CRISPRメモ_2018/10/21 (モデル作出など6件) : crisp

1. CRISPR/Cas9とBE3ゲノム編集に伴うエクソン・スキッピングは、未成熟終止コドンに依存する

[出典] "CRISPR-induced exon skipping is dependent on premature termination codon mutations" Sui T, Song Y, Liu Z et al. Genome Biol. 2018 Oct 17.

CRISPR/Cas9で編集したウサギ22系統において、非フレームシフト変異、ミスセンス変異、未成熟終止コドン (PTC)変異、および第１エクソンにPTC変異の４種類の系統を作出し、Table 1の結果を得た (下図参照)。

２. [プロトコル]CRISPR/Cas9によるXenopus laevis網膜変性症モデルの作出と解析

[出典] Protocol "Generation and Analysis of Xenopus laevis Models of Retinal Degeneration Using CRISPR/Cas9" Feehan JM, Stanar P, Tam BM, Chiu C, Moritz OL. In: Weber B., Langmann T. (eds) Retinal Degeneration. Methods in Molecular Biology. 2018 Oct 16.

３. シナプス後足場タンパク質をコードするSHANK3遺伝子の第６,12エクソンをCRISPR/Cas9で破壊し自閉症スペクトラム障害 (ASD)カニクイザルモデルを作出

[出典] "CRISPR/Cas9-mediated disruption of SHANK3 in monkey leads to drug-treatable autism-like symptoms" Tu Z, Zhao H, Li B [..] Li XJ. Hum Mol Genet. 2018 Oct 16.

ASD様の行動と脳活動の低下が見られ、抗うつ剤フルオキセチンにより症状緩和

４. [プロトコル] 哺乳類細胞を対象とするプール型レンチウイルスCRISPR-Cas9スクリーンによる機能ゲノミクス

[出典] "Pooled Lentiviral CRISPR-Cas9 Screens for Functional Genomics in Mammalian Cells" Aregger M, Chandrashekhar M, Tong AHY, Chan K, Moffat J. In: Singh S., Venugopal C. (eds) Brain Tumor Stem Cells. Methods in Molecular Biology 2018 Oct 16.

５. CRISPRO: 密な変異を誘発するゲノム編集に基づいてタンパク質の機能性配列を同定

[出典] "CRISPRO: identification of functional protein coding sequences based on genome editing dense mutagenesis" Schoonenberg VAC, Cole MA [..] Pinello L, Baue DE. Genome Biol. 2018 Oct 19.

プール型CRISPR/Cas9スクリーニングによりタンパク質コーディング領域に網羅的かつ高密度で誘導した変異と表現型の変異を関連づけ、GWASで推定される疾患関連遺伝子の機能を同定することが可能になったが、この機能同定をもたらすデータ解析は必ずしも容易ではない。
Broad Instituteの研究グループは今回、この機能ゲノミクスを支援するオープンソース・ソフトウエアCRISPROをコンピュータ言語Pythonで構築した。
CRISPROは、CRISPRスクリーンからのNGSデータを入力とし、各gRNAの機能スコアをゲノム、トランスクリプトおよびタンパク質３次元構造へ割り付け、可視化する（パイプラインについて原論文 Fig.1引用左下図参照；可視化について原論文 Fig.4引用右下図参照）また、CRISPROの特徴に基づいた機械学習によって、gRNAの効率予測も可能になった。

公表されているデータセットでCRISPROを評価し、その結果、アミノ酸配列の保存性、天然変性領域、およびドメイン構造と、タンパク質配列の機能性が相関することを見出した。CRISPROは、構造と機能の相関に関する仮説生成に有用である。
CRISPRO入手先：gitlab.com/bauerlab/crispro

6. ゲノムワイドCRISPR-Cas9ノックアウトスクリーンにより、ヒト臍帯静脈内皮細胞のTNF‐α‐誘導細胞死に関与する遺伝子を同定

[出典] "Genome‐wide CRISPR‐Cas9 viability screen reveals genes involved in TNF‐α‐induced apoptosis of human umbilical vein endothelial cells" Cai M, Li S, Shuai Y, Li J, Tan J, Zeng Q. J Cell Physiol. 2018 Oct 14.