1. CRISPR-Cas9による断片化とlinked-read法によるMbサイズの高分子量DNA(HMW DNA)シーケンシング
- [出典]"Assembly of Mb-size genome segments from linked read sequencing of CRISPR DNA targets" Shin G, Greer SU, Xia LC, Lee H, Zhou J, Boles TC, Ji HP. bioRxiv Jul 31.
- 細胞から染色体の長さのHMW DNAを抽出し、Cas9で0.1-0.4-Mbへと断片化し、電気泳動でサイズ選択 (Cas9-Assisted Targeting of Chromosome Segments: CATCH) 、続いて、Chromium microfluidics platform (10X Genomics)を利用してlinked read libraryを構築し、イルミナNextSeq 500でシーケンシング
- BRCA1周辺0.2-Mb領域、〜4-Mb MHC遺伝子座およびNA12878で報告されていた18種類のSVsの解析で、大規模なDNAセグメントの精密解析が可能なことを実証
2. ゲノムスケールのCRISPR-Cas9スクリーンにより、TP53野生型ユーイング肉腫のドラッガブルな依存性を同定
- [出典]"Genome-scale CRISPR-Cas9 screen identifies druggable dependencies in TP53 wild-type Ewing sarcoma" Stolte B [..] Walensky LD, Stegmaier K. J Exp Med 2018 Jul 25.
- TP53癌抑制遺伝子の変異は、ヒト悪性腫瘍のほぼ50%に見られるが、EWS-ETS転写因子融合癌タンパク質が病因のユーイング肉腫では~10%であり、ユーイング肉腫のほとんどは野生型p53タンパク質を発現している。
- ダナ・ファーバー癌研究所などの研究チームは今回、ゲノムワイドのCRISPR-Cas9スクリーンにより、TP53遺伝子が変異していないユーイング肉腫において、p53の安定性や活性を調節する因子、MDM2を始めとして、MDM4、USP7およびPPM1Dを同定し (下図 Graphical Abstract参照)、それぞれの阻害剤によってユーイング肉腫細胞の生存性が低下することを示した。
- 参考文献："Targeting the p53 Pathway in Ewing Sarcoma" Neilsen PM, Pishas KI, Callen DF, Thomas DM. Sarcoma. 2011;2011:746939. Epub 2010 Dec 9.
3. [レビュー]CRISPRでヒトウイルス感染と戦う
- [出典]"Harnessing CRISPR to combat human viral infection" de Buhr H, Lebbink RJ. Curr Opin Immunol 2018 Jul 26.
- HIV、HBV、HPVおよびヘルペスウイルスを取り上げながら、宿主ゲノムに入り込んだウイルスゲノムの削除または破壊、ウイルス必須遺伝子の(多重)破壊/ゲノム断片化、宿主因子の破壊による感染防止および潜在ウイルスの再活性化の戦略をレビュー；CD34陽性造血幹細胞・前駆細胞のCCR5を標的とするex vivoHIV療法の臨床試験の開始と、HPV療法の計画にも言及
4. ポリ(β-アミノエステル)(PBAE)のナノ粒子とHPV16を標的とするCRISPRまたはshRNAによるHPV16関連子宮頚部癌療法
- [出典]"Nanoparticles based on poly (β-amino ester) and HPV16 targeting CRISPR/shRNA as potential drugs for HPV16 related cervical malignancy" Zhu D [..] Ma D, Wang H. Mol Ther 2018 Jul 25.
- HOV16のE7癌遺伝子を標的とするCRISPRまたはshRNAをPBAEナノ粒子で送達することで、E7の発現の低減を介して子宮頚部癌細胞とヌードマウス移植癌の増殖を阻害し、HPV16トランスジェニックマウスの頚部上皮の悪性表現型を正常化；細胞においてもマウス器官においてもナノ粒子の細胞毒性は低い。CRISPRに対してshRNAの方がより効果的。
- [出典]"Developing superior alleles of yield genes in rice by artificial mutagenesis using the CRISPR/Cas9 system" Human L [..] Zhang Y, Hu F. Crop J 2018 Jul 27.
- Grain number 1a (Gn1a)とDENSE AND ERECT PANICLE1 (DEP1)へのCRISPR/Cas9変異導入と表現型解析により、高収量品種を上まる収量をもたらるアレル変異を同定。
6. [論説]ヒト発生における遺伝子編集：倫理と実用
- [出典]"[SPOTLIGHT]Gene editing in human development: ethical concerns and practical applications" Rossant J. Development. 2018 Jul 25.
- 生殖細胞系列のゲノム編集をめぐる考察
7. [プロトコル]CRISPR/Cas9システムによるシロイヌナズナへの標的変異導入
- [出典]"Using CRISPR/Cas9 System to Introduce Targeted Mutation in Arabidopsis" Lee ZH, Yamaguchi N, Ito T. Methods Mol Biol 2018 Jul 25.
- シロイヌナズナ転写因子変異体の作出法 (アダプタープライマー設計；sgRNA発現カセットのクローニング；ゴールデンゲートクローニング；E. coliおよびアグロバクテリウム形質転換；シロイヌナズナ形質転換)
8. [プロトコル]CRISPR/Cas9によるゼニゴケ転写因子の遺伝子編集
- [出典]"CRISPR/Cas9-Based Genome Editing of Transcription Factor Genes in Marchantia polymorpha" Sugano SS, Nishihama R. Methods Mol Biol 2018 Jul 25.
- gRNA設計、オフターゲット探索、ジェノタイピングによるゲノム編集系統の選択と同定にフォーカスした解説
9. [プロトコル]CRISPR/Casによる植物のシスエレメントとトランスエレメントの解析
- [出典]"Application of CRISPR/Cas to Understand Cis- and Trans-Regulatory Elements in Plants" Wolter F, Puchta H. Methods Mol Biol 2018 Jul 25.
10. [プロトコル]CRISPR-Cas9によるタルウマゴヤシへの標的変異導入
- [出典]"Editing the Medicago truncatula Genome: Targeted Mutagenesis Using the CRISPR-Cas9 Reagent" Curtin SJ. Methods Mol Biol 2018 Jul 25.
- タルウマゴヤシは窒素固定根粒菌およびアーバスキュラー菌根菌と共生するマメ科植物研究のモデル生物
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