1. ラガータイプビールの多様化にはCRISPR-Cas9の味付け
[出典] "Reducing phenolic off-flavors through CRISPR-based gene editing of the FDC1 gene in Saccharomyces cerevisiae x Saccharomyces eubayanus hybrid lager beer yeasts" Mertens S [..] Verstrepen KJ. PLoS One. 2019-01-09.
- 近年、大麦麦芽以外の原料由来の成分を含むスペシャルティ・ビール (specialty beers)の消費が伸びる一方で、伝統的なラガー・ビールの消費が減じている。そこで、ラガー・ビールの醸造に利用されてきたエールビール酵母S. cerevisiaeと耐冷性酵母S. eubayanusの交雑種S. pastorianusに代わる新規交雑種によるラガー・ビールの多様化が試みられている。
- 新規交雑種の課題の一つがフェノール・オフフレーバー (phenolic off-flavors (POF); ビールにとっては望ましくないフェノール臭)、とりわけ、麦芽と大麦の胚乳からの誘導体4-ビニルグアイヤコール (4-vinyl guaiacol, 4VG)、の生成である。
- K. J. Verstrepen (ベルギー)が率いる研究チームは今回、産業利用されているS. cerevisiae、S. eubayanusおよび種間雑種に、FDC1遺伝子を標的とするCRISPR-Cas9によって、POFを生成しない変異体を作出した。
2. [レビュー]CRISPR/Casゲノム編集ツールのデリバリー法
[出典] "Material solutions for delivery of CRISPR/Cas-based genome editing tools: Current status and future outlook" Wan T [..] Church G, Ping Y. materialstoday. 2019-01-09.
- 脂質ナノ粒子、ポリマー、ヒドロゲル、金ナノ粒子、酸化グラフェン、膜透過性ペプチド、黒リン・ナノシート、DNAナノ構造 (crisp_bio注: 各用語の埋め込みリンク先はcrisp_bio関連記事、関連論文またはWikipedia)
3. [特許] In vivoで利用可能なモルフォリノオリゴヌクレオチド (vivo-MO)を利用してpiggybackによりCRISPR mRNAとgRNAをゼブラフィッシュ血液細胞へ送達
[出典] "Piggyback Delivery of CRISPR/Cas9 RNA into Zebrafish Blood Cells" US20190000992A1
- 公開日 2019-01-03. 発明者 Pudur Jagadeeswaran. 権利者 University of North Texas.
4. [特許] ゲノムデータベースから新たなクラス２CRISPRシステムをin silico同定する手法と、ゲノム編集ツールへの応用 (具体例はサブタイプVI -D)
[出典] "Novel CRISPR RNA targeting enzymes and systems and uses thereof" US20190002875A1/US20190002889A1
- 公開日 2019-01-03. 発明者 Cheng DR, Scott DA, Yan WX, Chong S. 権利者 Arbor Biotechnologies, Inc.
- 関連crisp_bio記事：2018-03-17 「これまでで最小かつヒト細胞で活性なCas13dの同定と解析」の第２項 - Arbor Biotechnologies/NCBI報告 (Cas13d)
5. タイプIII-A CRISPR-Casエフェクター複合体におけるCsm2とCsm3の結晶構造
[出典] "Crystal Structures of Csm2 and Csm3 in the Type III-A CRISPR-Cas Effector Complex" Takeshita D, Sato M, Inanaga H, Numata T. J Mol Biol. 2019-01-10.
- 侵入DNAとRNA の双方を分解するタイプⅢ-A CRISPRシステムのエフェクターCsm複合体は５つのCasタンパク質 (Csm1-Csm5)とcrRNAで構成されている。産総研の沼田倫征らは今回、Staphylococcus epidermidi Csm2 (SeCsm2)とThermoplasma volcanium Csm3 (TvCsm3)の結晶構造を、それぞれ2.40 Åと2.70 Åの分解能で決定し、エフェクターとcrRNAの相互作用の構造基盤を明らかにした。SeCsm2は特徴的な単量体の球状タンパク質の形状を示し、TvCsm3は線維状の二量体を形成していた。
- Cmr複合体の構造も参照しながらCsm複合体のモデルを構築し、変異導入実験も行った結果、Csm2のリジン残基がCsm複合体と標的RNA結合に重要であり、Csm2がCsm複合体のコンフォメーションを活性型に維持することが示唆された。
- [構造データ] PDB 6AE1 SeCsm2 in a monomeric form；PDB 6AE2: TvCsm3 in a multimerized form (記事投稿時公開待ち)
- 2018-12-03 タイプⅢ-A CRISPRシステムCsm複合体のクライオ電顕・一分子FRET解析(3報)
- CRISPRメモ_2018/05/09 - 1 - Staphylococcus epidermidis由来Csm3とCsm6のリボヌクレアーゼ活性の構造基盤
- CRISPR関連文献メモ_2016/01/06 - 3. [レビュー] 標的類似体と結合したCRISPR-Cas系Cmr複合体の結晶構造(タイプⅢ-B)：沼田倫征, 大澤拓生 (産総研)
6. CRISPR/Cas9でSX1とSX4遺伝子をノックアウトすることで、腎臓形成不全のブタ胎仔を作出
[出典] "Disabling of nephrogenesis in porcine embryos via CRISPR/Cas9-mediated SIX1 and SIX4 gene targeting" Wang J, Liu M, Zhao L [..] Li R. Xenotransplantation. 2019-01-09.
- ヒト腎臓形成のプラットフォームとしての可能性
7. Lactobacillus sakeiにおけるCRISPR-Casシステムを同定
[出典] "Characterization and distribution of CRISPR–Cas systems in Lactobacillus sakei" Schuster JA, Vogel RF, Ehrmann MA (Technische Universität München). Arch Microbiol. 2019-01-11.
- 50ゲノムのうち13ゲノムでCRISPR-Casシステムを同定；主としてタイプII-A (PAM: (a/g)AAA)、稀にタイプII-C (PAM: (g/a)(c/t)AC)；L. sakei分離株81種類のうち25種類に18種類のCRISPRジェノタイプを同定
- 新奇CRISPR-Casゲノム編集ツールの可能性
8. ゼブラフィッシュにおいて、線毛関連遺伝子候補を標的とするCRISPR/Cas9により、網膜発生必須遺伝子を同定
[出典] "Mutagenesis of putative ciliary genes with the CRISPR/Cas9 system in zebrafish identifies genes required for retinal development" Hu R [..] Can Y. FASEB J. 2019-01-09.
- 線毛関連タンパク質が2,000種類以上推定されているが機能解析は進んでいない。同済大学の研究チームは今回、54遺伝子のCRISPR/Cas9スクリーンにより8遺伝子の変異が小眼球症をもたらすことを見出した。続いて、その8遺伝子がゼブラフィッシュの眼で発現していること、さらに、ポロ様キナーゼ1が神経管での線毛発生に必須であることを同定した。
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