遺伝子間相互作用：マップの上位に多様体 (Genetic Interaction manifold: GI manifold)

2019年08月11日

[出典] "Exploring genetic interaction manifolds constructed from rich single-cell phenotypes" Norman TM, Horlbeck MA [..] Gilbert LA, Weissman JS. Science. 2019-08-08. bioRxiv 2019-04-07背景多細胞生物を構成する細胞の多様性は、遺伝子の多さにではなく驚くほ ... もっと読む

共進化モデルに基づいて、その変異が表現型に相乗的変化を与えるアミノ酸ペアの同定から、タンパク質３次元構造を再構成

2019年07月20日

[出典]Deep Mutational Scanning: Perspective "Deep mutational scanning: a new style of protein science" Fowler DM, Fields S. Nat Methods 2014 Aug;11(8):801-7.News & Views： "Mutagenesis-based protein structure determination" Chiasson M, Fowler DM. Nat Ge ... もっと読む

CRISPRメモ_2019/07/17 (9件)

2019年07月17日

1. GEMINI: 変分法的ベイズ推定法に基づいて、プール型CRISPRコンビナトリアル・スクリーンから遺伝子間相互作用を再構成するアルゴリズム[出典] "GEMINI: a variational Bayesian approach to identify genetic interactions from combinatorial CRISPR screens" Zamanighom ... もっと読む

CRISPRメモ_2018/12/25 (深層学習sgRNA; ERAD解析)

2018年12月25日

1. 深層ニューラルネットワークモデルSeqCrisprを開発し、sgRNAの活性はsgRNAの配列に加えて標的遺伝子の遺伝子間相互作用のコンテクストにも依存することを同定[出典] "Identifying Context-specific Network Features for CRISPR-Cas9 Targeting Efficiency Using Accurate ... もっと読む

CRISPRメモ_2018/10/12 (3件)

2018年10月12日

1. [News & Views] 一塩基編集 (BE)療法に向けて[出典] "Towards therapeutic base editing" Seo H, Kim JS. Nat Med. 2018 Oct 8.　BEの特徴BEは顕微授精の際に、一細胞胚または卵母細胞にデリバー可能であり、編集を受けた細胞と編集が起こらなかった細胞が混在するモザイ ... もっと読む