CRISPR/Cas9はデリバリー法次第で、珪藻ゲノムに非特異的変異を誘発しない : crisp

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[出典] "Assessment of genomic changes in a CRISPR/Cas9 Phaeodactylum tricornutum mutant through whole genome resequencing" Russo MT, Aiese Cigliano R, Sanseverino W, Ferrante MI. PeerJ. 2018 Oct 5.

Cas9が誘発するオフターゲット変異の頻度やタイプについて、マウスをはじめとして多々検証がが続いているが (*文末参照)、イタリアとスペインの研究チームは今回、珪藻におけるオフターゲット編集抑制を報告した。
CRISPR/Cas9による珪藻ゲノム編集はこれまで、P. tricornutumとThalassiosira pseudonanaで行われた。
今回、P. tricornutumにおいて、パーティクル・ガン法に対比して、バクテリア接合 (bacterial conjugation、Wikipediaから引用した下図参照)を介して、CRISPR/Cas9システムをエピソームとしてデリバーすると、Cas9の恒常的活性を回避し、オフターゲット変異誘発を抑止可能なことが示された。
Phatr3_J46193 遺伝子を標的とするCRISPR/Cas9にて得た変異体および野生型の双方の全ゲノムをシーケンシング (WGS)し、変異を比較した。その結果、標的遺伝子変異を除いて、変異型におけるオフターゲット変異に偏りが見られないことを見出し、野生型に見られた変異と、変異型に見られた非特異的変異は、いずれも培養期間中の自然変異に起因するとした。

　珪藻ゲノム編集関連crisp_bio記事と論文

CRISPRメモ_2018/09/30 6. 海洋珪藻Phaeodactylum tricornutumへのCRISPR/Cas9プラスミドのデリバリー法を比較 - パーティクル・ガン法とバクテリアの接合を利用したデリバリー法；"Transgene-free genome editing in marine algae by bacterial conjugation – comparison with biolistic CRISPR/Cas9 transformation" Sharma AK, Nymark M, Sparstad T, Bones AM, Winge P. Sci Rep. 2018 Sep 26.
CRISPRメモ_2018/09/27 3. CRISPR-Cas9 RNPによる珪藻Phaeodactylum tricornutumの遺伝子多重ノックアウト；"One-step generation of multiple gene knock-outs in the diatom Phaeodactylum tricornutum by DNA-free genome editing" Serif M, Dubois G, Finoux AL, Teste MA, Jallet D, Daboussi F. Nat Commun. 2018 Sep 25.
CRISPRメモ_2018/07/15 3. [プロトコル]パーティクル・ガン法を介したCRISPR/Cas9によるPhaeodactylum tricornutum のプラスチドタンパク質変異体作出；"Generation of Mutants of Nuclear-Encoded Plastid Proteins Using CRISPR/Cas9 in the Diatom Phaeodactylum tricornutum" Allorent G., Guglielmino E., Giustini C., Courtois F. In: Maréchal E. (eds) Plastids 2018 Jul 10. Methods in Molecular Biology
"Optimizing CRISPR/Cas9 for the diatom Phaeodactylum tricornutum" Stukenberg D, Zauner S, Dell'Aquila G, Maier UG. Front Plant Sci. 2018 May 15.
"An Expanded Plasmid-Based Genetic Toolbox Enables Cas9 Genome Editing and Stable Maintenance of Synthetic Pathways in Phaeodactylum tricornutum" Slattery SS, Diamond A, Wang H, Therrien JA, Lant JT, Jazey T, Lee K, Klassen Z, Desgagné-Penix I, Karas BJ, Edgell DR. ACS Synth Biol. 2018 Feb 16. Online 2018-01-08.
"Efficient CRISPR/Cas-mediated homologous recombination in the model diatom Thalassiosira pseudonana" Belshaw N, Grouneva I, Aram L, Gal A, Hopes A, Mock T. bioRxiv. Posted 2017 Nov 9.