムを同定し、半数体を効率的に誘導 (Cas12a (Cpf1)を含む)
  35. 2019-11-25 CRISPR-Casによる標的領域のエンリッチメントとナノポア技術により、STRsを16時間で判定可能に (Cas12aとCas9)
  36. 2019-11-20 ゼブラフィッシュとヒト細胞のCRSIPRツールボックスにErCas12a加わる
  37. CRISPRメモ_2019/11/18 -2 [第8項] 簡便な装置で電気泳動からの定量化よりもハイスループットなDNA切断定量法
  38. CRISPRメモ_2019/11/14 - 2 [第11項] [レビュー] CRISPR/Casゲノム編集技術によるHDRを介した精密な植物遺伝子ターゲッティングの現状と将来
  39. CRISPRメモ_2019/11/02 [第3項] [PAMs同定] Efficient cleavage resolves PAM preferences of CRISPR-Cas in human cells. 
  40. CRISPRメモ_2019/11/01 [第4項] [技術開発] Contamination-free visual detection of CaMV35S promoter amplicon using CRISPR/Cas12a coupled with a designed reaction vessel: Rapid, specific and sensitive.
  41. 2019-10-31 CRISPR-Cas RNPの気道上皮細胞への効率的デリバリーを実現するシャトルペプチドを開発
  42. CRISPRメモ_2019/10/18 [第2項] Cas12aは、crRNAと標的鎖が非相補的であっても、DNA鎖の物理的特性 (柔軟性)を介してdsDNAに結合するが、crRNA/DNA二重鎖が形成されないため、dsDNA切断に至らない
  43. CRISPRメモ_2019/10/15 [第3項] 比較的低温で培養される植物のゲノム編集に有効なLbCas12a変異体を作出
  44. 2019-10-06 Cas12a (Cpf1)のコラテラルssDNA切断活性をベースとして、電気化学的バイオセンサ (E-CRISPR)を開発
  45. CRISPRメモ_2019-10-06 [第3項] CRISPR-Cas12aに基づいて、アフリカ豚コレラウイルス (ASFV)をハイスループット・超高感度で検出するシステムを開発
  46. CRISPRメモ_2019-10-02 - 2 [第5項] Cas12aのコラテラル・デオキシリボヌクレアーゼ活性を利用して、環境DNA (eDNA)から種を同定
  47. CRISPRメモ_2019-09-26 - 2 [第12項] HOLMESv2: a CRISPR-Cas12b-assisted platform for nucleic acid detection and DNA methylation quantitation.
  48. CRISPRメモ_2019/09/22 - 2 [第9項] Cas12aによるClostridium ljungdahliiの遺伝子編集を介した炭素フラックスのリダイレクトと合成ガスからの酪酸生産への応用
  49. CRISPRメモ_2019/09/13 [第1項] [特許公開] 新奇CRISPRエフェクタとシステム
  50. 2018-09-08 抗CRISPR (Acr)タンパク質:3種類のCas12a阻害タンパク質を発見
  51. 2019-09-06 葡萄畑でつかまえて:Cas12aコラテラルDNaseと金ナノ粒子コロイド溶液色変化により葡萄ウイルスを検知
  52. CRISPRメモ_2019/09/04 - 2 [第5項] CRISPR-Cas12とCas13の特徴; [第6項] CRISPR-Cas12aにプラチマ・ナノ粒子レポータを組み合わせることで、目視でのSNVs/SNPs定量を実現
  53. CRISPRメモ_2019/06/19-1 [第3項] 深層学習によりCRISPR-Cpf1のオンターゲット編集活性とオフターゲット編集発生を予測
  54. CRISPRメモ_2019/09/01 [第1項] Cas12aVDet:核酸の迅速可視化を実現するプラットフォームをCas12aに基づいて構築
  55. 2019-08-31 抗CRISPRタンパク質AcrVA4は三段構えでCRISPR-Cas12aを阻害する
  56. 2019-08-29 プール型CRISPRスクリーニングにはCas9よりもCas12a(ガイドの最適化にSeq-DeepCpf1を利用)
  57. 2019-08-25 Cas12aにより次世代DNAハイドロゲルを開発 - バイオセンサー, バイオエレクトロニクス, 組織工学などへ
  58. CRISPRメモ_2019/08/19 [第4項] CRISPR-MbCas12a (Moraxella bovoculi AAX11_00205)によりマウスにおいて効率的な多重ゲノム編集を実現; [第5項] Cas12aがUUUNをPAMとして認識することを発見し、Cas12aのコラテラルssDNaseを利用した高感度核酸検出ツールを拡張; [第8項] 8. FnCas9, nCas9-Target-AIDならびにSaCas9による異質四倍体タバコのゲノム編集
  59. 2019-08-23 
    腫瘍免疫療法の新たな標的をin vitro/in vivoゲノムワイドCRISPRスクリーンにより発見
  60. 2019-08-18 Cas12a (Cpf1)を分割し、光誘導型および自発結合型のゲノム編集ツールを実現
  61. 2019-08-17 嚢胞性線維症に見られるスプライシング異常をAsCas12aを介したアレル特異的編集により修復
  62. 2019-08-16 Cas12aを介して核酸と抗体の超高感度検出を実現
  63. 2019-08-15 CRISPR-Cas12aを介して多彩な低分子を高感度で検出
  64. CRISPRメモ_2019/08/15 [第9項] アデノウイルス (Adウイルス)パッケージング細胞においてCas12a発現を抑制することで、CRISPR-Cas12aシステムのAdウイルスベクター産生亢進
  65. 2019-08-13 SiT-Cas12a: 単一mRNA (Single-Transcript)にコードしたCas12aとCRISPRアレイよる多重ゲノム工学
  66. CRISPRメモ_2019/08/13 [第2項] CRISPR/Cas12aにより植物遺伝子ターゲッティングを亢進
  67. 2019-08-10 
    抗CRISPRタンパク質AcrVA4がCRISPR-Cas12aを特異的に阻害する構造基盤
  68. CRISPRメモ_2019/08/09 [第1項] ヒト細胞においてHDRを介した精密な多重遺伝子同時編集を実現する法; [第3項] Cas12aに基づくアフリカ豚コレラウイルス (ASFV)のオンサイト迅速検出; [第4項] CRISPR/Cas12a/13aシステムを介して、遺伝子を肉眼で検出する
  69. 2019-08-06 ポータブルCRISPR診断技術とスタートアップ企業まとめ
  70. 2019-07-18 AsCpf1の多重化に基づくゲノムワイドCRISPRノックアウトスクリーン用ライブラリの最小化
  71. 2019-07-11 4種類のCas9sとAsCas12aの10,000を超えるプール型DNAライブラリーに対する切断動態の集約とモデル構築
  72. CRISPRメモ_2019/07/04 [第1項] CDetection: CRISPR-Cas12bによりDNAをサブアトモル濃度の感度かつ一塩基の特異度で検出するツールを開発
  73. 2019-07-04 CRATES: CRISPRアレイに加えてそのライブラリーも効率よく合成する手法を開発
  74. CRISPRメモ_2019/06/24 [第2項] CRISPR/Cas12aによるS. cerevisiae多重ゲノム編集と酵母ピクセルの生成
  75. 2019-06-08 CAST: CRISPR-Casシステムとトランスポザーゼの協働により、標的ゲノムを切断することなく、外来DNAの挿入を実現
  76. CRISPRメモ_2019/06/05 [第4項] タイプV-A anti-CRISPRタンパク質 (AcrVAs)がCRISPR-Cas12aを阻害する構造基盤
  77. CRISPRメモ_2019/06/04 [第3項] Cas12aのDNA/RNAのcis-およびtrans-切断活性の全体像 - dsDNAへのニック誘導
  78. 2019-05-31 金コロイドナノ粒子が、Cas12a (Cpf1)-crRNAを造血幹細胞の核に届け、遺伝子治療技術を僻地に届ける
  79. CRISPRメモ_2019/05/27 [第1項] Cas12a近縁Mad7により、ゼブラフィッシュとヒト細胞株のCRISPRツールボックスを拡充
  80. CRISPRメモ_2019/05/17-1 [第2項] [レビュー] CRISPR Cpf1 (Cas12a)タンパク質の構造、機能およびゲノム編集への応用
  81. CRISPRメモ_2019/05/06 [第7項] コウジカビの効率的ゲノム編集を、Cpf1 (Cas12a) により実現
  82. *** 2019-04-29 Cas12bゲノム編集ツールボックス拡張 ***
  83. CRISPRメモ_2019/04/26 [第2項] AcCas12aはTTTV以外のモチーフもPAMとして認識する
  84. CRISPRメモ_2019/04/17 - 2 [第4項] 大規模並列なCRISPR-Cpf1/Cas12a crRNAアレイ・プロファイリング法MCAP*を開発し、癌細胞の転移をドライブする遺伝子相互作用の定量的ランドスケープを得た
  85. 2019-04-11 Cas12aは標的dsDNA切断時に、ssDNAだけでなくdsDNAとssRNAもトランスに分解する
  86. 2019-04-05 微細重複症候群の病因変異はテンプレートフリーのMMEJ過程により精密修復が可能
  87. 2019-04-03 Cas12aエフェクタに対抗するanti-CRISPRタンパク質 (Acrs)の独特な阻害機構
  88. 2019-03-22 Cas12a (Cpf1)編集効率向上:ヒト細胞とゼブラフィッシュ
  89. 2019-03-19 In vivo RNA転写産物をドナーテンプレートとするCpf1(Cas12a) HDR編集によりイネの精密遺伝子置換を実現
  90. 2019-03-17 CRISPR/ddCas12aによりプログラム可能な精密遺伝子発現調節を実現
  91. CRISPRメモ_2019/03/13 [第1項] メタゲノムデータから再構築した> 200 kbpのファージゲノムに、多様なCRISPR-Casシステムが存在
  92. CRISPRメモ_2019/03/06 [第1項] Cas9とCas12a (Cpf1)はニッカーゼとしても機能する
  93. 2019-03-01 AAV-Cpf1 multiplexed KIKO (Knock-in & Knockout) CAR-T
  94. CRISPRメモ_2019/03/01 [第4項] DNAのトポロジーが、Cas12a (Cpf1)によるR-ループの形成とDNA鎖切断に与える影響; [第9項] Cpf1 (Cas12a)を介したノックアウトで、アテローム性動脈硬化症モデルラットを作出
  95. CRISPRメモ_2019/02/23 [第1項] [ニュース] 早い、上手い、安い:CRISPR診断機器への期待
  96. CRISPRメモ_2019/02/20_2 [第1項] Cpf1 (Cas12a)によるT細胞の単一遺伝子および多重遺伝子の高効率ノックアウトによる細胞療法の改良
  97. CRISPRメモ_2019/02/20_1 [第4項] [テキストブック] CRISPRシステムによる植物ゲノム編集
  98. *** 2019-02-06 CRISPR-Cas12aの拡張続く***
  99. 2019-02-05 CasX (Cas12e)は、Cas9とCas12aに並ぶCRISPRゲノム編集プラットフォームを提供する
  100. 2019-01-23 
    Cas9とCas12aに次ぐヒトゲノム編集プラットフォームCas12b広がる
  101. CRISPRメモ_2019/01/20 [第1項] [特許] PAM改変Cpf1 (Cas12a)変異体
  102. *** 2019-01-16 Cas12aのdsDNA/ssDNA切断分子機序の統合モデル ***
  103. CRISPRメモ_2019/01/09 [第1項] [レビュー] ウイルスによるCRISPRのデリバリー
  104. CRISPRメモ_2018/12/26 - 2 [第11項] [特許] CRISPR-Cas9/Cas12a/Cpf1を介したエクソン内スプライシング促進配列削除による遺伝子の不活性化およびレスキュー
  105. 2018-12-22 合成オリゴでCas12aとSpyCas9の活性を調節する
  106. 2018-12-22 単一Cas12aによる遺伝子への変異導入と転写活性化の多重化
  107. CRISPRメモ_2018/12/07 [第1項] クラス2タイプV CRISPR-Casシステムの新たなエフェクター/サブタイプとそのDNA/RNA切断活性の同定
  108. CRISPRメモ_2018/12/02 - 2 [第5項] 新奇CRISPR-Cas12bによるヒトおよびマウスゲノム編集
  109. CRISPRメモ_2018/12/01 [第2項] クライオ電顕法とsmFRETによりFrancisella novicida Cas12a (Cpf1)の標的dsDNA切断活性と非選択的ssDNA切断の構造基盤明らかに
  110. CRISPRメモ_2018/11/27 [第1項] 液-液相分離を利用して、CRISPR技術によるDNA/RNA検出を、簡便かつ安価に; [第4項] CRISPR/Cas12aによる遺伝子タギングを施した酵母ライブラリー作出法CASTLING
  111. CRISPRメモ_2018/11/22 [第1項] CRISPR/Cas12aを利用してヒトHEK293T細胞でPCRタギングを実現
  112. CRISPRメモ_2018/11/19-2  [第8項] [レビュー] Cas9, Cas12aならびにCas13a/bを比較
  113. CRISPRメモ_2018/10/24 - 2 [第2項] 温泉由来のCandidate Phyla Radiation (CPR)に属するRoizmanbacteriaは、CasYシステムに加えてタイプI-BとIII-Aも帯びている [CasY = Cas12d]
  114. 2018-10-19 メタゲノムからssDNAをトランス切断するCas14ファミリーを発見しDETECTRへ展開 [クラス2タイプVタンパク質一覧 (Cas12aからみて進化系統樹上近い順)]
  115. 2018-10-13 抗CRISPR (Acrs)タンパク質 (Arcs)の行進が続く [Cas12 inhibitors join the anti-CRISPR family]
  116. CRISPRメモ_2018/10/10 - 1 [第7項] [レビュー] CRISPR-Cas9/Cas12aシステム
  117. CRISPRメモ_2018/09/27 [第1項] Francisella novicida Cas12aの活性は、CRISPRアレイの下流の構造の影響を受ける
  118. 2018-09-08 抗CRISPR (Acr)タンパク質:3種類のCas12a阻害タンパク質を発見
  119. 2018-09-08 抗CRISPR (Acr)タンパク質:Cas12a阻害タンパク質を含む12種類を発見
  120. CRISPRメモ_2018/09/01 [第1項] [レビュー]CRISPR-Casが遺伝子工学を先導する
  121. CRISPRメモ_2018/08/23  [第4項] [レビュー] Cas9とCas12a/Cpf1の比較
  122. CRISPRメモ_2018/08/03 [第2項] CRISPR-Cas12aがCas9よりも高精度な遺伝子編集を実現する分子機構を解明
  123. CRISPRメモ_2018/07/25 [第5項] CRISPR-Cas12エフェクター複合体のシード配列
  124. CRISPRメモ_2018/07/19 [第3項] CRISPR-Cas12a (Cpf1)のDNA標的探索とDNA切断を直接観察
  125. CRISPRメモ_2018/07/11 [第5項] トウモロコシ標的突然変異導入におけるCRISPR-Cas9とCas12aの活性と特異性を比較; [第7項] 全ゲノムシーケンシング (WGS)で、Cas9とCpf1(Cas12a)に起因するイネ・ゲノム・オフターゲット編集は極めて稀であることを確認
  126. CRISPRメモ_2018/07/07 [第4項] HOLMESv2:CRISPR-Cas12bによる核酸検出プラットフォーム
  127. CRISPRメモ_2018/07/02 [第5項] CRISPR-Cas12aの標的DNA特異性が因って来たる速度論的基礎
  128. CRISPRメモ_2018_06/30-2 [第1項] [レビュー] CRISPR技術によるシアノバクテリアの代謝工学
  129. 2018-06-21 [レビュー] クラス2CRISPR-Casシステムの分子機構と性能向上
  130. CRISPRメモ_2018/06/09 [第2項] [News]CRISPRスタートアップ企業の新しい波 (CRISPRdxの可能性)
  131. CRISPRメモ_2018/06/06-1[第3項] [プロトコル]CRISPR-Cas12aによるYersinia pestisのリコンビアニング 
  132. CRISPRメモ_2018/05/20 [第6項] [プロトコル]Francisella novicida由来Cas12a (Cpf1)のEscherichia coliでの発現と精製
  133. CRISPRメモ_2018/05/09 - 2 [第7項] [レビュー] CRISPR/Cas9, Cas12 (Cpf1)およびCas13 (C2c2)がもたらす植物バイオロジーと育種の変革
  134. CRISPRメモ_2018/05/08 - 1 [第1項] 一分子蛍光解析 (smFRET)と生化学的手法で、Cpf1 (Cas12a)と切断後の断片の振る舞いをリアルタイムで観察
  135. CRISPRメモ_2018/04/29 [第5項] CRISPR-Cas12aによる核酸検出と診断応用にHOLMES
  136. *** 2018-04-27 CRISPR技術による次世代診断ツール開発:「展望」とMammoth Biosciencesの登場 ***
  137. CRISPRメモ_2018/04/21(セルフリーCRISPR Cpf1実験系を構築
  138. CRISPRメモ_2018/04/05 [第1項] CADS:CRISPR/Cas12aを利用して、DNAにコードされている情報を安全に保持し伝達するDNAステガノグラフィー(データ隠蔽技術)
  139. CRISPRメモ_2018/03/16[第3項] [Letter to the Editor]CRISPR-Cas12aは、ssDNAをcis-にもtrans-にも切断する
  140. *** 2018-02-23 CRISPRによる核酸検出・診断 (DETECTRとSHERLOCK) [第1項] Chen JS et al., DETECTR ***
  141. CRISPRメモ_2018/02/19 DETCTR (DNA endonuclease targeted CRISPR trans reporter)
  142. CRISPRメモ_2017/12/29 [第4項] Cas9とCas12a(Cpf1)は、RNAに依存することなく、DNAを切断する
  143. CRISPRメモ_2017/12/11- 1 [第1項] LbCpf1は、効率的相同組換え修復(HDR)をもたらし、また、ゲノム編集の温度調節を実現する
  144. CRISPRメモ_2018/02/04 [第3項] CRISPR-Cpf1 gRNA活性予測精度を、深層学習(deep learning)により向上
  145. *** 2017-10-22[レビュー] ゲノム編集のスイスアーミーナイフ、CPf1と C2c1 ***
[参考] crisp_bio: CRISPR-Cas13コレクション

  1. CRISPRメモ_2020/04/08 -1 #4 [論説] CRISPR-Cas13aのコラテラル活性をグリオーマ細胞においても同定した論文を引用し、Cas9との比較および関連技術の発展を表1と図1にまとめた
  2. 2020-03-19 Cas13dによるRNAノックダウンに最適なcrRNAsを超並列スクリーン結果に基づく機械学習モデルにより設計
  3. 2020−03−17 新型コロナウイルスとインフルエンザA型ウイルスの感染・増殖をCRISPR-Cas13d (CasRx)で阻止
  4. 2020-03-05 COVID-19/SARS-CoV-2のサーベイランスに向けて、SHERLOCKに機械学習モデルによる設計を組み合わせた
  5. 2020-02-23 新型コロナウイルスのCas13dによるin vivo治療の可能性
  6. 2020-02-16 SHERLOCK、新型コロナウイルス (COVID-19)検出プロトコルを公開
  7. 2020-02-09 CRISPR/Cas13aスクリーニングによりlncRNAsのサブクラスvlincRNAsの機能解析を実現 - 抗癌剤に対する応答
  8. CRISPRメモ_2020/02/09 - 2 [第5項] 特許公開 2件
  9. 2020-01-16 CRISPR-Cas13a超高感度核酸検出法を病原体の直接・高速・高感度・高特異性検出へと展開: APC-Cas (allosteric probe-initiated catalysis and CRISPR-Cas13a)
  10. 2020-01-15 CRISPR-Cas13dによるmRNAのノックダウンを、動物の胚in vivoにおいて実証
  11. CRISPRメモ_2020/01/12 - 1 [第2項] 膀胱癌の遺伝子治療を可能とするリポソームを介したCRISPR-Cas13aシステムのデリバリー
  12. 2019-12-30 Cas13dによるRNAノックダウンに最適なcrRNAsの設計モデルを構築
  13. 2019-12-23 Cas13aのコラテラルssRNA切断活性を利用して、マーカータンパク質の超高感度検出を実現: CLISA (CRISPR/Cas13a signal amplification linked immunosorbent assay)
  14. 2019-12-20 CRISPRシステムのエンドリボヌクレアーゼによるRNAレベルでの遺伝子発現調節を介した遺伝子論理回路構築
  15. CRISPRメモ_2019/12/11 [第5項] CRISPR-Cas13ファミリの中で、Cas13dが植物RNAウイルスに最も効果的に干渉する
  16. CRISPRメモ_2019/12/02 -1 [第1項] [特許] Cas13a (2c2)による植物改変に関する特許
  17. CRISPRメモ_2019/11/22 [第2項] Cas13aによる蚊の遺伝子サイレンシング; [第5項] ヒト慢性骨髄性白血病由来K562細胞株において、Cas13aにより、 BCR-ABL融合転写物のノックダウンを実現
  18. 2019-11-21 CRISPR-Cas13によりRNAの生細胞内動態を可視化
  19. 2019-10-23 薬剤耐性遺伝子特異的にバクテリアを殺菌するCRISPR-Cas13a抗菌剤
  20. 2019-10-11 Cas13a-crRNAに基づく超高感度核酸検出システムSHERLOCKに標的ssRNAウイルス分解機能を付加
  21. CRISPRメモ_2019/09/29 [第3項] [プロトコル] SHERLOCK (#CRISPRdx)
  22. CRISPRメモ_2019/09/26 - 3 [第17項] CRISPR/Cas13a signal amplification linked immunosorbent assay (CLISA).
  23. CRISPRメモ_2019/09/13 [第1項] [特許公開] 新奇CRISPRエフェクタとシステム
  24. 2019-09-08 ゲノムDNAとmRNAの生細胞内動態をリアルタイムで観察可能とするCRISPR LiveFISH
  25. CRISPRメモ_2019/09/04 - 2[第4項] CRISPR-Cas13aがグリオーマ細胞株において'コラテラルRNase活性'を示すことを確認; [第5項] [概説] CRISPR-Cas12とCas13の特徴
  26. 2019-08-25 Cas13aによるレポーターRNAs切断を電流に変換するマイクロ流体デバイスにより微量血清から腫瘍マーカmiRNAを検出
  27. CRISPRメモ_2019/08/09 [第4項] CRISPR/Cas12a/13aシステムを介して、遺伝子を肉眼で検出する
  28. 2019-08-06 [NEWS] ポータブルCRISPR診断技術とスタートアップ企業まとめ
  29. CRISPRメモ_2019/07/28 [第5項] CRISPR-Cas13aにより分裂酵母S. pombeにおけるRNA精密編集を実現
  30. 2019-07-28 筋強直性ジストロフィーを、核内の毒性RNA凝集体を標的とするCRISPR-Cas13で治療する
  31. 2019-07-25 CRISPRメモ_2019/07/25 [第3項] プトトリキア属におけるCRISPR-Cas13aシステムは多様である
  32. 2019-07-16 細胞内在RNA編集酵素のガイドRNAを設計・合成し、高い安全性・効率・精度でのA-to-I RNA編集を実現
  33. 2019-07-12 RNAの1塩基変換ツールボックス拡張:REPAIR (A-to-I)にRESCUE (C-to-U)加わる
  34. 2019-07-04 CRATES: CRISPRアレイに加えてそのライブラリーも効率よく合成する手法を開発
  35. 2019-06-23 Pectobacterium atrosepticumはタイプI-F CRISPR-Cas存在下で、毒性ファージに対して利他的細胞死を介して集団を守る
  36. Rauch et al., 2019:2019-06-22 Cas13に学び、ヒトのタンパク質を部品として、プログラム可能な小型のRNAターゲッティングシステムを構築
  37. Zhang et al., 2019:CRISPRメモ_2019/06/13-1 [第1項] X線結晶構造解析によるCas13dの構造機能解析
  38. Meeske et al., 2019:2019-05-30 Cas13がファージ感染細胞を休眠させてDNAファージから守り、集団免疫も実現する: Cas13a
  39. Wang et al., 2019:CRISPRメモ_2019/03/28 - 2 [第2項] Cas13bによる標的RNAの認識・切断の分子機構モデルを構築
  40. Cho et al., 2019:CRISPRメモ_2019/02/04 [第2項] [レビュー] ウイロイドの研究と分子診断における次世代シーケンシングとCRISPR/Cas13編集: Cas13a/b
  41. Anderson et al., 2019:2019-01-30 CRISPR-Cas13によるRNAの標的部位切断とポリアデニル化: Cas13b
  42. Li et al., 2019:CRISPRメモ_2019/01/20  [第2項] [レビュー] CRISPR/Casシステムが実現する次世代バイオセンシング
  43. Tambe et al., 2018:CRISPRメモ_2018/07/27 [第1項] CRISPR-Cas13aシステムではRNA結合とHEPNヌクレアーゼの活性化は互いに独立
  44. O'Connell, 2018:CRISPRメモ_2018/06/30-1 [第2項] [レビュー]Cas13タンパク質を含むタイプⅥCRISPR-CasシステムによるRNA編集の分子機構
  45. 2018-04-27 CRISPR技術による次世代診断ツール開発:「展望」とMammoth Biosciencesの登場
  46. Konermann et al., 2018, Yan et al.,, 2018:2018-03-17 これまでで最小かつヒト細胞で活性なCas13dの同定と解析2報(Salk研;Arbor Biotechnologies/NCBI)
  47. 2018-02-23 CRISPRによる核酸検出・診断 (DETECTRとSHERLOCK) [第2項] Gootenberg et al., 2018. SHERLOCK (Specific High Sensitivity Enzymatic Reporter UnLOCKing)
  48. Yang & Chen, 2017:CRISPRメモ_2017/11/24-2 [第1項] [展望] RNA工学ツールキットの拡充:Cas13によるRNA編集
  49. Cox et al., 2017:2017-10-26 [第2項] REPAIR(RNA Editing for Programmable A to I Replacement): Cas13b
  50. Abudayyeh et al., 2017:2017-10-05 CRISPR-Cas13によるRNAターゲッティングとエディティング: Cas13a
  51. Liu et al., 2017:2017-07-31 CRISPRメモ_2017/07/31 [第1項] Leptotrichia shahii由来Cas13aとcrRNA/標的RNAとの二者/三者複合体の構造をクライオ電顕/X線結晶構造解析SAD法により解析

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