タグ:構造解析

2020-04-09 6LU7 (#1)をNature論文crisp_bio記事に紐付け
 2020-04-09
2020-04-09
SARS-CoV-2とACE2複合体のMDシミュレーション動画 "Trajectory 4: A 10 µs simulation of the SARS-CoV-2–ACE2 complex"へのリンクを追加 (下図はキャプチャ画面)
D. E. Shaw
2020-04-08 SARS-CoV-2のRNA依存性RNAポリメラーゼとコファクタの複合体構造データ公開 (#37) [crisp_bio注] #35の6M71と#37の7BTFを、暫定的に同一のbioRxiv投稿に紐付けましたが、この点は、PDBに再確認中です (2020-04-08)
2020-04-05 The New York Timesが、SARS-CoV-2の全タンパク質の配列データと簡明なアノテーションを提示 "Bad News Wrapped in Protein: Inside te Coronavirus Genome" Corum J, Zimmer C. NYT 2020-04-03; How Coronavirus Hijacks Your Cells. NYT 2020-03-13 updated.

[上記より以前の履歴は文末に移動]

具体的な構造データの取得法
・日本 PDBjのWebサイトにてID指定、または、https://pdbj.org/mine/summary/ID にて
      [例] https://pdbj.org/mine/summary/6VXX
・米国 RCDB PDBのWebサイトにてID指定、または、https://www.rcsb.org/structure/ID にて
     [例] https://www.rcsb.org/structure/6VXX
・欧州 PDBeのWebサイトにて、ID指定、または、https://www.ebi.ac.uk/pdbe/entry/IDにて
     [例] https://www.ebi.ac.uk/pdbe/entry/pdb/6VXX

#

ID

Title

Release Date

37

7BTF

SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA polymerase in complex with cofactors in reduced condition

04/08/2020

bioRixv

crisp_bio記事

36

6W9C

The crystal structure of papain-like protease of SARS CoV-2

04/01/2020

35

6M71

SARS-Cov-2 RNA-dependent RNA polymerase in complex with cofactors

04/01/2020

bioRixv

crisp_bio記事

34


PanDDA analysis group - 68 structures of COVID-19 protease with various bound fragments (2020-03-11公開分と合わせて75構造) IDリストcrisp_bio別記事参照

03/25/2020

33

6W41

Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with human antibody CR3022 [A highly conserved cryptic epitope in the receptor-binding domains of SARS-CoV-2 and SARS-CoV]

03/25/2020

Science

32

6W63

Structure of COVID-19 main protease bound to potent broad-spectrum non-covalent inhibitor X77 [A taxonomically-driven approach to development of potent, broad-spectrum inhibitors of coronavirus main protease including SARS-CoV-2 (COVID-19)]

03/25/2020


31

6YB7

SARS-CoV-2 main protease with unliganded active site (2019-nCoV, coronavirus disease 2019, COVID-19) [COVID-19 main protease with unliganded active site]

03/25/2020

30

6W4B

The crystal structure of Nsp9 RNA binding protein of SARS CoV-2

03/18/2020

bioRixv

29

6M0J

Crystal structure of 2019-nCoV spike receptor-binding domain bound with ACE2

03/18/2020

Nature

28

6M3M

Crystal structure of SARS-CoV-2 nucleocapsid protein N-terminal RNA binding domain

03/18/2020

crisp_bio記事

27

5R7Y

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of COVID-19 main protease in complex with Z45617795

03/11/2020

26

5R7Z

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of COVID-19 main protease in complex with Z1220452176

03/11/2020

25

5R80

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of COVID-19 main protease in complex with Z18197050

03/11/2020

24

5R81

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of COVID-19 main protease in complex with Z1367324110

03/11/2020

23

5R82

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of COVID-19 main protease in complex with Z219104216

03/11/2020

22

5R83

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of COVID-19 main protease in complex with Z44592329

03/11/2020

21

5R84

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of COVID-19 main protease in complex with Z31792168

03/11/2020

20

6M03

The crystal structure of COVID-19 main protease in apo form

03/11/2020

19

6M17

The 2019-nCoV RBD/ACE2-B0AT1 complex

03/11/2020

crisp_bio記事

Science 

18

6M18

ACE2-B0AT1 complex

03/11/2020

crisp_bio記事

Science 

17

6M1D

ACE2-B0AT1 complex, open conformation

03/11/2020

crisp_bio記事

Science 

16

6VXX

Structure of the SARS-CoV-2 spike glycoprotein (closed state)

03/11/2020

crisp_bio記事

15

6VYB

SARS-CoV-2 spike ectodomain structure (open state)

03/11/2020

crisp_bio記事

14

6VYO

Crystal structure of RNA binding domain of nucleocapsid phosphoprotein from SARS coronavirus 2

03/11/2020

13

6W01

The 1.9 A Crystal Structure of NSP15 Endoribonuclease from SARS CoV-2 in the Complex with a Citrate

03/11/2020

12

6W02

Crystal Structure of ADP ribose phosphatase of NSP3 from SARS CoV-2 in the complex with ADP ribose

03/11/2020

11

6Y84

COVID-19 main protease with unliganded active site (2019-nCoV, coronavirus disease 2019, SARS-CoV-2)

03/11/2020

10

6VWW

Crystal Structure of NSP15 Endoribonuclease from SARS CoV-2.

03/04/2020

9

6VXS

Crystal Structure of ADP ribose phosphatase of NSP3 from SARS CoV-2

03/04/2020

8

6Y2E

Crystal structure of the free enzyme of the SARS-CoV-2 (2019-nCoV) main protease

03/04/2020

Science

7

6Y2F

Crystal structure (monoclinic form) of the complex resulting from the reaction between SARS-CoV-2 (2019-nCoV) main protease and tert-butyl (1-((S)-1-(((S)-4-(benzylamino)-3,4-dioxo-1-((S)-2-oxopyrrolidin-3-yl)butan-2-yl)amino)-3-cyclopropyl-1-oxopropan-2-yl)-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)carbamate (alpha-ketoamide 13b)

03/04/2020

Science

6

6Y2G

Crystal structure (orthorhombic form) of the complex resulting from the reaction between SARS-CoV-2 (2019-nCoV) main protease and tert-butyl (1-((S)-1-(((S)-4-(benzylamino)-3,4-dioxo-1-((S)-2-oxopyrrolidin-3-yl)butan-2-yl)amino)-3-cyclopropyl-1-oxopropan-2-yl)-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)carbamate (alpha-ketoamide 13b)

03/04/2020

Science

5

6VW1

Structure of 2019-nCoV chimeric receptor-binding domain complexed with its receptor human ACE2

03/04/2020

Nature

4

6LVN

Structure of the 2019-nCoV HR2 Domain

02/26/2020

3

6LXT

Structure of post fusion core of 2019-nCoV S2 subunit

02/26/2020

crip_bio記事

bioRxiv

2

6VSB

Prefusion 2019-nCoV spike glycoprotein with a single receptor-binding domain up

02/26/2020

crisp_bio記事

1

6LU7

The crystal structure of COVID-19 main protease in complex with an inhibitor N3

02/05/2020
crisp_bio記事
Nature

[更新履歴]
2020-04-03 6W41 (#33)にScience論文へのリンクを追加: "A highly conserved cryptic epitope in the receptor-binding domains of SARS-CoV-2 and SARS-CoV" Yuan M, Wu NC [..] Mok CKP, Wilson IA. Science 2020-04-03.
 6W41
2020-04-01 6W9C (The crystal structure of papain-like protease of SARS CoV-2)を#36に追加
6W9C
2020-03-31 UniProt: COVID-19プラットフォーム公開 https://covid-19.uniprot.org/
2020-03-31 通し番号修正; Nature 2020-03-30 論文2報へのリンクを追加 (一覧表の#5と#28)
[# 5] "Structural basis of receptor recognition by SARS-CoV-2" Shang J, Ye G, Shi Y, Wan Y [..] Li F. Nature 2020-03-30[6VW1] Structure of 2019-nCoV chimeric receptor-binding domain complexed with its receptor human ACE2
[#29] "Structure of the SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain bound to the ACE2 receptor" Lan J, Ge J, Yu J, Shan S[..] Zhang L, Wang X. Nature 2020-03-20. [6M0J] Crystal structure of 2019-nCoV spike receptor-binding domain bound with ACE2
下図 左[6VW1], 右 [6MOJ]
2020-03-31 11.51.38
2020-03-31 bioRixv投稿へのリンクを追加 (一覧表の#29) "Crystal structure of the SARS-CoV-2 non-structural protein 9, Nsp9" Littler DR, Gully BS, Colson RN, Rossjohn J. bioRxiv 2020-03-30; 6W4B The crystal structure of Nsp9 RNA binding protein of SARS CoV-2 (下図参照)
2020-03-31 14.33.20
2020-03-11 [初稿] COVID-19SARS CoV-2または2019-nCoVにてRCSB PDBを検索 (25件); 
2020-03-12  [注] この一覧は、2002-3年のSARS CoVのPDB登録データを含んでいない ("SARS CoV"検索へのヒットは182件 (2020-03-12時点)。
2020-03-12
 [更新] 投稿・論文発表があった構造には公開日の部分にcrisp_bio記事または論文へのリンクを埋め込み; PDBj、新型コロナウイルス特集ページ公開 (毎水曜更新) → コチラ
2020-03-18 PDB登録 6M3M 追加
2020-03-23 PDB登録へのリンク整理6LXT (#3)にbioRxiv 2020-03-12投稿と、その紹介にあたるcrisp_bio記事へのリンクを追加
2020-03-26 03-25新規公開追加の記述修正:新規公開追加 (3件およびPanDDA analsisによるリガンド結合プロテアーゼの構造68件(2020-03-11公開分とあわせて75件)); 論文crisp_bio記事へのリンクを追加し、03-25新規公開については、未発表論文の予定タイトルと思われるテキストを[]内に付記

[出典] "A highly conserved cryptic epitope in the receptor-binding domains of SARS-CoV-2 and SARS-CoV" Yuan M, Wu NC [..] Mok CKP, Wilson IA. Science 2020-04-03. < bioRxiv 2020-03-14

 スクリプス研究所に香港大学が加わった研究グループは、ウイルスの抗原性を明らかにすることを目的として、SARS-CoV感染症から回復した患者から2006年に分離されたSARS-CoVに対する中和抗体 CR3022 [参考 1]と、SARS-CoV-2のスパイク (S)タンパク質の受容体結合ドメイン (receptor-binding domain: RBD)との複合体構造を、クライオ電顕法により3.1 Å分解能で再構成した。
  • SARS-CoV-2とSARS-CoVのSタンパク質のアミノ酸配列の同一性は~77%であり、両者に交差反応するエピトープが存在することを示唆していた。研究グループは、2020年2月にCR3022がSARS-CoV-2のRBDに結合することが報告された [参考 2]ことから、交差反応をもたらすエピトープの同定を目指して、SARS-CoV-2 Sタンパク質のRBDとCR3022の複合体構造を決定した [bioRxiv版Fig. 1引用下図参照]。CR3022-1
  • CR3022の結合によって埋もれたRBDの28残基 (エピトープ)の86%にあたる24残基がSARS-CoV-2とSARS-CoVの間で共通していることを同定し、CR3022がSARS-CoV-2およびSARS-CoVと交差反応する構造基盤を明らかにした。エピトープの配列の間には高い保存性が見られたのに対して、CR3022のFab領域の結合親和性には、SARS-CoV RBD: Kd = 1 nMと、SARS-CoV-2 RBD: Kd = 115 nM と大きな差があった。また、この結合親和性の差が、特定のアミノ酸残基のN-結合型グリコシル化の違いに起因することが示唆された。 
  • SARS-CoV-2とSARS-CoVは共に、ヒト細胞表面受容体ACE2に結合するが、その結合サイトは、CR3022のACE2結合サイトとは異なり、互いに遠位に位置していた。 さらに、CR3022-SARS-CoV-2 RBD複合体とACE2-SARS-CoV-2 RBD複合体のアライメントから、CR3022はACE2と衝突しないことが明らかになった。CR3022と異なり、SARS RBDを標的とするほとんどの抗体は、ACE2のRBDへの結合を競合阻害する。
  • CR3022が他のRBD標的抗体と協働してSARS-CoVを中和することが報告されている。今回の実験では、CR3022はSARS-CoV-2を中和するに至らなかったが、他のSARS-CoV-2 RBD標的抗体との協働作用で、SARS-CoV-2 を中和するか興味深い。また、インフルエンザウイルス、ヘルペスウイルス、デングウイルスなどに対して、in vitroでは中和抗体として機能しないがin vivoでは中和抗体として機能する抗体が報告されてきていることから、マウスin vivoでのCR3022の活性も興味深い
  • CR3022のエピトープへの結合機序の詳細については、WrappらのScience論文 [参考 3]が提案したように、三量体を形成しているSタンパク質の3ヶ所のRBDのうち少なくとも2ヶ所が"up"コンフォメーションをとることで、アクセス可能になるサイトであるとした [bioRxiv版Fig. 3引用下図のEまたはF]。CR3033-3
[参考資料]
  1. CR3022同定論文 "Human monoclonal antibody combination against SARS coronavirus: synergy and coverage of escape mutants" : ter Meulen J, van den Brink EN, Poon LLM, Marissen WE, Leung CSW et alPLoS Med 2006-07-04REVIEW "Perspectives on therapeutic neutralizing antibodies against the Novel Coronavirus SARS-CoV-2" Zhou G, Zhao Q. Int J Biol Sci 2020-03-15. [ SARS-CoVに対する中和抗体のリストをTable 1 から下図に引用] Table
  2. "Potent binding of 2019 novel coronavirus spike protein by a SARS coronavirus-specific human monoclonal antibody" Tian X et alEmerg. Microbes Infect. 2020-02-17
  3. crisp_bio 2020-02-22 新型コロナウイルスのスパイク糖タンパク質 (S)の構造、機能および抗原性
  4. crisp_bio 2020-02-21 新型コロナウイルスのスパイク糖タンパク質 (S)とヒト細胞受容体ACE2との複合体クライオ電顕構造
  5. crisp_bio 2020-02-16 新型コロナウイルスのスパイク糖タンパク質 (S)のクライオ電顕構造

2020-03-26 [初稿] 

タイトル (論文未発表 2020-03-26時点): PanDDA analysis group deposition of SARS-CoV-2 mainprotease fragment screen
著者: Fearon D,Owen CD, Douangamath A, Lukacik P, Powell AJ, Strain-Damerell CM, Resnick E, Krojer T, Gehrtz P, Wild C, Aimon A, Brandao-Neto J, Carbery A, Dunnett L, Skyner R, Snee M, London N, Walsh MA, von Delft F.

構造データの取得法
  • 日米欧のPDBにて検索:日本 PDBj; 米国 RCDB PDB; 欧州 PDBe
  • 以下の表は、RCDB PDBにて、"PanDDA analysis group deposition COVID-19"で検索し、表形式の表示から再構成

#

ID

Title

Release Date

1

5R7Y

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of COVID-19 main protease in complex with Z45617795

3/11/2020

2

5R7Z

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of COVID-19 main protease in complex with Z1220452176

3/11/2020

3

5R80

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of COVID-19 main protease in complex with Z18197050

3/11/2020

4

5R81

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of COVID-19 main protease in complex with Z1367324110

3/11/2020

5

5R82

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of COVID-19 main protease in complex with Z219104216

3/11/2020

6

5R83

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of COVID-19 main protease in complex with Z44592329

3/11/2020

7

5R84

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of COVID-19 main protease in complex with Z31792168

3/11/2020

8

5RE4

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with Z1129283193

3/25/2020

9

5RE5

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with Z33545544

3/25/2020

10

5RE6

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with Z54571979

3/25/2020

11

5RE7

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with Z30932204

3/25/2020

12

5RE8

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with Z2737076969

3/25/2020

13

5RE9

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with Z2856434836

3/25/2020

14

5REA

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with Z31432226

3/25/2020

15

5REB

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with Z2856434899

3/25/2020

16

5REC

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with Z1587220559

3/25/2020

17

5RED

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with Z2856434865

3/25/2020

18

5REE

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with Z2217052426

3/25/2020

19

5REF

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with Z24758179

3/25/2020

20

5REG

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with Z1545313172

3/25/2020

21

5REH

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with Z111507846

3/25/2020

22

5REI

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with Z2856434856

3/25/2020

23

5REJ

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with PCM-0102241

3/25/2020

24

5REK

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with PCM-0102327

3/25/2020

25

5REL

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with PCM-0102340

3/25/2020

26

5REM

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with PCM-0103016

3/25/2020

27

5REN

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with PCM-0102425

3/25/2020

28

5REO

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with PCM-0102578

3/25/2020

29

5REP

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with PCM-0102201

3/25/2020

30

5RER

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with PCM-0102615

3/25/2020

31

5RES

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with PCM-0102281

3/25/2020

32

5RET

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with PCM-0102269

3/25/2020

33

5REU

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with PCM-0102395

3/25/2020

34

5REV

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with PCM-0103072

3/25/2020

35

5REW

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with PCM-0102275

3/25/2020

36

5REX

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with PCM-0102287

3/25/2020

37

5REY

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with PCM-0102911

3/25/2020

38

5REZ

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with POB0129

3/25/2020

39

5RF0

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with POB0073

3/25/2020

40

5RF1

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with NCL-00023830

3/25/2020

41

5RF2

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with Z1741969146

3/25/2020

42

5RF3

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with Z1741970824

3/25/2020

43

5RF4

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with Z1741982125

3/25/2020

44

5RF5

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with Z3241250482

3/25/2020

45

5RF6

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with Z1348371854

3/25/2020

46

5RF7

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with Z316425948_minor

3/25/2020

47

5RF8

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with Z271004858

3/25/2020

48

5RF9

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with Z217038356

3/25/2020

49

5RFA

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with Z2643472210

3/25/2020

50

5RFB

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with Z1271660837

3/25/2020

51

5RFC

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with Z979145504

3/25/2020

52

5RFD

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with Z126932614

3/25/2020

53

5RFE

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with Z509756472

3/25/2020

54

5RFF

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with PCM-0102704

3/25/2020

55

5RFG

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with PCM-0102372

3/25/2020

56

5RFH

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with PCM-0102277

3/25/2020

57

5RFI

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with PCM-0102353

3/25/2020

58

5RFJ

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with PCM-0103067

3/25/2020

59

5RFK

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with PCM-0102575

3/25/2020

60

5RFL

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with PCM-0102389

3/25/2020

61

5RFM

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with PCM-0102539

3/25/2020

62

5RFN

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with PCM-0102868

3/25/2020

63

5RFO

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with PCM-0102972

3/25/2020

64

5RFP

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with PCM-0102190

3/25/2020

65

5RFQ

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with PCM-0102179

3/25/2020

66

5RFR

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with PCM-0102169

3/25/2020

67

5RFS

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with PCM-0102739

3/25/2020

68

5RFT

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with PCM-0102432

3/25/2020

69

5RFU

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with PCM-0102121

3/25/2020

70

5RFV

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with PCM-0102306

3/25/2020

71

5RFW

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with PCM-0102243

3/25/2020

72

5RFX

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with PCM-0102254

3/25/2020

73

5RFY

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with PCM-0102974

3/25/2020

74

5RFZ

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with PCM-0102274

3/25/2020

75

5RG0

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with PCM-0102535

3/25/2020




[出典] "Inhibition mechanisms of AcrF9, AcrF8, and AcrF6 against type I-F CRISPR–Cas complex revealed by cryo-EM" Zhang K, Wang S, Li S, Zhu Y [..] Huang Z, Chiu W. PNAS 2020-03-13
; 構造情報 EMDB EMD-21358-21360, PDB ID 6VQV (AcrF9) h, 6VQW (AcrF8), 6VQX (AcrF6) 

 Stanford University,  Harbin Institute of TechnologyならびにUniversity of Montanaの研究グループが、タイプI-F CRISPR-CasシステムのCsy複合体とAcrF9, AcrF8, および AcrF6との複合体構造をそれぞれ、2.57 Å, 3.42 Å, および3.15 Åの分解能で再構成し、AcrsのCsyへの結合機構がAcrFごとに異なることを見出した。

2020-04-08 EMDBとPDBからの構造データリリース (2020-04-01/04-08)につき、リンクを追加
[出典] "Structure of RNA-dependent RNA polymerase from 2019-nCoV, a major antiviral drug target" Gao Y, Yan L, Huang Y [..] Wang Q, Lou Z, Rao Z. bioRxiv 2020-03-17: 構造情報PDB ID 6M71 SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA polymerase in complex with cofactors in reduced condition;  EMDB EMD-30127 

PDB ID 7BTF SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA polymerase in complex with cofactors in reduced condition; EMDB EMD-30178

[crisp_bio注] bioRxiv投稿論文では、6M71と30127が記載されているが、PDBエントリーでは、7BTFと30178からこのbioRxiv投稿論文へのリンクが貼られているので、確認中 (2020-04-08)

背景
 コロナウイルスのRNA依存性RNAポリメラーゼ (RdRp/nsp12)は、複製と転写の必須因子であり、抗コロナウイルス薬の主たる標的とされている。
  • ギリアド社がコロナウイルスのMERSやSARSに対する抗ウイルス性を報告していたところ、今回のSARS-CoV-2にも試験的に処方され、2月にはCOVID-19治療薬としての第III相試験が開始されたレムデシビル (remdesivir)の標的であった。
  • また、富士フィルム富山化学が抗インフルエンザ剤として開発したアビガン (ファビピラビル/Favipiravir)の標的でもあった。
成果
  • 清華大学と上海科技大学に南開大学, 広西大学, クイーンズランド大などが加わった研究グループは今回、SARS-CoV-2の全長nsp12と、その補因子のnsp7ならびにnsp8の複合体構造 (SARS-CoV nsp12-nsp7-nsp8)をクライオ電顕法により2.9-Å分解能で再構成した。
  • SARS-CoV nsp12のモノマーが、一組のnsp7-nsp8および一つのnsp8と複合体を構成していた。この他に、nsp12モノマーと一つのnsp8との複合体および単独のnsp12の像も観察されたが、原子分解能の構造には至らなかった。
  • SARS-CoV-2のnsp12はSARS-CoVのnsp12とr.m.s.dが0.82と良く似ており、ウイルスポリメラーゼファミリーで保存されているコア構造と、ニドウイルス目ウイルスに共通なRdPp-関連ヌクレオチドトランスフェラーゼ (NiRAN)を帯びていた。一方で、nsp12のN末端領域に独特なβ-ヘアピン・ドメインを帯びていた。
  • 研究グループは構造データに基づいてさらに、SRAS-CoV-2の複製の鍵を握る残基を同定し、レムデシビルがRdRpに結合する機序も論じた。

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