CRISPRメモ_2018/09/15 (7件) : crisp

1. CRISPR/Cas9による酵母ゲノムリシャフリング

[出典] "Reshuffling yeast chromosomes with CRISPR/Cas9" Fleiss A, O'Donnell S, Agier N, Delmas S, Fischer G. bioRxiv. 2018 Sep 12. 改訂版2019-05-10投稿 (URLは同一) > PLoS Genet. 2019-08-29.

CRISPR-Cas9による異なる染色体の２ヶ所へのDSBs導入と、キメラDNAをHRによるDNA修復ドナーとして供することで、マーカーレスで染色体相互転座を高精度かつ高効率で誘導（以下、標的転座）。標的転座は、接合領域の配列を少数欠失させることで非可逆的にする、あるいは、相互転座前に復元することも可能である。
標的転座に次いで、CRISPR-Cas9により、同一染色体上に分散しているレトロトランスポゾンTy3-LTRに多重DSBsひいては多重転座と複雑な再編成を誘導することで、パッチワーク構造の染色体を生成（以下、多重転座）。
さらに、この標的・多重転座が表現型に与える影響解析。例えば、耐硫酸塩性の向上を意図してワイン分離株にSSU1/ECM34転座を誘導したところ、期待に反して耐硫酸塩性が低下し、単一の転座が耐硫酸塩性の向上をもたらさないことが明らかになった。また、ゲノムシャッフリングを加えた酵母株は、タンパク質コーディング領域自体は改変されていないにもかかわらず、ストレスに対して多様な表現型を示し、適応度が著しく向上する変異株も現れた
リシャフルの戦略について原論文Fig. 1引用下図参照

2. [プロトコル]マウスとヒト細胞における条件付きまたは可逆的遺伝子両アレルノックアウトを実現するFLIPおよびFLIP-FlpEを標的とするベクターの作出

[出典] "PROTOCOL: Generation of FLIP and FLIP-FlpE Targeting Vectors for Biallelic Conditional and Reversible Gene Knockouts in Mouse and Human Cells" Koo BK. In: Singh S., Rameshwar P. (eds) Somatic Stem Cells. Methods in Molecular Biology. 2018 SEP 9.

Cas9, gRNA、pUC119_puro_FLIPおよびpUC118_puro_FLIP-FlpEのプラスミドを同時に送達することで、マウスES細胞、ヒトiPS細胞および成体幹細胞から誘導したオルガノイドでの両アレルの条件付きノックアウトまたは可逆的ノックアウトを実現したCRISPR–FLIPオリジナル論文*に対応する詳細プロトコル
(*) "One-step generation of conditional and reversible gene knockouts" Andersson-Rolf A, Mustata RC, Merenda A [..] Skarnes WC, Koo BK. Nat Methods. 2017 Mar;14(3):287-289. Online 2017-01-30.

3. CRISPR/Cas9で作出したゼブラフィッシュ変異体解析から、PPP2R3B欠損がターナー症候群の特徴の一つである特発性側彎の病因と示唆

[出典] "A CRISPR/Cas9-generated zebrafish mutant implicates PPP2R3B loss in idiopathic scoliosis pathogenesis in Turner syndrome" Jenkins D, Seda M, Lopez BC, Corcelli M. bioRxiv. 2018 Sep 10.

齧歯類に相同遺伝子が存在しないPPP2R3Bの機能を、CRISPR/Cas9によるゼブラフィッシュのppp2r3bへのフレームシフト誘導により解析

4. [レビュー] 生理学に基づいた次世代食用マメ科作物の育種

[出典] "REVIEW: Physiology Based Approaches for Breeding of Next-Generation Food Legumes" Shunmugam ASK, Kannan U, Jiang Y, Daba KA, Gorim LY. Plants (Basel). 2018 Sep 8.

９章構成のうち１章 (２頁)を「肝要な生理学的形質のゲノム編集」にさき、CRISPR/Cas9を利用した育種の事例を概観

5. [特許]多重ゲノム編集（脊椎動物の細胞または胚におけるプログラム可能なヌクレアーゼとHDRテンプレートを利用した多重遺伝子編集と遺伝子改変動物の作出）

[出典] "PATENT: MULTIPLEX GENE EDITING" US 2018/0235194.

公開日 08/23/2018. 発明者 Fahrenkrug SC, Carlson DF. 権利者 Recombinetics, Inc.

6. [特許] 半数体誘導性を帯びた系統による植物ゲノム編集の加速

[出典] "PATENT: HAPLOID INDUCER LINE FOR ACCELERATED GENOME EDITING" US 2018/0245090.

公開日 08/30/2018. 発明者 Campbell BW, Liu J, Stupar RM.　権利者 Regents of the University of Minnesota.
半数体誘導性とエンドヌクレアーゼを帯びた植物系統は、半数体化と変異導入を同時に誘導可能であり、Haploid Inducer Line for Accelerated Genome Editing (HILAGE)と称される。

7. [概観] CRISPR-Cas免疫応答、DNA修復およびゲノム安定性維持

[出典] "SHORT REVIEW: CRISPR-Cas Immunity, DNA repair and Genome Stability" Cubbon A, Ivancic-Bace I, Bolt EL. Biosci Rep. 2018 Sep 13.