crisp_bio

科学分野の比較的新しい論文と記事を記録しておくサイト: 主に、CRISPR生物学・技術開発・応用 (ゲノム編集, エピゲノム編集, 遺伝子治療, 分子診断/代謝工学, 合成生物学/進化, がん, 免疫, 老化, 育種 - 結果的に生物が関わる全分野) の観点から選択し、時折、タンパク質工学、情報資源・生物資源、新型コロナウイルスの起源・ワクチン・後遺症、機械学習・AIや研究公正からも選択

1. CRISPRminer: CRISPR-Casシステム知識ベース
[出典] "CRISPRminer is a knowledge base for exploring CRISPR-Cas systems in microbe and phage interactions" Zhang F [..] Huang Z. Communications Biol. 2018 Oct 31.
  • CRISPR-Casシステムに関する知見を集積し、CRISPRアレイとCasタンパク質のアノテーション、CRISPR-Casシステムの分類、自己ターゲッティング事象の検出、微生物とファージの相互作用の推定、および、抗CRISPRアノテーションを可能にしたWebサーバを公開 (原論文Fig. 1とFig. 2から引用した下図左と右にデータコンテンツとアノテーション/推定ツールの概要)
CRISPRminer 1 CRISPRminer 2

2.  [レビュー] ゲノム編集技術と幹細胞ゲノム編集療法
[出典] "Genome Editing in Stem Cells for Disease Therapeutics" Song M, Ramakrishna S. Mol Biotechnol. 2018 Mar 7.
  • プログラム可能なヌクレアーゼ (ZFN, TALEN, ならびにCRISPR/Cas9)によるiPS細胞、造血幹細胞、ES細胞および癌細胞を標的とするゲノム編集を介した治療法の研究開発をレビュー
  • CRISPR/Cas9ゲノム編集が注目を集めているが、臨床試験の例数が示すように幹細胞のゲノム編集においてZFNが存在感を示している。
  • 2017年時点で、主要なスターットアップ企業Sangamo, Editas, CRISPR Therapeutics, Caribou Biosciences (Intellia), Precision BioscienceならびにCellectisが、プログラム可能なヌクレアーゼによる遺伝子編集パイプラインを開発し、SangamoはZFNによるHIV/AIDS療法の治験を開始 (NCT00842634; NCT01044654)
3. [レビュー] 植物の真核生物型核ゲノムと原核ゲノム型色素体ゲノム編集
[出典] "Advanced editing of the nuclear and plastid genomes in plants" Piatek AA, Lenaghan SC, Neal Stewart C Jr. Plant Sci. 2018 Aug. Online 2018-03-03.
  • 相同組み換え修復を介した植物内在プラストーム (plastome)を合成プラストーム (synplastome)への置換による植物代謝工学の展望
4. 低グルテン非トランスジェニックのコムギをCRISPR/Cas9で作出
[出典] "Low-gluten, nontransgenic wheat engineered with CRISPR/Cas9" Sánchez-León S, Gil-Humanes J, Ozuna CV, Giménez MJ, Sousa C, Voytas DF, Barro F. Plant Biotechnol J. 2018 Apr. Online 2017-11-24.
  • α-グリアジン遺伝子においてセリアック病発症の主たる原因であるペプチド (33アミノ酸)をコードする2ヶ所の領域それぞれに隣接する保存領域を標的とする2種類のsgRNAに基づくCRISPR/Cas9遺伝子編集
  • 得られた21変異系統すべてにおいてα-グリアジン発現が大きく低減し、免疫反応性が85%減少 (ELISA法測定)
  • 外来遺伝子を含まずオフターゲット編集非検出
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