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科学分野の比較的新しい論文と記事を記録しておくサイト: 主に、CRISPR生物学・技術開発・応用 (ゲノム編集, エピゲノム編集, 遺伝子治療, 分子診断/代謝工学, 合成生物学/進化, がん, 免疫, 老化, 育種 - 結果的に生物が関わる全分野) の観点から選択し、時折、タンパク質工学、情報資源・生物資源、新型コロナウイルスの起源・ワクチン・後遺症、機械学習・AIや研究公正からも選択

(創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 20160511)
  • Corresponding author: Mark Lawler (Queen's University Belfast and GA4GH Clinical Working Group)
  • 2016年10月16〜18日にバンクーバーで第4回大会を開催する Global Alliance for Genomic Health (GA4GH)のClinical Working Group Cancer Task Teamが取りまとめた展望
  • がんの分子プロファイリングの高速化と普及によって溢れ出してくる臨床データとゲノムデータが、がんの診断、予後診断ならびに治療の高度化に活用されることを待っている。今や、研究室、専門分野、国、地域などなどに孤立した“ サイロ”においてそれぞれ臨床データとゲノムデータを解析・蓄積する状況こそが、がんの精密療法の進歩を阻害している。Global Alliance for Genomic Health (GA4GH) は2013年に、臨床・ゲノムデータの共有を実現するためのフレームワークの確立を目指して設立された。
  • [展望の構成] データ共有における課題(時系列データなど);臨床データに関する課題と解決方策;ゲノムデータに関する課題と解決方策;GA4GHが提案する解決案;データウエアハウスとデータアクセスの課題(集中か分散かなど);倫理、規制および情報セキュリティーの課題(データ共有への同意のあり方など)
  • [展望収録された(表1)がん分子プロファイリングのプロジェクト]
    • 国内・国際分子スクリーニングプラットフォーム:SPECTA (screening patients for efficient clinical trial access)
    • 精密医療治験:National Cancer Institute's Molecular Analysis for Therapy Choice (NCI–MATCH);Targeted Agent and Profiling Utilization Registry (TAPUR)66 and Drug Rediscovery Protocol (DRUP)
    • ビッグデータイニシアチブ:The Cancer Genome Atlas (TCGA);International Cancer Genome Consortium (ICGC) & ICGCMedb;Cancer Core Europe (CCE);100,000 Genomes Project;CancerLinQ;The Cancer Genome Collaboratory;Genomics Evidence Neoplasia Information Exchange (GENIE);
    • GA4GHが主導するデータ共有イニシアチブ:BRCA challenge;Beacon Project;Matchmaker Exchange
    • その他のデータの共有または調和(harmonization)イニシアチブ:BD2K (big data to knowledge);Electronic Medical Records and Genomics (eMERGE);Genome Data Commons (GDC);Helix Nebular Project;Health Level 7 International (HL7) and fast healthcare interoperability resources (FHIR);ICGC–TCGA dialogue for reverse-engineering assessments and methods (DREAM)
  • 関連資料:Third Plenary Meeting of the Global Alliance for Genomics and Health (2015 Jun 10, Leiden)から
    • [講演のビデオおよびまたはスライド] 
      全講演;Mark Lawlerのビデオ(〜25分)スライド(31枚)
    • [プログラム]
      • Welcome
      • Session 1: Overview and report back on actions since 2nd Plenary meeting, including how to become involved in GA4GH
      • Session 2: Emerging projects
      • Session 3: National Initiatives: how the work of the Global Alliance can compliment or be incorporated into national intitative
      • Session 4: Big Data Challenges and Solutions Emerging Across all Sectors and Jurisdictions
      • Closing: Action Items
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