(創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 20160412)
  • Corresponding authors: 中川英刀 (理化学研究所);柴田龍弘(国立がん研究センター研究所)
  • 次世代シーケンサーで解読した日本人のウイルス肝炎由来の肝臓がん300例のゲノム(腫瘍DNAと正常DNAの全配列;のべ約70兆塩基配列;データ量 約300TB)を、東京大学ヒトゲノム解析センターのスーパコンピュータ「SHIROKE」を利用して解析した。
  • 変異の頻度平均値(点突然変異 9,718;挿入欠失 271; 構造多型 40.6; HBV陽性試料におけるHBV組み込みサイト数 2.5)
  • 解析詳細:日本人特有の変異シグナチャー;アデノ随伴ウイルス/HBV/HCV/バクテリアゲノムの組み込み;コーディング領域における変異同定;非翻訳領域における変異同定;非翻訳領域における変異クラスター;構造多型の特徴;構造多型が遺伝子発現に与える影響;臨床情報と予後との関連(肝臓がん6分類)
  • 肝臓がんの全ゲノム解析は、がん種横断的国際研究プロジェクトPCAWGにも貢献。