CRISPRメモ_2018/08/16 (10件) : crisp

1. CRISPR/Cas9による昆虫腸内共生菌の遺伝子編集の試行

[出典]"CRISPR/Cas9-mediated gene deletion of the ompA gene in an Enterobacter gut symbiont impairs biofilm formation and reduces gut colonization of Aedes aegypti mosquitoes" Hegde S, Nilyanimit P, Kozlova E, Narra HP, Sahni SK, Hughes GL. bioRxiv. 2018 Aug 14.
米国のU. Texas Medical BranchとタイのChulalongkorn U.の共同研究；ネッタイシマカ腸内のエンテロバクター属バクテリアの外膜タンパク質A(outer membrane protein A; ompA)のノックアウトをCRISPR/Cas9により実現した。∆ompA変異体は、バイオフィルム形成能を失い、ネッタイシマカ腸内への定着が、幼虫では野生型と差異がなかったが、成虫では抑制された。
CRISPR/Cas9は、昆虫共生菌の遺伝子編集ひいては宿主と共生菌の相互作用解明のツールとして有用である。

2. 出芽酵母の多重遺伝子座CRISPR遺伝子ドライブシステムを開発

[出典]"Development of a multi-locus CRISPR gene drive system in budding yeast" Yan Y, Finnigan GC. (bioRxiv. 2018 Aug 14) Sci Rep 2018-11-22.
これまでに“デイジー・チェイン型”、“underdominance drives”、“anti-drives”といった様々な遺伝子ドライブが研究開発されているが、さらに複雑な遺伝子ドライブの開発も求められている。カンサス州立大学の研究チームは今回、出芽酵母を利用して多重遺伝子座からなる遺伝子ドライブシステムを開発した。最小システムは、SpCas9 1コピーと３種類のgRNAsで構成され、３種類の遺伝子ドライブを駆動可能である。多重化遺伝子ドライブによって、内在遺伝子のアレル置換とDNAリガーゼIVを標的とする事でNHEJの抑制を介した相同組換え修復の促進、パスウエイの冗長性や遺伝子ドライブ耐性への対処、遺伝子ドライブの制御と阻害または遺伝子ドライブの反転などが、可能になる。

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3. ゲノムワイドCRISPRスクリーンにより、TMEM41Bをオートファゴソーム形成必須遺伝子として同定

[出典]"Genome-wide CRISPR screen identifies TMEM41B as a gene required for autophagosome formation" Morita K [..] Mizushima N. J Cell Biol. 2018 Aug 9.
オートファジー・フラックスのレポーターとしてGFP-LC3-RFP を利用して同定

4. サブサハラアフリカの公衆衛生、医療および農業に資するCRISPR：応用と教育

[出典]"[Science & Society]CRISPR in Sub-Saharan Africa: Applications and Education" Ogaugwu CE, Agbo SO, Adekoya MA. Trends Biotechnol. 2018 Aug 9.
米国とナイジェリアの研究チーム；マラリアに対する遺伝子ドライブ、鎌状赤血球症に対する遺伝子治療、ワクチンなど

5. 合成gRNAsのトランスフェクションが誘導性Cas9を介した遺伝子ノックアウト実験に有用である

[出典]"CRISPR/Cas9-based gene targeting using synthetic guide RNAs enables robust cell biological analyses" Su KC, Tsang MJ, Emans N, Cheeseman IM. Mol Biol Cell. 2018 Aug 9.
ホワイトヘッド研、MITおよびPersomics社の共同研究；
HeLa細胞において３遺伝子 (モータータンパク質kinesin-5遺伝子KIF11, セントロメアタンパク質N遺伝子CENPN, NF-κBサブユニット遺伝子RELA)を標的として、トランスフェクションした合成sgRNAによってCas9による効率的な遺伝子ノックアウトを実現。
また、合成sgRNAはリバーストランスフェクションに基づくアレイ型スクリーンにも展開可能。

6. Co-selection法により酵母のTarget-AIDによる塩基編集とCas9によるゲノム編集を効率化

[出典]"Double Selection Enhances the Efficiency of Target-AID and Cas9-Based Genome Editing in Yeast" Després PC, Dubé AK, Nielly-Thibault L, Yachie N & Landry CR. G3 (Bethesda). 2018 Aug 10.
Université Lavalと東大共同研究；ヒト細胞株やショウジョウバエにおいてCas9遺伝子編集によって変異が誘発された細胞をエンリッチする事で、結果的に編集効率を向上させる一手法、co-selection*、を酵母のゲノム編集に展開；関心ある遺伝子を標的とするsgRNAとカナバニン耐性選択マーカとなるCAN1遺伝子を標的とするsgRNAを帯びたプラスミドpDYSCKO (Double Yeast Selection CRISPR-KO)を用意し、Cas9発現プラスミドと共に酵母へ送達；Cas9ゲノム編集も効率化されたが染色体転座を伴い、１塩基編集にはTarget-AIDを推奨

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*) 2018-04-30 Co-selection法によりCRISPR/Cas9編集が誘導されたショウジョウバエを効率よくエンリッチ
CRISPRメモ_2018/05/08-2：7.Saccharomyces cerevisiaをゲノムスケール１塩基精度で改変可能とする'CHAnGE'；8.追跡可能なゲノム・バーコードを利用した多重かつ精密な酵母ゲノム編集法'MAGESTIC'

7. CRISPR-Cas9ゲノム編集によるエクソンのランダム欠損、スプライシングおよびリクルートメント

[出典]"CRISPR/Cas9-mediated editing of GABRR2 gene in RGC-5 cells induces random exon deletion, exon splicing and new exon recruitment" Li C [..] Jiang LH. Biochem Eng J. 2018 Aug 9.
Xinxiang Medical U, Hundan UならびにU Leedsの中英共同研究チーム；２倍体細胞における遺伝子編集結果の詳細解析；単一sgRNAにてマウスの網膜神経節細胞(retinal ganglion cell; RGC)のGABRR2遺伝子を標的；CRISPR/Cas9によって標的領域に欠失がランダムに発生し、大小のindelsが予測より高い確率でエクソンのトランケーションとスキッピングとリクルートメントを誘導

8. [特許]CRISPR-Casシステムによる感染宿主細胞からのウイルス除去と不活性化

[出典]"[PATENT]LENTIVIRUS AND NON-INTEGRATING LENTIVIRUS AS VIRAL VECTOR TO DELIVER CRISPR THERAPEUTIC" US20180208914. 公開日 07/26/2018. 発明者 Malcolm T, Khalili K. 権利者 Excision Biotherapeutics, Inc.
溶原性および溶菌性のDNAとRNAウイルスをそれぞれ標的とするCas9 gRNAs, Cpf1 gRNAs, C2c1 gRNAs, and TevCas9 gRNAs、ならびに、C2c2とRNase P

9. [特許]変異導入や転写活性化/抑制因子の融合などにより高性能化したSaCas9によるゲノムとエピゲノム操作

[PATENT]Engineered CRISPR-Cas9 Nucleases. US20180216088. 公開日 08/02/2018. 発明者 Joung KJ, Kleinstiver B, Pattanayak V. 権利者 The General Hospital Corporation (Boston).
SaCas9, SpCas9

10. AAAS 癌研究Martin and Rose Wachtel賞受賞エッセイ

[FOCUS | AAAS WACHTEL PRIZE ESSAY]A genome-wide net to catch and understand cancer. Sanjana NE. Sci Transl Med. 2018 Aug 8.
ゲノムスケールの順遺伝学スクリーンにより、ヒトの多様な癌の耐性、進化および転移の遺伝基盤が明らかになる。

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