（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/05/26）[論文] ゲノム編集によるHIV-1 DNAの除去 - 概念実証in vivo 実験：Kamel Khalili、Jennifer Gordon & Wenhui Hu (Temple University)CRISPR/Cas9技術によって、ヒト細胞株において（in vitro）潜在感染しているHI …
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広汎ながん細胞が3′-UTR欠損を介したPD-L1 過剰発現によって免疫を回避している
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/05/25）Corresponding author: 小川誠司（京都大学）京都大学、東京大学ならびに北海道大学の研究チームは、PD-L1 遺伝子の3’-UTRの欠損が、がん細胞の免疫回避の一端を担う分子機構を明らかにし、PD-L1/PD-1阻害薬の効果 …
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遺伝子発現活性化にはVPR, SAMまたはSunTagの三択
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/05/25）CRISPR関連文献メモ_2016/05/25James J. Collins; George Church (YouTube(45:50) “Genome Engineering 3.0”)初めに、HEK293T細胞における複数遺伝子を標的としていわゆる第２世代の内在遺伝子発現活性化法８種類を …
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転写開始過程の構造基盤
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/05/25） 真核生物における転写は、転写開始前複合体（pre-initiation complex, PIC）とRNAポリメラーゼ（RNAP）Ⅱ（以下、Pol Ⅱ）の協働によって進行する。今回、Eva Nogales (LBNL)らの米国チームがヒトにおける転 …
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遺伝的変異と形質（体型から疾患まで）の多対多の関係を解きほぐし、形質間の因果関係を探る
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/05/25）Corresponding author: Joseph K. Pickrel (New York Genome Center/Columbia University)42種類の形質（*）を対象とする大規模GWASデータ(**)を統計処理し、複数種類の表現型と相関する遺伝変異が起きている341遺伝 …
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CRISPR関連文献メモ_2016/05/24（２件）
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/05/24）[論文] アデノウイルス由来タンパク質を“helper”とすることで、ヒト初代T細胞の効率良いゲノム編集を実現： Andrew M. Scharenberg (Seattle Children’s Research Institute)初代T細胞の遺伝子破壊およびまたは遺 …
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無脊椎動物由来膜孔形成毒素ライセニンの結晶構造
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/05/24）Corresponding authors: Lakmal Jayasinghe (Oxford Nanopore Technologies Ltd.); Gregor Anderluh (National Institute of Chemistry, Slovenia)無脊椎動物シマミミズ（Eisenia fetida ）由来のライセニン（lys …
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[PDIS]アラート：BIN1タンパク質が、BACE1の細胞内輸送とアミロイドβ(Aβ)の産生量を調節する
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/05/23）Corresponding author: 富田泰輔（東京大学）BIN1(Bridging Integrator 1)遅発型アルツハイマー病の遺伝的リスク因子（複数のGWAS解析から）N末端にBin/Amphiphysin/Rvs(BAR)ドメインが、C末端にSrc homology 3(SH3) …
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CRISPR関連文献メモ_2016/05/23（６件）
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/05/23）[論文] CRISPR/Cas9がHBV cccDNAに誘導する変異のカタログ： Christoph Seeger (Fox Chase Cancer Center)慢性B型肝炎からの治癒を実現するためには、非分裂細胞に潜む共有結合閉環状DNA (cccDNA)を破壊する必要があ …
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これまでにない多様なマクロライド系抗生物質候補を全合成
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/05/22）感染症に対する抗生物質はこれまで、半合成法あるいは微生物の発酵生産物の化学修飾によって開発・生産されてきた。今回、Andrew G. Myers（Harvard U.）の研究チームは、単純な化合物から多段の収束的合成を繰り返す …
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![[PDIS]アラート：ヒストンタンパク質H2A-H2Bヘテロ二量体の溶液構造](https://livedoor.blogimg.jp/crisp_bio/imgs/5/2/525943d7-s.png)
[PDIS]アラート：ヒストンタンパク質H2A-H2Bヘテロ二量体の溶液構造
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/05/22）Corresponding author: 西村善文（横浜市立大学）NMR解析とNMRで得られる化学シフトの値から構造を決定するCS-Rosetta法によって、ヒトH2A-H2Bヘテロ二量体の溶液構造を初めて明らかにし、ヌクレオソームの内外でのヒ …
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[レビュー] 自然免疫記憶（innate immune memory／trained immunity）
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 20160521）Corresponding author: Mihai G. Netea (Radboud University Medical Center)免疫記憶は古くは獲得免疫系に存在し自然免疫系には存在しないとされていたが、近年、再感染に対してT細胞とB細胞に依存せず自然免疫系の応 …
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Cell 誌 2016年5月16日号から「自然リンパ球の細胞分化と機能制御」論文２題
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 20160521）[論文] 自然リンパ球のレギュローム(regulome)は分化の過程で獲得される： Han-Yu Shih; John J. O’Shea (National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases, NIAMSD)自然免疫で機能するリン …
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ゲノム編集関連ニュース：「ヒトゲノム合成プロジェクト」秘密会合は誤解か？
2016年5月10日の“ハーバード秘密会合”が波紋を呼んでいる。New York Timesによると、当初の会合名は“HGP2: The Human Genome Synthesis Project”であり、開催時には“HGP-Write: Testing Large Synthetic Genomes in Cells”に変わっていた（注：ここでHGP2に対するHGP1 …
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PARIS法 - 生細胞におけるRNA二本鎖のマッピング
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 20160520）Corresponding author: Howard Y. Chang (Stanford University)ソラレン誘導体4′-aminomethyltrioxsalen（AMT）によってin vivo でRNA二本鎖を架橋、塩基対結合を固定し、２次元ゲル精製を経て、近接ライブラリーを …
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LIGR-seq法 - ヒトRNA-RNA相互作用の網羅的マッピング
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 20160520）Corresponding author: Benjamin J. Blencowe (University of Toronto)RNA二本鎖において並置関係にあるピリミジンを架橋するソラレン誘導体4′-aminomethyltrioxalen (AMT)を利用するLIGR-seq（LIGation of interacti …
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SPLASH法 - RNAインタラクトームの新たな解析法
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 20160520）Corresponding authors: Niranjan Nagarajan; Yue Wan (Genome Inst. Singapore, A*STAR)ビオチン化ソラレンと近接ライゲーションアッセイ（PLA）にディープシーケンシングを組み合わせたSPLASH（Sequencing Psoralen …
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AMPA型グルタミン酸受容体（AMPARs）ヘテロマーの構造
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 20160520）Corresponding author: Ingo H. Greger (MRC Laboratory of Molecular Biology)神経伝達とシナプス可塑性の中核を成すAMPARs（AMPA-type glutamate receptors）は主として、GluA1からGluA4までの４種類のサブユニット …
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CRISPR関連文献メモ_2016/05/19（７件）
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 20160519） [論文] crRNAスペーサーの長さによってCascadeの活性を調節：Chase L. Beisel (North Carolina State U.) E. coli のタイプI-E CRISPR/CasシステムのCascadeの結晶構造から発想して、crRNAスペーサーの長さを …
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｜最終更新2019年 PDIS事業成果 , 最終更新2022年PDISニュースウオッチ・アーカイブ
[PDIS]アラート：抗原刺激によるB細胞から形質細胞への分化の機構 - B細胞分化制御因子PAX5とBLIMP1の関わり
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 20160519）Corresponding author: 早川文彦（名古屋大学）形質細胞分化は、抗原によるB細胞受容体（BCR）の刺激から始まり、転写抑制因子BLIMP1で制御される。BCR刺激前は、BLIMP1は、B細胞のアイデンティティーを維持する鍵を握 …
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[PDIS]アラート：1,3-ならびに1,4-ベンザイン等価体による多環式複素環の位置選択的合成
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 20160519）Corresponding authors: 井川貴詞；赤井周司（大阪大学）ベンザイン等価体と arynophilesの組み合わせた縮合多環式複素環化合物の新規合成法を開発し、抗精神病薬リスペリドンの収束的合成を実現することで、この新手法 …
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[PDIS]アラート：(−)-カルジオペタリンの全合成
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 20160519）Corresponding authors: 横島 聡；福山 透（名古屋大学）アコニチン型天然物の一種である(−)-カルジオペタリンの全合成を実現。アコニチン（aconitine）骨格におけるビシクロ[3.2.1]システムの構築と、含酸素官能基を …
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[PDIS]アラート：アマサスピラミド類アルカロイドと類縁体の増殖抑制活性
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 20160519）Corresponding author: 福山 透（名古屋大学）アマサスピラミド類の全合成系で得られる６種類の天然物アルカロイドと４種類の合成中間体について、４種類のヒトがん細胞株（結腸腺がん由来HCT116；前立腺がん由来PC-3； …
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SLENDR法 - マウス脳において、タンパク質細胞内局在をハイスループットかつナノスケールでマッピング
Corresponding authors：西山 潤；安田涼平 (Max Planck Florida Institute for Neuroscience)SLENDR法は、CRISPR-Cas9発現ベクターと相同組換え修復（HDR）用のテンプレートを、マウス子宮内胎児の脳の神経前駆細胞にエレクトロポレーションによって導入する。成熟した神経 …
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PETによるtauの脳内分布解析が、アルツハイマー病の進行診断に有効
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 20160518） CRISPR関連文献メモ_2016/05/18Corresponding author: Beau M. Ances (Washington University in St. Louis)βアミロイド（Aβ）の凝集・蓄積とタウタンパク質（tau）の凝集繊維化が、アルツハイマー病（AD）の病理 …
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肺腺癌は肝臓の概日リズムを変調する内在性ツァイトゲーバー（zeitogeber）である
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 20160518）Corresponding author: Paolo Sassone-Corsi (University of California, Irvine (UCI))概日時計は精密な分子機構を介して生物の代謝と生理を調節しているが、光や栄養といった外的要因のリズム（ツァイトゲーバー）に …
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[展望] 上皮間葉転換を標的とする抗がん剤開発
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 20160518）Corresponding authors: Fabrizio Marcucci; Ruggero De Maria (Regina Elena National Cancer Institute/University of Milan)上皮間葉転換（EMT）は胚発生過程で起こり、腫瘍の進行過程で起こる。腫瘍細胞は、EMTに …
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[NEWS FEATURE] 医薬品の肝障害を予測する
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 20160517）Abbie社の１型C型慢性肝炎治療薬は、FDAによって2014年12月19日に認可され、日本でも2015年9月28日に認可されたが、FDAは2015年10月22日には、死亡例もある重篤な肝障害のリスクがある、と警告した。肝障害の予測法とし …
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Nature 2016年５月12日号からタンパク質の構造・動態解析３題
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 20160517） [論文] グルカゴン受容体の新奇リガンド結合部位：Fiona H. Marshall (Heptares Therapeutics Ltd) グルカゴン（glucagon）は主として膵臓のランゲルハンス島のA細胞(α細胞)で生合成・分泌される29アミノ酸残基 …
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連続フェムト秒結晶構造解析法（SFX）でPhotoactive Yellow Proteinの光異性化を見る
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 20160517）Corresponding author: Marius Schmidt (University of Wisconsin–Milwauke)紅色光合成合成細菌由来の光受容タンパク質イエロープロテイン（PYP）は光を受容後、フェムト秒からミリ秒の時間で多くの中間体を経る可逆 …
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[PDIS]アラート：テロメアDNAにグアニン四重鎖形成を誘導する非対称型大環状ヘキサオキサゾール化合物の設計・合成
長澤和夫（東京農工大学）２種類の側鎖を持つ非対称型大環状ヘキサオキサゾール化合物4,2-L2H2-6OTD(2)と5,1-L2H2-6OTD(3)を設計・合成。既報の対称型3,3-L2H2-6OTD(1)と異なり(2)と(3)は、反平行トポロジーとハイブリッド型トポロジーのテロメアDNAを誘導した。分子力学計算 …
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[PDIS]アラート：乳がん骨転移の決定的要因ー腫瘍細胞由来CCL4と骨内CCR5発現繊維芽細胞の相互作用
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 20160516）Corresponding author：向田直史（金沢大学）マウス脂肪体に注入すると一貫して骨転移するクローン4T1.3を、高転移性のマウス乳がん細胞株「4T1細胞」から樹立。4T1.3の増殖能と転移能は4T1と同等であるが、4T1.3を骨内 …
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CRISPR関連文献メモ_2016/05/16（６件）
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 20160516）[RESEARCH HIGHLIGHT] 疾患モデリングへの“正しい(CORRECT)”一歩：Linda Koch (Editor)Dominik Paquetらの“CORRECT (consecutive re-guide or re-Cas steps to erase CRISPR–Cas-blocked targets)”を短くハイライ …
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寄生原虫リーシュマニアにおける薬剤標的と薬剤耐性機構をハイスループットで同定する“Cosmid Sequencing (Cos-Seq)”
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 20160515）Corresponding author: Marc Ouellette (Université Lava)遺伝子の過剰発現を利用する機能獲得型スクリーニングは薬剤標的／耐性遺伝子同定の強力なツールであるが、ハイスループットスクリーニングへの展開が難しか …
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[PDIS]アラート：トリパノソーマのグリコソームを標的とする阻害剤のHTRF法によるハイスループットスクリーニング
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 20160515）Corresponding author：今中常雄（富山大学）[グリコソーム（glycosome）]解糖系酵素を含む密なマトリックスタンパク質を１重膜が囲んでいる細胞内小器官。哺乳類のペリオキシソームと類縁関係とみられる細胞小器官であ …
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腸内菌叢による食餌由来トリプトファンの代謝物が中枢神経系炎症の調節に関与する
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 20160515）Francisco J. Quintana (Brigham and Women's Hospital, HMS)らは今回、実験的自己免疫性脳脊髄炎（EAE）モデルマウスと多発性硬化症（MS）患者由来のサンプルにおいて、I型インターフェロンと腸内菌叢によるトリプトフ …
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Cas9を利用して、シーケンシングの対象とするライブラリーを絞り込む
[出典] W. Gu et al. “Depletion of Abundant Sequences by Hybridization (DASH): using Cas9 to remove unwanted high-abundance species in sequencing libraries and molecular counting applications.” Genome Biol. 2016 Mar 4;17:41 ; Corresponding author …
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精密がん免疫療法の選択を支援する“cancer immunogram”を提案
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 20160514）種々のがん免疫療法に対する応答は患者によって著しく異なる。今回、Christian U. BlankらNetherlands Cancer InstituteとUCLAの研究者が、PD-L1の発現や変異負荷といった特定の指標に変えて７種類のパラメータを総合し …
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ヒストンコード仮説の検証を促進する一分子解析法
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 20160514）Corresponding author: Bradley E. Bernstein (Massachusetts General Hospital and Harvard Medical School/Broad Institute of MIT and Harvard)複数のヒストン修飾の組み合わせがそれぞれ特異的な機能を引き出すとす …
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CRISPR関連文献メモ_2016/05/14（４件）
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 20160514）[論文] 短縮gRNAとCas9の組み合わせ（tru-RGNs）によって効率的にFVII遺伝子ノックアウトマウスを作出：Fuliang Du (南京师范大学)5’端を切り詰めたgRNA（tru-GRN, 17/18ヌクレオチド）がもたらす効果を、NIH/3T3細胞 …
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