crisp_bio

科学分野の比較的新しい論文と記事を記録しておくサイト： 主に、CRISPR生物学・技術開発・応用 (ゲノム編集, エピゲノム編集, 遺伝子治療, 分子診断/代謝工学, 合成生物学/進化, がん, 免疫, 老化, 育種 - 結果的に生物が関わる全分野) の観点から選択し、時折、タンパク質工学、情報資源・生物資源、新型コロナウイルスの起源・ワクチン・後遺症、機械学習・AIや研究公正からも選択

｜最終更新2019年 PDIS事業成果 , 最終更新2022年PDISニュースウオッチ・アーカイブ

富井健太郎（ゲノム機能情報研究グループ/創薬基盤研究部門/産業技術総合研究所）タンパク質のアミノ酸配列の類似性検索はタンパク質の構造・機能推定の基本である。MIQS（Matrix to Improve Quality in Similarity search）は高感度な遠縁類似配列検索に適したア ミノ酸置換 …
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（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 20160503）CRISPR関連文献メモ_2016/05/03Wendell A. Limd；Geeta J.Narlikar (UCSF)ヌクレオソームがCRISPR/Cas9システムの活性に及ぼす影響を生化学的に解析。ヒストン八量体に高親和性を示す人工の配列、Widom 601 DNAポジショ …
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（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 20160502）X線回折像から再構成された生体高分子の構造データはProtein Data Bank（PDB）に、電顕像から再構成された生体高分子の構造データはElectron Microscopy Data Bank (EMDB)に、それぞれ、蓄積され（アーカイブされ）、共 …
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（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 20160501）Corresponding author: John WR Schwabe (University of Leicester)NuRD（nucleosome remodelling and deacetylase）は、ヒストン脱アセチル化酵素とATP依存クロマチン再構成活性と２種類の活性を備え、クロマチンの高 …
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（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 20140516）タンパク質間相互作用ネットワークの研究は、ネットワークを制御することを目的として、ネットワーク全体を統御するタンパク質の特定に向かっている。NCBIのStefan Wuchty（現マイアミ大学）は、High-quality INTeractom …
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（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 20160101）Nature Methods 2016年1月号のRESEARCH HIGHLIGHTSの中で、2015年10月にCell 誌に発表されたAnthony A. Hyman (MPI, Dresden)とMatthias Mann (MPI, Martinsried)らのヒト・インタラクトームに関する論文が取り上げ …
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（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 20160430）Corresponding authors: Arunachalam Vinayagam；Yang-Yu Liub; Norbert Perrimon；Albert-László BarabásiScale-free network（スケールフリーネットワーク）の提唱者Albert-László Barabásiらによるタンパク質 …
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（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 20160430）[論文] タイプⅢ-B CmrシステムにおけるDNA切断機構（１）：Rebecca M. Terns; Michael P. Terns (U. Georgia) 　CRISPR/CasシステムはcRNAとエフェクター複合体を構成するCasタンパク質に準拠してタイプⅠからVまでに …
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（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/04/29）Corresponding author: E. Premkumar Reddy (Icahn School of Medicine at Mount Sinai)(2m39sのビデオへ)30年余りの挑戦を経ながらRAS 変異遺伝子を標的とする阻害剤は未だ実現していない‘undruggable’がん遺伝 …
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｜最終更新2022年PDISニュースウオッチ・アーカイブ , 老化

（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 20160429）Jesus Bertran-Gonzalez (Clem Jones Centre for Ageing Dementia Research, U. Queensland)らオーストラリアの研究チームは、老化に伴って判断行動の柔軟性が失われていく現象と脳神経回路の不全との相関について仮説 …
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｜最終更新2019年 PDIS事業成果 , 最終更新2022年PDISニュースウオッチ・アーカイブ

（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 20160428）Corresponding authors: 喜井 勲；萩原正敏（京都大学）さまざまなタンパク質キナーゼにおける自己リン酸化は、折り畳みの一過程である。成熟キナーゼを対象とするこれまでのスクリーニング法では、折り畳み過程を標的 …
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（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 20160427）Corresponding author: 木村 誠（九州大学）ヒト・リボヌクレアーゼP (RNase P) Rpp38の超好熱アーケアの一種Pyrococcus horikoshii のホモログPho Rpp38は、RNAの構造モチーフの一種キンクターン（kink-turn/K-turn …
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Corresponding authors: 江上寛通; 濱島義隆 (静岡大学)既報告の1-Chloro-1,2-benziodoxol-3-(1H)-oneのアルケンに対する活性を分析。求核試薬と反応条件の選択によって、オキシクロロ化、ジクロロ化、アジドクロロ化、クロロチオシアン化およびヨードエステル化をそれぞれ …
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（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 20160427）Corresponding authors: 森田延嘉；田村 修（昭和薬科大学）イオン液体におけるフェニルプロペンの１種であるイソオイゲノール (isoeugenol) と1-フェニルプロペン(1-phenylpropenes)の金触媒二量体化によって、1,2,3- …
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（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 20160427）Corresponding author: 徳光 浩 (岡山大学)Ca2+シグナル伝達因子カルモジュリン（calmodulin, CaM）は40年にわたる研究の中で多くの標的分子が同定され、2010年にはO’Connellらがタンパク質アレイを使って72種類の新 …
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｜最終更新2022年PDISニュースウオッチ・アーカイブ , 老化

（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 20160426）Corresponding authors: Eric J. Topol; Ali Torkamani (The Scripps Translational Science Institute)長寿者に老化関連疾患を予防する機構が存在することが示唆されていることから、長寿に関連する表現型の中で「健 …
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｜CRISPR , 最終更新2022年PDISニュースウオッチ・アーカイブ

（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 20160426）Česlovas Venclovas (Vilnius University, Lithuania)最近FEBS Journal に発表されたThermotoga maritimのCasタンパク質Csm2の結晶構造（挿入図はその２量体構造）を構成する“small subunits”を他のタイプのCasタン …
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（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 20150926）Feng Zhang (Broad Inst.) 研究チームは、クラス２のV型CRISPRシステムエンドヌクレアーゼ、〜1,300アミノ酸の大きさのCpf1 (Prevotella とFrancisella 1 由来CRISPR) 、の構造と機能を解析した．Francisella novici …
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（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 20160425）この4月20日と21日、Emmanuelle Charpentier、Zhiwei Huang、そしてFeng Zhangと濡木 理の３研究チームによって、Francisella novicida 由来Cpf1の機能、Lachnospiraceae bacterium 由来Cpf1の結晶構造、そしてAcidami …
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（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 20160425）Corresponding author: Veit Hornung (University Hospital Bonn/Ludwig-Maximilians-Universität München)Hornungらは、リポ多糖 (LPS) に応答してヒト単球がインフラマソームを介した古典的パスウエイとは独立にIL …
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（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 20150211）　Cas9、TALENあるいはZnフィンガーに依るゲノム編集技術を臨床に応用するためには、標的以外のゲノム領域の編集(オフターゲット効果)について十分理解することが必須である。2014年12月から2015年1月にかけてNature Bio …
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（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 20150128）CRISPR-Cas9とTALENによるゲノム編集の問題点の一つが、ターゲットとしたい以外のゲノム領域の編集を引き起すオフターゲット効果である。従来のin silicoまたはin vitroからのオフターゲット予測は必ずしもin vivoでの結 …
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（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 20150213）Jin-Soo Kim等、韓国ゲノム工学センター、ソウル大学ならびにToolGen社の研究グループは、２月９日のNature Methodsオンライン版で、オフターゲット効果の新たな評価法"Digenome-seq”の論文を発表した。論文では、「オ …
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(創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 20141226)[出典] "GUIDE-seq enables genome-wide profiling of off-target cleavage by CRISPR-Cas nucleases" Tsai SQ [..] Joung JK. Nat Biotechnol. 2015 Feb;33(2):187–197. Published online 16 December 2014.　CRISPR …
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（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 20141204）X線自由電子レーザ(X-ray Free-Electron Laser, XFEL)に拠って、“Diffraction before destruction / diffraction before reduction” を実現するフェムト秒X線結晶構造解析法(Femtosecond Crystallography, FX)の実用 …
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（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 20160424）Corresponding author：菅原道泰 （理化学研究所SACLA利用技術開拓グループ）“Diffraction before destruction/diffraction before reduction” を実現するSFX（連続フェムト秒結晶構造解析法）の高性能化の鍵となる技 …
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（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 20160424）Corresponding author: 星野 友（九州大学）ポリマーの一種であるポリエチレングリコール(PEG)は、タンパク質の熱変性や凝集を抑制する性質を示し、薬剤の体内での効力延長や副作用軽減に利用されている（例 C型肝炎ウ …
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（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 20160423）Corresponding author: Heedeok Hong (Michigan State University)[ステリック・トラッピング（steric trapping）法] Hongらが2009年に発表した「変性剤、温度あるいは圧力を加えることなくタンパク質をアンフォールデ …
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（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 20160423）Corresponding author: Shiva Malek (Genentech Inc.)キナーゼの活性と不活性のスイッチは、活性化セグメント（activation segment, AS）とCヘリックス（αC）の２つの構造要素の協働の結果である：不活性状態では、AS …
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（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 20160423）Corresponding author(s): Chang-Lin Tian (中国科学技術大学)；Lei Liu (清华大学)水溶性球状タンパク質合成の技術は進み生化学や製薬への応用も広がっている。例えば、合成糖タンパク質が糖鎖が薬理に与える作用機 …
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（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 20160423）[NEWS] ヒト胚ゲノム編集研究前へ：Ewen Callaway (Nature reporter)英国におけるヒト胚ゲノム研究認可、中国における２回目のヒト胚ゲノム編集論文公開、カロリンスカ研究所Fredrik Lannerのヒト胚ゲノム編集研究着手 …
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（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 20160102）[成書] GMO sapiens：Paul S. Knoepfler (UC Davis) 　幹細胞、がん細胞、ならびに、クロマチン/エピジェネティクスの研究を進めているP. S. Knoepflerの著書．GMO Sapiensは著者によるGMO(Genetically modified organi …
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（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 20160422）AstraZeneca傘下の創薬ベンチャー企業Medlmmuneは2016年4月22日、他機関と連携してAstraZenecaの治験由来の500,000人を含む200万人までのゲノム情報と健康・医療情報を統合したゲノム創薬戦略を発表した。AstraZenecaは …
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（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 20160422）Corresponding authors: 梅原崇史；横山茂之（理化学研究所）脊椎動物ゲノムにおけるCpGジヌクレオチドのシトシンの5-メチルシトシン(5mC)へのメチル化は、遺伝子発現調節や疾患にも関連する肝要なエピジェネティック修 …
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（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 20160421）Corresponding authors: David Klenerman (U. Cambridge); A. Radu Aricescu (U. Oxford); Simon J. Davis (U. Oxford)キナーゼ(Lck)とホスファターゼ(CD45)の隔離によってTCRが活性化されるモデル（以下、隔離モ …
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