CRISPRメモ_2018/10/31 (6件) : crisp

1. マウス胚において、sgRNAと３塩基ミスマッチのサイトで、高頻度なオフターゲット編集が発生

[出典] "CRISPR/Cas9 can mediate high-efficiency off-target mutations in mice in vivo" Aryal NK, Wasylishen AR, Lozano G. Cell Death & Diseases 2018 Oct 27.
Dicer1を標的とするsgRNA, spCas9 mRNAおよび123塩基のssDNAドナーを、200受精卵に導入し、得られた38匹について、オンターゲットとhttp://crispr.mit.edu/による推定オフターゲット部位の1 Kbp領域の配列を解析し、シード領域外でミスマッチが３塩基以下のオフターゲット編集に注意が必要とする結果を提示
オンターゲットにて、NHEJによる変異15匹、HDRによる置換２匹；3塩基ミスマッチのオフターゲット (PAMから１, 4および8塩基の位置)への変異誘導11匹 (３匹オンターゲット野生型のまま)；４塩基ミスマッチのオフターゲット (PAMから1, 2, 5および8塩基の位置)変異誘導は無し

2. 核酸二重鎖エネルギーからCRISPR-Cas9のオフターゲット編集を評価

[出典] "CRISPR-Cas9 off-targeting assessment with nucleic acid duplex energy parameters" Alkan F, Wenzel A, Anthon C, Havgaard JH, Gorodkin J. Genome Biol. 2018 Oct 26;19(1):177.

gRNA-標的DNA鎖、DNA-DNA (ゲノム)、RNA-RNA (gRNAフォールディング)の３種類の核酸二重鎖の自由エネルギー変数とPAMに由来する係数をもとにしたCas9-gRNA-標的DNA三者複合体の結合エネルギーモデルに基づいてオフターゲット結合・編集を予測する２種類の手法を開発 (原論文Fig. 1から引用した下図参照)：gRNAのオフターゲット・スコアを計算するCRISPRoffとgRNAの特異度を計算するCIRSPRspec

Webサイト：https://rth.dk/resources/crispr/

3. [データベース] PGED: 植物ゲノム編集データベースへの登録呼びかけ

[出典] "Plant Genome Editing Database (PGED)" http://plantcrispr.org/

米国NSF支援プロジェクト

4. [特許] ERS Genomics, Charpentier/DoudnaのCRISPR/Cas9の第二の米国特許が成立したと発表

[出典] "U.S. Patent office grants second Charpentier/Doudna patent covering CRISPR/Cas9 gene editing" ERS Genomics News. 2018 Oct 30.

ERS Genomicsは、「ヒトと動物の細胞を含むあらゆる環境における一重/二重gRNAsの組成を対象とする特許であり、Broad研とUCとの間の特許係争の対象外の特許」としている。
関連crisp_bio記事: CRISPRメモ_2018/08/10 2. CRISPR特許：カリフォルニア大学として初の特許成立

5. [特許] 膨大かつ多様な配列から解析対象とすべき配列抽出を可能とするCRISPR/Casシステム

[出典] US2018/0298421"Compositions and methods for targeted depletion, enrichment, and partitioning of nucleic acids using CRISPR/Cas system proteins"