1.[ビデオ・プロトコル]多重なエンハンサーの同時同定と機能解析を可能にしたEnhancer-i
  • [出典] "Dissection of Enhancer Function Using Multiplex CRISPR-based Enhancer Interference in Cell Lines" Carleton JB, Berrett KC, Gertz J. J Vis Exp. 2018 Jun 2.
  • 同一遺伝子を対象とする複数のエンハンサーの相関解明を目指して開発されたEnhancer-iの詳細プロトコル;不活性化Cas9に、遺伝子上流の2箇所に対して2種類の転写抑制ドメインを作用させるSID4X-dCas9-KRABの融合タンパク質を利用
  • Enhancer-i論文:"Multiplex Enhancer Interference Reveals Collaborative Control of Gene Regulation by Estrogen Receptor α-Bound Enhancers" Carleton JB, Berrett KC, Gertz J. Cell Syst. 2017 Oct 25;5(4):333-344.e5. Published online 2017 Sep 27.
2.CRISPR-Cas遺伝子編集用の長いDNAテンプレートを着床前胚にエレクトロポレーションする法'TIE'
  • [出典] "TIE: A Method to Electroporate Long DNA Templates into Preimplantation Embryos for CRISPR-Cas9 Gene Editing" Bagheri H [..]  Peterson A. CRISPR J 2018 Jun 1.
  • これまで、Cas9エンドヌクレアーゼ、gRNAsおよびDNA修復テンプレートは、マイクロインジェクションによってもエレクトロポレーションによってもマウス胚へ送達可能であったが、長いdsDNAの送達はマイクロインジェクションに限られていた。カナダMcGill大学の研究チームは今回、CISPRシステムの要素を全て透明帯サブドメインに注入し、続いてエレクトロポーレションすることで、着床前胚に送達可能なことを示し、この手法を TIE (Transfection by Injection and Electroporation)と命名した。
3.染色体転座は、患者腫瘍細胞に特異的な環状融合RNAs (f-circRNAs)を生成する十分条件である
  • [出典] "Chromosomal translocation formation is sufficient to produce fusion circular RNAs specific to patient tumor cells" Babin L, Piganeau M [..] Brunet EC. iScience 2018 Jun 19.
  • CRISPR/Cas9により、未分化大細胞型リンパ腫 (anaplastic large cell lymphoma: ALCL)に見られるNPM1-ALK融合遺伝子の染色体転座を誘導し、STAT3/ERK/AKTを介した発癌過程を活性化することを見出した。また、CRISPR/Cas9によりde novo染色体転座と接合部位が異なるde novo f-circRNAsが生成されることを見出した。
  • 患者由来腫瘍細胞に見られるf-circRNAsが、CRISPR/Cas9染色体転座モデルにおいて、新たに生成された染色体転座から直接生成されることも見出した。
  • 「染色体転座・環状融合RNA・癌」関連論文:"Oncogenic Role of Fusion-circRNAs Derived from Cancer-Associated Chromosomal Translocations" Guarnerio J, Bezzi M, Jeong JC, Paffenholz SV, Berry K, Naldini MM, Lo-Coco F, Tay Y, Beck AH, Pandolfi PP. Cell. 2016 Aug 11;166(4):1055-1056
4.アーケアとバクテリアのタイプⅢ CRISPR-Cas遺伝子カセット隣接領域に保存されているタンパク質の網羅的探索から39種類の新たなcas遺伝子ファミリーを同定
  • [出典] "Comprehensive search for accessory proteins encoded with archaeal and bacterial type III CRISPR-cas gene cassettes reveals 39 new cas gene families" Shah SA, Alkhnbashi OS, Behler J, Han W, She Q, Hess WR, Garrett RA, Backofen R. RNA Biol. 2018 Jun 19:1-13.
  • タイプⅢ CRISPR-Casシステムのアクセサリタンパク質を探索し、CARF (CRISPR-associated Rossmann fold)ドメインを帯びたファミリーとともに、CARFドメインを持たないファミリーも発見し、その特徴とともにhttp://accessory.crispr.dkから公開
5.Listeria初のCRISPR-Casシステム発見とそのファージ耐性
  • [出典] "A functional type II-A CRISPR–Cas system from Listeria enables efficient genome editing of large non-integrating bacteriophage" Hupfeld M [..] Kilcher S. Nucleic Acids Res 2018 June 22.
  • L. ivanovii sups. londoniensisからタイプII-A CRISPR–Cas (LivCRISPR-1)を発見:1,078アミノ酸と小型;独特のPAM配列 NNACAC
  • LivCRISPR-1 cas9とtracrRNAをL. monocytogenesへcrRNAをコードするプラスミドとともに導入し、バクテリアDNAと侵入ファージゲノム切断を確認;ListeriaファージA511を、Staphylococcusのペプチドグリカンを標的として細胞壁の加水分解酵素リソスタフィンを発現するように改変し、Listeria菌とStaphylococcus菌の共培養において、双方を溶解
6.無翅昆虫マダラシミ(Thermobia domestica)のCRISPR/Cas9生殖細胞系列ゲノム編集による翅発生モデル作出
  • [出典] "CRISPR/Cas9-based heritable targeted mutagenesis in Thermobia domestica: A genetic tool in an apterygote development model of wing evolution" Ohde T, Takehana Y, Shiotsuki T, Niimi T. Arthropod Struct Dev. 2018 Jun 13.
7.酵母Scheffersomyces stipitisのゲノム編集と遺伝子発現抑制
  • [出典] "CRISPR-mediated Genome Editing and Gene Repression in Scheffersomyces stipitis" Cao M, Gao M, Ploessl D, Song C, Shao Z. Biotechnol J. 2018 Jun 19.
  • Ku70-Ku80をCRISPR技術でノックアウトすることでDSB修復のNHEJを抑制しHDR修復を相対的に亢進し、シキミ酸パスウエイ産物などの応用が期待される酵母のCRISPR/Cas9 HDRを介した遺伝子操作を実現。