CRISPRメモ_2018/08/05 (7件) : crisp

1. ABEによるマウスとラットのアデノシン置換の検証とsgRNA化学修飾とCas9改変による性能向上

[出典]"Letter to the Editor: Increasing targeting scope of adenosine base editors in mouse and rat embryos through fusion of TadA deaminase with Cas9 variants" Yang L, Zhang X., Wang L [..] Li D. Protein Cell 2018 Jul 31.
E. Coli tRNAアデノシン脱アミノ化酵素（TadA）を改変したTadA*とnCas9に基づくABE7.10
C57BL6マウスの胚ゲノム：Hbb-bs遺伝子のTATAボックス標的・F0世代で14/27・A4-A7のウインドウ；フマリルアセトアセターゼ (Fah)のストップコドン標的・F0世代で39/47・sgRNA濃度を50ng/µLから倍増し13/13・F1世代でFah mRNAとタンパク質発現ゼロへ；crRNAsとtracrRNAs末端の2'-O-メチル-3'ホスホロチオエート(MS)修飾を介したRNAs安定化によりABE編集効率向上
ラット・ゲノムの酸性αグルコシダーゼ (Gaa)遺伝子の第13エクソンのコドン645標的；F0世代で28/33；A3-A7のウインドウ；ポンペ病モデルラット作出へ
SpCas9nに替えてSaCas9n-KKH (PAM:NNNRRT)とCas9n-VQR(PAM:NGA)による標的領域拡張と編集効率向上をHEK293細胞とマウスで検証

　ABE関連crisp_bio記事

2. 乳酸菌1,262ゲノムから同定したCRISPR-Casシステムの特徴

[出典]"Characterizing the activity of abundant, diverse and active CRISPR-Cas systems in lactobacilli"
Crawley AB, Henriksen ED, Stout E, Brandt K, Barrangou R. Sci Rep. 2018 Aug 1.
乳酸菌におけるCRISPR-Casシステムのタイプ・サブタイプ、casタンパク質の数などを解析(下図参照）
；CRISPR-Casは種と菌株に依存するが、タイプIIが最も多くその中でサブタイプII-Aが優勢であり、多くのII-Aが活性であり有効なスペーサーを帯びている；crRNAとtracrRNAの長さと構造は多様であり、PAM配列も多様；sgRNAs改変により自己ゲノムの標的化可能；Cas1配列、Cas9配列、leader RNAとcrRNA配列と長さ、tracrRNA配列と構造およびPAM認識配列に基づいて5系統群に分類 (下図参照) 、
互いに直交する５種類のCRISPR-Casシステムの存在を示唆。

3. 生体還元性リピドイド・ナノ粒子をキャリアとするCRISPR/Cas9 RNPの送達と細胞内分布

[出典]"Intracellular delivery and biodistribution study of CRISPR/Cas9 ribonucleoprotein loaded bioreducible lipidoid nanoparticles" Li Y, Bolinger J, Yu Y, Glass Z, Shi N, Yang L, Wang M, Xu Q.
Biomater Sci. 2018 Jul 31.

4. Neisseria meningitidisのヒト鼻咽頭上皮細胞への付着は、そのCRISPR/Casシステムに依存する

[出典]"The CRISPR/Cas system in Neisseria meningitidis affects bacterial adhesion to human nasopharyngeal epithelial cells" Heidrich N, Hagmann A, Bauriedl S, Vogel J, Schoen C. RNA Biol. 2018 Jul 30.
ヒト上咽頭の共生ベータプロテオバクテリアであるN. meningitidisは、敗血症と髄膜炎の主たる病因になるが、GWAS解析から、そのタイプII-C CRISPR/Casシステムと病原性が相関することが示唆されている。Würzburg大の研究チームは今回、Cas9タンパク質のノックアウトにより、ヒト鼻咽頭上皮細胞への付着が阻害されることを見出し、CRISPR/Cas9が外来DNAに対する免疫応答以外の機能を帯びていることを示唆。

5. 光活性化CRISPRシステムによるゼブラフィッシュ遺伝子発現の時空間制御

[出典]"Spatiotemporal control of zebrafish (Danio rerio) gene expression using a light-activated CRISPR activation system" Putri RR, Chen L (上海海洋大学). Gene. 2018 Aug 1.
シロイヌナズナ由来の光受容体クリプトクロム２ (CRY2)とその結合相手のCIB1が青色光で二量体化する機構を利用して、ゼブラフィッシュ胚線維芽細胞ZF4における遺伝子転写活性化の時空間制御を実現
dCas9-fusion (NLS-dCas9-trCIB1)とNLSx3-CRY2PHR-p65またはCRY2PHR-VP64

6. [レビュー]CRISPR/Cas9技術によるゼブラフィッシュ、メダカ、アフリカツメガエルのヒト疾患モデルの精密化

[出典]"CRISPR/Cas9 disease models in zebrafish and Xenopus: The genetic renaissance of fish and frogs" Naer T, Vleminckx K (Ghent U.). Drug Discov Today Technol. 2018 Jul 31.

7. セルフクローニングCRISPR/Cpf1 (scCRISPR/Cpf1)によるS. cerevisiaeゲノム編集

[出典]"Self-cloning CRISPR/Cpf1 facilitated genome editing in Saccharomyces cerevisiae" Li ZH, Wang FQ, Wei DZ (華東理工大学). Bioresour Bioprocess 2018 Jul 30.
自己開裂プラスミドとPCR生成crRNAフラグメントを組み込んだ(crRNAのクローニング不要な)scCRISPR/Cpf1により(下図参照)、S. cerevisiaeゲノム編集を単純化・高速化。

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