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科学分野の比較的新しい論文と記事を記録しておくサイト: 主に、CRISPR生物学・技術開発・応用 (ゲノム編集, エピゲノム編集, 遺伝子治療, 分子診断/代謝工学, 合成生物学/進化, がん, 免疫, 老化, 育種 - 結果的に生物が関わる全分野) の観点から選択し、時折、タンパク質工学、情報資源・生物資源、新型コロナウイルスの起源・ワクチン・後遺症、機械学習・AIや研究公正からも選択

(創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 20160502)
  • X線回折像から再構成された生体高分子の構造データはProtein Data Bank(PDB)に、電顕像から再構成された生体高分子の構造データはElectron Microscopy Data Bank (EMDB)に、それぞれ、蓄積され(アーカイブされ)、共有されてきた。
  • 回折像(1件あたりのデータサイズ〜5GB)と電顕像(1件あたりのデータサイズ〜10TB)についても、それぞれ、Structural Biology Data Grid (SBDG) とEMPIARにアーカイブ・公開されるシステムが整ってきた。EMPIARは、3次元走査データ、X線トモグラフィー、CLEM (correlative light and electron microscopy) も視野に入れている。
  • NMR法由来の化学シフトは、Biological Magnetic Resonance Data Bank (BMRB)にアーカイブされ・共有されてきた。
  • 原データ(raw date)共有の意味:実験研究の透明性と再現性を高める基盤;冗長な実験研究抑制;データ解析法を開発し評価するための基盤;次世代科学者の教育基盤
  • 原データ・アーカイブの要件:ストレスの無いデータ登録法提供;ストレスの無いデータ利用システム提供;拡張性と継続性の保証
  • アーカイブの課題:構築・運用のための資金確保(20年以上の歴史があるBMRBも資金打ち切りの危機を経験;EMPIARは2017年9月までのパイロット・アーカイブのステータス);構造生物学分野に限らず公的アーカイブ/データベース永遠の課題であるが、アーカイブを活用した研究成果を出し続けていくことが重要。
  • Nature Publishing Groupは原データの共有を目指す新たなアーカイブを歓迎するが、現時点では、原データ登録を投稿の前提条件とはせず、新しいアーカイブと研究コミュニティーの動向を見ながら、原データ登録について議論を継続する。
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