（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/06/15）[Review] CRISPR/Cas9技術をマウスがんモデル作出に利用するCorresponding author: Daisuke Kawauchi; Jan Gronych (German Cancer Research Center (DKFZ))CRISPR/Cas9技術と体細胞遺伝子導入を組み合わせによるマ …
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分解能0.5Åを超えるX線結晶構造解析 - 鉄-硫黄タンパク質
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/06/15）Corresponding author: 三木邦夫（京都大学）[情報拠点注] タンパク質立体構造データベースの分解能別集計を見ると、総エントリー数106,903件の中に、分解能0.5〜1.0 Åの構造が699件含まれているが、分解能0.5 Åを …
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エンハンサーが転写バーストを制御する〜トポロジカルドメイン（TADs）は想定を超えてダイナミックに変化する
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/06/14）[出典] Takashi Fukaya, Bomyi Lim & Michael Levine “Enhancer Control of Transcriptional Bursting.” Cell. 2016 Jul 15;166. Published online 2016 Jun 9.Corresponding author: Michael Levine (Princeto …
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CRISPR関連文献メモ_2016/06/14（４件）
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/06/14）[Review] CRISPR/Cas9によってゲノムの高次構造形成過程研究のステージが記述から解析へと加速Corresponding author: Jennifer E. Phillips-Cremins (University of Pennsylvania)哺乳類ゲノムが１次元から階層的に …
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CRISPRアレイを細胞のメモリーバンクに
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/06/13） CRISPR関連文献メモ_2016/06/13 George M. Church (Harvard Medical School/WyssInst.) CRISPR/Casが獲得免疫記憶システムであることからの発想バクテリアとアーケアは、感染したウイルスのDNAの断片（プロトスペー …
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ヒトES細胞の遺伝子ネットワークに基づいて化合物毒性を高精度予測
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/06/13）Corresponding author: 藤渕 航（京都大学/AIST）創薬には動物実験による毒性予測が必須であるが、動物実験に対する３Rの理念に加えてより高精度なヒト毒性予測を目指して、動物実験代替法の研究開発が進められている …
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タンパク質本来の構造と特性に影響を与えない（innocuous）タグ“Inntags”を開発
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/03/29）Corresponding authors: Carme Gallego, Martí Aldea (Molecular Biology Inst. Barcelona); Modesto Orozco (Joint BSC-CRG-IRB Programme in Computational Biology, Barcelona)タンパク質標識用ペプチドタグに …
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定量的標的プロテオミクスによるタンパク質定量を効率化する汎用タグの開発
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/06/12） Corresponding author: Sven Eyckerman (VIB Medical Biotechnology Center/Ghent University) 細胞内のタンパク質を定量する技術は生命科学に必須であるが、既存の定量法には一長一短ある。抗体を利用す …
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マウス386匹のトランスオミクス
Corresponding author: Ruedi Aebersold (ZTH Zurich); Johan Auwerx (Interfaculty Inst. Bioengineering, EPFL)GWASによって種々の表現型に相関する膨大な数の遺伝子座が同定されたが、複雑な表現型を決定づける遺伝因子群の多くは未だ不明であり、その解明は、遺伝子 …
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｜最終更新2019年 PDIS事業成果 , 最終更新2022年PDISニュースウオッチ・アーカイブ
![[PDIS]アラート：セマフォリン様モノクローナル抗体で見えてきたプレキシン細胞外ドメイン独特の動態](https://livedoor.blogimg.jp/crisp_bio/imgs/1/f/1f7357d6-s.png)
[PDIS]アラート：セマフォリン様モノクローナル抗体で見えてきたプレキシン細胞外ドメイン独特の動態
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/06/11）Corresponding authors: 高木淳一（大阪大学）；服部有宏（中外製薬）阪大高木研究室は2010年Nature 論文においてセマフォリン6AとプレキシンA2それぞれの細胞外領域ならびに複合体の構造を決定し、セマフォリン結合 …
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CRISPR関連文献メモ_2016/06/11（２件）
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/06/11）[論文] Bacillus subtitles のゲノムを自在に編集可能にするCRISPR/Cas9ツールキットの開発Corresponding author: C. Perry Chou (University of Waterloo)Cas9を染色体から発現させgRNAsも染色体から転写させるこ …
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CRISPR関連文献メモ_2016/06/10（５件）
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/06/10）[IN DEPTH] 細胞にバーコードを埋め込むAuthor: Kai Kupferschmidt (Science editor)Science 6月3日号のIN DEPTH欄は、 A. F. Schier (Harvard U.)とJ. Shendure (U. Washington)らのGESTALT（genome editing of s …
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タンパク質結晶構造上の変異分布からがん遺伝子を判定する（２）
Corresponding author: 藤本明洋（京都大学/理化学研究所）がんの発生は、発がん遺伝子の活性化とがん抑制遺伝子の機能欠損によってドライブされる。発がん遺伝子において機能亢進や機能改変をもたらす変異は、少数の重要なコドンと立体構造上でクラスターを形成し、がん抑 …
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タンパク質結晶構造上の変異分布からがん遺伝子を判定する（１）mutation3D
Corresponding author: Haiyuan Yu (Cornell University)全ゲノムシーケンシング（WGS）と全エクソームケンシング（WES）とコホート研究のデータから統計的解析によって病因遺伝子候補やドライバー変異候補のリストが伸びている一方で、臨床に展開された標的のリストは伸び …
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![[PDIS]アラート：DMTスーパーファミリーのYddGによるアミノ酸輸送の構造基盤](https://livedoor.blogimg.jp/crisp_bio/imgs/d/9/d9060822-s.png)
[PDIS]アラート：DMTスーパーファミリーのYddGによるアミノ酸輸送の構造基盤
Corresponding authors: 石谷隆一郎；濡木 理（東京大学）DMT(drug/metabolite transporter)スーパーファミリーは真核生物、バクテリアならびにアーケアに広く見出される膜輸送体からなる大きなグループを形成し、広い範囲の毒性物質や代謝物を細胞から排出する輸送体を含ん …
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CRISPR関連文献メモ_2016/06/09（６件）
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/06/09）[論文] 遺伝子増幅がCRISPR/Cas9によるがん細胞必須遺伝子スクリーニング結果に与える影響（１）Corresponding author: Michael R. Schlabach (Novartis Inst. for Biomedical Research/現職はKSQ Therapeutics)大腸 …
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[PDIS]アラート：[総説] 亜鉛四核クラスターによる環境調和型触媒反応の開発と反応機構
Corresponding author: 大嶋孝志 (九州大学)著者らが開発したμ-オキソ亜鉛四核クラスターはほぼ中性の条件下で極めて高い効率を示す環境調和型の触媒であり、求核性が本来高いアミノ基の存在下で求核性に劣る水酸基を選択的にアシル化するという特徴を有する：オキサゾリ …
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水和構造の変化がマルチドメイン・タンパク質のコンフォメーション変化を可能にする
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/06/08）Corresponding author: 中迫雅由（慶應義塾大学）低温X線結晶構造解析などから、タンパク質を水和する水分子がタンパク質が機能するために必要とする実験結果が得られていた。今回、ドメイン間の水分子がドメインの運 …
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CRISPR-Cas9技術を使って転写の光スイッチを実現
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2015/01/28）東京大学佐藤守俊研究室は、光によって複数の遺伝子の転写をオン・オフする手法“CRISPR-Cas9-based photoactivatable transcription system (以下、CPTS)”を確立した。【CPTSの概要】プローブとして２種類の融合タン …
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CRISPR-Cas9システムの改変によって、ゲノムワイドでの転写を高効率で活性化するSAM法を開発
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2015/01/30）CRISPR-Cas9技術の第一人者の１人Feng Zhang(Broad Institute)を始めとする米日の研究チームが、CRISPR-Cas9複合体に３種類の転写活性化ドメインを融合することによって、ゲノムワイドで、遺伝子ならびに長鎖ノンコー …
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３研究グループがヒト細胞に不可欠な遺伝子群を同定
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2015/11/28）（CRISPR関連文献メモ_2015/11/28）Science 誌11月27日号のPerspective"The indispensable genome”には、酵母の機能ゲノミクスを精力的に進めているCharles BooneとBrenda J. Andrewsによって、EUを中心とする研究グ …
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CRISPR関連文献メモ_2016/06/07（２件）
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/06/07）[ミニレビュー] CRISPR/Cas9によるゲノムワイドのプール型スクリーニングCorresponding author: Neville E. Sanjana (New York Genome Center/NYU)プール型の遺伝子スクリーニングが、プログラム可能なCRISPR/Cas9の …
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流行地域を始めとするフィールドでの利用が可能なジカ（Zika）ウイルス判定法の開発
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/06/07）Corresponding author: James J. Collins (MIT; Wyss Inst.; Broad Inst.)J. J. Collinsの研究チームはこれまでに開発してきた以下の２種類の技術とNASBA (nucleic acid sequence-based amplification)と呼ばれる等 …
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膵臓がん早期発見につながる血中バイオマーカの測定を可能に
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/06/06）Corresponding author: 大塚基之（東京大学）膵管がん（Pdac）は、早期発見が極めて困難であるため、発見時には治療困難な状態にまで進行していることが極めて多い。そこで、早期発見に有望なバイオマーカーが同定さ …
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KRas変異がんを合成致死へと誘導する化合物をスクリーニング
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/06/06）Corresponding authors: Xiufeng Pang (華東師範大学); Mingyao Liu (華東師範大学/Texas A&M U. Health Science Center)ヒトがん全体の21%にKras の癌原性の体細胞変異が存在し、特に、膵臓、大腸および肺で高頻 …
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CRISPR関連文献メモ_2016/06/05（３件）
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/06/05）[論文] クラス2タイプVI-A CRISPR/CasエフェクターC2c2の標的は一本鎖RNAであるOmar O. Abudayyeh et al. “C2c2 is a single-component programmable RNA-guided RNA-targeting CRISPR effector.” Science. Publ …
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TCRsのリン酸化は、抗原結合と膜貫通部位結合コレステロールの相互アロステリック調節を受ける
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/06/05）Corresponding author: Wolfgang W.A. Schamel (Albert-Ludwigs-University of Freiburg)TCRs（T細胞受容体）と抗原の結合によってTCRsの細胞質内C末端に結合しているCD3分子がリン酸化され、T細胞の獲得免疫応答が …
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[PDIS]アラート：8重変異によるアデノシンA2a受容体の顕著な熱安定化を統計熱力学で解析
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/06/05）Corresponding authors: 村田武士（千葉大学）；木下正弘（京都大学）GPCRの一種であるアデノシンA2a受容体（A2aR）の８重変異体が、極めて高い耐熱性を得る物理的要因を、2016年4月にJ. Phys. Chem. B. 誌に発表し …
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[PDIS]アラート：回収再利用可能な不均一系亜鉛/イミダゾール触媒によるエステル交換反応
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/06/05）Corresponding author: 大嶋孝志（九州大学）広範な反応溶媒（トルエン、酢酸エチル、メタノール、および炭酸ジメチル）おいて優れた触媒活性を示し、活性を失うことなく回収再利用を５回繰り返すことが可能な不均一 …
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乳がん/子宮がん誘導を回避しつつ血管修復/代謝改善作用を示すエストロゲンを設計
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/06/04）Corresponding author: Benita S. Katzenellenbogen (U. Illinois at Urbana-Champaign)エストロゲンの二面性傷害を受けた血管の修復や肝臓や脂肪組織における代謝を改善する作用を有する一方で、乳腺と子宮における …
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CRISPR関連文献メモ_2016/06/04（４件）
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/06/04）[論文] CRISPRによる生細胞中での遺伝子座のラベル付けをRNAアプタマーを利用して２色化 Corresponding author: Siyuan Wang (Harvard University)これまでの多色ラベル化は異なる微生物種由来の不活性化Cas9（dCas …
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[展望] ヒトゲノムを「読む」から「書く」へ
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/06/03）“秘密会合”からのレポートがScience から発表された：タイトルは“The Genome Project-Write”； 著者はJef D. Boeke (corresponding author), George Church, Andrew Hessel, Nancy J. Kelleyら25名“HGM-read …
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将来の薬剤耐性変異を織り込んだ第３世代mTOR阻害剤
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/06/03）Corresponding authors: Neal Rosen (Memorial Sloan-Kettering Cancer Center); Kevan M. Shokat (UCSF)精密医療がもたらす選択圧によって腫瘍細胞の中の薬剤耐性サブポプレーションが増殖する。この腫瘍細胞の進 …
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単一ナイーブT細胞TCRの抗原親和性と配列を共に決定し、TCRレパトアの年齢依存を裏付け
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/06/03）Corresponding author: Ning Jiang (University of Texas at Austin)新たなアッセイ法iTAST（in situ TCR affinity and sequence test)を開発MHC分子とペプチド断片の複合体（以下、pMHC）の多量体であり、極めて微 …
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[PDIS]アラート：細胞ベーススクリーニングによって、Gタンパク質共役型内向き整流性カリウムチャネル阻害剤としてプロフラビンを同定
Corresponding authors: 稲野辺 厚；倉智嘉久（大阪大学）Gタンパク質共役型内向き整流性カリウムチャネル（G Protein-Gated Inward Rectifier Potassium Channels, GIRKs）のサブユニットKir3.2の過剰発現が、ダウン症（DS）のある種の表現型に関与することが示唆されてい …
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[PDIS]アラート：結晶のサイズとX線の波長がS-SAD法による結晶構造解析に与える影響
Corresponding author: 千田俊哉（高エネルギー加速器研究機構）S-SAD法には、結晶に重原子を導入することなく内在の硫黄を利用する大きなメリットがある。しかし、硫黄の吸収端が低エネルギー領域にあるため（2.472 keV = 5.016 Å）、より短い波長に最適化されているほと …
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CRISPR関連文献メモ_2016/06/02（７件）
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/06/02）[論文] Pro-SRSA法：CRISPR/Cas9による機能欠失型スクリーニングを組込んだタンパク質の細胞内安定性測定法Corresponding author: Tiebang Kang (中山大學 Cancer Center)Pro-SRSA（protein stability regulators sc …
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[PDIS]ご報告：創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ２周年
2014年６月：創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ記事掲載開始2014年６月の月間統計：掲載記事数 45件；一意な接続IP数 156件；訪問件数 284件2014年11月 Google Scholarのアラートを利用したPDIS成果論文の紹介掲載を開始 （これまでの[PDIS]記事のべ298件；複 …
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sgRNAの最適設計：CRISPR/Cas9の活性を最大限にオフターゲット編集を最小限に
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/06/01）CRISPR関連文献メモ_2016/06/01（１件）Corresponding authors: John G. Doench; David E. Root (Broad Institute) / Nicolo Fusi; Jennifer Listgarten (Microsoft Research New England)Doenchらは、実験検証 …
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医薬・生物学ビッグデータから副作用の低減と機序について仮説を構築し実験検証
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/06/01）Corresponding author: 金子周司（京都大学）非定型統合失調症治療薬（Atypical antipsychotics: 以下、AA）が引き起こす糖尿病による死亡に至る可能性もある高血糖の発生機序を明らかにし予防法を発見した。はじめに …
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