（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/06/21）Corresponding author(s): 中谷和彦（大阪大学）中谷らはこれまでに、dsDNAに生成される不対塩基（バルジ塩基）のうちシトシンバルジ構造に特異的に結合し安定化すると共に自身の蛍光のピークが超波長側にシフト（深 …
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｜最終更新2019年 PDIS事業成果 , 最終更新2022年PDISニュースウオッチ・アーカイブ
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![[PDIS]アラート：タンパク質の細胞内局在の多重性とハブであることが相関している](https://livedoor.blogimg.jp/crisp_bio/imgs/8/e/8e60f652-s.png)
[PDIS]アラート：タンパク質の細胞内局在の多重性とハブであることが相関している
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/06/21）Corresponding author: 太田元規（名古屋大学）タンパク質間相互作用 (PPI) ネットワークにおいて、多数のタンパク質と相互作用するハブ・タンパク質はネットワーク作用の鍵を握っている。ハブ・タンパク質の構造や機 …
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[NEWS FEATURE] ドラッグリポジショニングの動向
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/06/20）Authors: Nicola Nosengo (Science & technology writer)脳梗塞薬から双極性障害薬候補となったエブセレン(ebselen)、狭心症治療薬からED治療薬となったシルデナフィル (VIAGRA®)、がん化学療法薬からHIV薬となっ …
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アミノペプチダーゼI凝集体形成とその選択的オートファジーの構造基盤
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/06/20）Corresponding author: 野田展生（微生物化学研究所）選択的オートファジーは、タンパク質凝集体や細胞小器官などのカーゴを選択的に分解することで、細胞の恒常性維持に貢献する。この選択的分解は、カーゴ・レセプ …
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血液脳関門の開閉を調節して抗がん剤を脳へ送達：第１相/第2a相試験からの報告
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/06/19）Corresponding author: Alexandre Carpentier (Assistance Publique–Hôpitaux de Paris (AP-HP)/Sorbonne U.)前臨床試験において、超音波パルス照射によって血液脳関門(BBB)を崩壊させることで、脳内の薬剤濃度を …
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[PDIS]アラート：環境に負荷を与えないニューロキニン-３受容体アゴニストを目指す
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/06/19）Corresponding author: 大石真也（京都大学）薬剤には活性と安定性と共に環境に負荷を与えないことが求められる。京都大学、名古屋大学ならびに東京大学の研究チームは今回、好気条件下で不活性な物質に変化するニュ …
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ユニバーサルCAR-Tを使った最新の急性リンパ性白血病(ALL)治療例と遺伝子編集治療の動向
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2015/11/12）英国Great Ormond Street Hospital (GOSH) for Children/U. College LondonのWaseem Qasim 等は、フランスのCellectis社がGMP基準での生産に成功していたユニバーサルCAR T-cell(UCART)を、治療法が尽きていた１歳のA …
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CRISPRニュース：ペンシルベニア大学、CRISPR/Cas9技術によるがん免疫療法のファースト・イン・ヒューマンを申請
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/06/18）NIHの組換えDNA諮問委員会(Recombinant DNA Advisory committee: RAC)は、6月21-22日に、ペンシルベニア大学からのファースト・イン・ヒューマン（first-in-human）申請を審査する。ペンシルベニア大学からの申請は、 …
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CRISPR関連文献メモ_2015/09/30（論文 ４件、レビュー ２件）
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2015/09/30）[論文] 抗CRISPRタンパク質に依るCRISPR/Cas9阻害の機構： Karen L. Maxwell; Alan R. Davidson (U. Toronto)研究チームは2013年に初めて、CRISPR/Casを阻害するファージ由来タンパク質を同定していた．今回、この …
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CRISPR関連文献メモ_2016/06/18（２件）
[Research Highlights] CRISPR、がんの増殖を阻害するDana-Farber Cancer InstituteのWilliam C. Hahnらの“Genomic copy number dictates a gene-independent cell response to CRISPR-Cas9 targeting.”論文を、新たながん療法の観点からハイライト（CRISPR関連文献メモ_20 …
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DNA flapは、flapエンドヌクレアーゼを通り抜けることで切断される
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/06/18）Corresponding authors: John B. Rafferty; Jon R. Sayers (U. Sheffield)DNAの複製/修復の際に一時的にdsDNAが分岐した構造が現れる。ラギング鎖複製にあたって岡崎フラグメントが次々に生成されていく際に、直前 …
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CRISPR関連文献メモ_2016/06/17（４件）
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/06/17）[論文] CRISPR/Cas9システムの抗HIV-1力は不十分であるCorresponding author: 小柳義夫（京都大学）HIV-1のgag、pol、およびLTRを標的とするgRNAを設計しレンチウイルスベクターでHIV-1の感染性が高いヒトHIV-1細胞に …
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![[PDIS]アラート：ライソゾーム病GM2ガングリオシドーシスに対する併用酵素補充療法の可能性を拡げる](https://livedoor.blogimg.jp/crisp_bio/imgs/1/d/1d19b242-s.png)
[PDIS]アラート：ライソゾーム病GM2ガングリオシドーシスに対する併用酵素補充療法の可能性を拡げる
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/06/17）Corresponding author: 伊藤孝司（徳島大学）GM2ガングリオドーシスは、遺伝子変異がGM2ガングリオシド(GM2)のライソゾーム系での分解阻害を引き起こし、患者の脳にGM2が過剰に蓄積される疾患であり、患者は各種の神 …
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CRISPR-Cas9に、DNAに留まらず、RNAも切断させる
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2014/11/10） Nature Methods 11月号のResearch Highlightsは、UC Berkeley（以下、UCB）の Jennifer A. Doudna等がNature誌に発表した「CRISPR-Cas9システムによる一本鎖RNA（ssRNA）の編集実現」の論文を取り上げた。 …
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RCas9: dCas9のRNA認識を可能にし、生細胞内でRNAを追跡
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/03/19）CRISPR関連文献メモ_2016/03/19[出典] Nelles DA [..] Yeo GW. “Programmable RNA Tracking in Live Cells with CRISPR/Cas9” Cell. 2016 Apr 7;165:1-9. Published online 2016 Mar 17. UC BerkeleyのM. R. …
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CRISPR関連文献メモ_2016/06/16（６件）
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/06/16）[NEWS AND VIEWS] スクリーニングの観点からCRISPRとRNAiを比較するCorresponding authors: Benjamin E. Housden; Norbert Perrimon (Harvard Medical School)Nature Biotechnology ６月号掲載“NEWS AND VIEWS” …
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[PDIS]アラート：抗Claudin-1 ヒト/マウス・キメラ抗体の作出と機能解析
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/06/16）Corresponding author: 近藤昌夫（大阪大学）Claudin-1（クローディン-1; CLDN-1）は、細胞間接着構造の基本骨格を担うタンパク質であり、薬剤吸収、感染防御ならびにがん療法の格好の標的である。研究チームなどの先 …
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[PDIS]アラート：ヒト・ドーパミン受容体D1に対する高親和性ウサギモノクローナル抗体に基づくAGIAタグシステム
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/06/16）Corresponding author: 澤崎達也（愛媛大学）ドーパミン受容体D1 (DRD1)に対する高親和性のウサギモノクローナル抗体Ra48 mAbとそのエピトープ配列による新規タグシステムを構築。AGIAタグ：DRD1のC末端領域のEEAAGIA …
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[PDIS]アラート：PMab-44抗体は、免疫組織化学染色においてウシのポドプラニンを検出
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/06/16）Corresponding author: 加藤幸成（東北大学）ポドプラニン (PDPN/Aggrus)は、I型膜貫通型O 糖タンパク質であり、腎臓の有足細胞やリンパ管内皮細胞などの正常細胞に発現し、血小板のC型レクチン様受容体-2 (CLEC-2) …
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[PDIS]アラート：Pd-ジヒドロキシターフェニルホスフィン(Cy-DHTP)触媒にて、ジクロロフェノール/ルジクロロアニリンから二置換ベンゾフランとインドールをワンポット合成
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/06/15）Corresponding author: 真鍋 敬（静岡県立大学）Pd-Cy-DHTPを用いて、ジクロロフェノールとアルキンのオルト位選択的薗頭カップリング、それに続く環化と鈴木―宮浦カップリングによって、二置換ベンゾフランのワンポ …
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CRISPR関連文献メモ_2016/06/15（4件）
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/06/15）[Review] CRISPR/Cas9技術をマウスがんモデル作出に利用するCorresponding author: Daisuke Kawauchi; Jan Gronych (German Cancer Research Center (DKFZ))CRISPR/Cas9技術と体細胞遺伝子導入を組み合わせによるマ …
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分解能0.5Åを超えるX線結晶構造解析 - 鉄-硫黄タンパク質
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/06/15）Corresponding author: 三木邦夫（京都大学）[情報拠点注] タンパク質立体構造データベースの分解能別集計を見ると、総エントリー数106,903件の中に、分解能0.5〜1.0 Åの構造が699件含まれているが、分解能0.5 Åを …
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エンハンサーが転写バーストを制御する〜トポロジカルドメイン（TADs）は想定を超えてダイナミックに変化する
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/06/14）[出典] Takashi Fukaya, Bomyi Lim & Michael Levine “Enhancer Control of Transcriptional Bursting.” Cell. 2016 Jul 15;166. Published online 2016 Jun 9.Corresponding author: Michael Levine (Princeto …
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CRISPR関連文献メモ_2016/06/14（４件）
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/06/14）[Review] CRISPR/Cas9によってゲノムの高次構造形成過程研究のステージが記述から解析へと加速Corresponding author: Jennifer E. Phillips-Cremins (University of Pennsylvania)哺乳類ゲノムが１次元から階層的に …
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CRISPRアレイを細胞のメモリーバンクに
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/06/13） CRISPR関連文献メモ_2016/06/13 George M. Church (Harvard Medical School/WyssInst.) CRISPR/Casが獲得免疫記憶システムであることからの発想バクテリアとアーケアは、感染したウイルスのDNAの断片（プロトスペー …
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ヒトES細胞の遺伝子ネットワークに基づいて化合物毒性を高精度予測
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/06/13）Corresponding author: 藤渕 航（京都大学/AIST）創薬には動物実験による毒性予測が必須であるが、動物実験に対する３Rの理念に加えてより高精度なヒト毒性予測を目指して、動物実験代替法の研究開発が進められている …
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タンパク質本来の構造と特性に影響を与えない（innocuous）タグ“Inntags”を開発
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/03/29）Corresponding authors: Carme Gallego, Martí Aldea (Molecular Biology Inst. Barcelona); Modesto Orozco (Joint BSC-CRG-IRB Programme in Computational Biology, Barcelona)タンパク質標識用ペプチドタグに …
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定量的標的プロテオミクスによるタンパク質定量を効率化する汎用タグの開発
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/06/12） Corresponding author: Sven Eyckerman (VIB Medical Biotechnology Center/Ghent University) 細胞内のタンパク質を定量する技術は生命科学に必須であるが、既存の定量法には一長一短ある。抗体を利用す …
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マウス386匹のトランスオミクス
Corresponding author: Ruedi Aebersold (ZTH Zurich); Johan Auwerx (Interfaculty Inst. Bioengineering, EPFL)GWASによって種々の表現型に相関する膨大な数の遺伝子座が同定されたが、複雑な表現型を決定づける遺伝因子群の多くは未だ不明であり、その解明は、遺伝子 …
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![[PDIS]アラート：セマフォリン様モノクローナル抗体で見えてきたプレキシン細胞外ドメイン独特の動態](https://livedoor.blogimg.jp/crisp_bio/imgs/1/f/1f7357d6-s.png)
[PDIS]アラート：セマフォリン様モノクローナル抗体で見えてきたプレキシン細胞外ドメイン独特の動態
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/06/11）Corresponding authors: 高木淳一（大阪大学）；服部有宏（中外製薬）阪大高木研究室は2010年Nature 論文においてセマフォリン6AとプレキシンA2それぞれの細胞外領域ならびに複合体の構造を決定し、セマフォリン結合 …
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CRISPR関連文献メモ_2016/06/11（２件）
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/06/11）[論文] Bacillus subtitles のゲノムを自在に編集可能にするCRISPR/Cas9ツールキットの開発Corresponding author: C. Perry Chou (University of Waterloo)Cas9を染色体から発現させgRNAsも染色体から転写させるこ …
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CRISPR関連文献メモ_2016/06/10（５件）
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/06/10）[IN DEPTH] 細胞にバーコードを埋め込むAuthor: Kai Kupferschmidt (Science editor)Science 6月3日号のIN DEPTH欄は、 A. F. Schier (Harvard U.)とJ. Shendure (U. Washington)らのGESTALT（genome editing of s …
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タンパク質結晶構造上の変異分布からがん遺伝子を判定する（２）
Corresponding author: 藤本明洋（京都大学/理化学研究所）がんの発生は、発がん遺伝子の活性化とがん抑制遺伝子の機能欠損によってドライブされる。発がん遺伝子において機能亢進や機能改変をもたらす変異は、少数の重要なコドンと立体構造上でクラスターを形成し、がん抑 …
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タンパク質結晶構造上の変異分布からがん遺伝子を判定する（１）mutation3D
Corresponding author: Haiyuan Yu (Cornell University)全ゲノムシーケンシング（WGS）と全エクソームケンシング（WES）とコホート研究のデータから統計的解析によって病因遺伝子候補やドライバー変異候補のリストが伸びている一方で、臨床に展開された標的のリストは伸び …
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![[PDIS]アラート：DMTスーパーファミリーのYddGによるアミノ酸輸送の構造基盤](https://livedoor.blogimg.jp/crisp_bio/imgs/d/9/d9060822-s.png)
[PDIS]アラート：DMTスーパーファミリーのYddGによるアミノ酸輸送の構造基盤
Corresponding authors: 石谷隆一郎；濡木 理（東京大学）DMT(drug/metabolite transporter)スーパーファミリーは真核生物、バクテリアならびにアーケアに広く見出される膜輸送体からなる大きなグループを形成し、広い範囲の毒性物質や代謝物を細胞から排出する輸送体を含ん …
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CRISPR関連文献メモ_2016/06/09（６件）
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/06/09）[論文] 遺伝子増幅がCRISPR/Cas9によるがん細胞必須遺伝子スクリーニング結果に与える影響（１）Corresponding author: Michael R. Schlabach (Novartis Inst. for Biomedical Research/現職はKSQ Therapeutics)大腸 …
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[PDIS]アラート：[総説] 亜鉛四核クラスターによる環境調和型触媒反応の開発と反応機構
Corresponding author: 大嶋孝志 (九州大学)著者らが開発したμ-オキソ亜鉛四核クラスターはほぼ中性の条件下で極めて高い効率を示す環境調和型の触媒であり、求核性が本来高いアミノ基の存在下で求核性に劣る水酸基を選択的にアシル化するという特徴を有する：オキサゾリ …
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水和構造の変化がマルチドメイン・タンパク質のコンフォメーション変化を可能にする
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/06/08）Corresponding author: 中迫雅由（慶應義塾大学）低温X線結晶構造解析などから、タンパク質を水和する水分子がタンパク質が機能するために必要とする実験結果が得られていた。今回、ドメイン間の水分子がドメインの運 …
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｜CRISPR , 最終更新2022年PDISニュースウオッチ・アーカイブ
CRISPR-Cas9技術を使って転写の光スイッチを実現
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2015/01/28）東京大学佐藤守俊研究室は、光によって複数の遺伝子の転写をオン・オフする手法“CRISPR-Cas9-based photoactivatable transcription system (以下、CPTS)”を確立した。【CPTSの概要】プローブとして２種類の融合タン …
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｜CRISPR , 最終更新2022年PDISニュースウオッチ・アーカイブ
CRISPR-Cas9システムの改変によって、ゲノムワイドでの転写を高効率で活性化するSAM法を開発
（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2015/01/30）CRISPR-Cas9技術の第一人者の１人Feng Zhang(Broad Institute)を始めとする米日の研究チームが、CRISPR-Cas9複合体に３種類の転写活性化ドメインを融合することによって、ゲノムワイドで、遺伝子ならびに長鎖ノンコー …
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