1. CRISPR/Cas13aによる高精度で迅速なmiRNA検出・定量
[出典] "High-fidelity and rapid quantification of miRNA combining crRNA programmability and CRISPR/Cas13a trans cleavage activity" Shan Y, Zhou X, Huang R, Xing D. Anal Chem. 2019-03-15.
  • 標的RNA認識によって非特異的なトランスのリボヌクレアーゼ活性を発揮するCas13aの特徴を活かして、miRNAに対して1ステップ30分以内で高感度検出 (検出限界4.5 amol; ダイナミックレンジ 10 amol ~ 100 fmol); crRNAを合理的に設計することで、miRNA末端の1塩基変異を識別可能; 複雑な生物試料でのmiRNAsの定量も実現
2. 植物病原菌DNAを、CRISPR/Cas9切断に続く等温増幅を経てAuナノ粒子捕捉・凝集を介した色変化で高感度検出
[出典] "Colorimetric detection of nucleic acid sequences in plant pathogens based on CRISPR/Cas9 triggered signal amplification" Chang W, Liu W, Liu Y, Zhan F, Chen H, Lei H, Liu Y. Mikrochim Acta. 2019-03-15
  • CRISPR/Cas9で標的dsDNA (ジャガイモ疫病菌Phytophthora infestans由来の456-bp dsDNAをモデルとして)を切断し、等温増幅を経て生成される長いssDNAフラグメントがAuナノ粒子プローブを捕捉し、Auナノ粒子の凝集を誘導することで、ワイン色から紫色へと変化することを観察して判定;検出限界 2 pM DNAを達成。一塩基ミスマッチ検出可能。
3. E. coli由来タイプI-E CRISPR-CasシステムにおけるPAM配列が'干渉'と'primed adaptation'に与える影響
[出典] "Systematic analysis of Type I‐E Escherichia coli CRISPR‐Cas PAM sequences ability to promote interference and primed adaptation" Musharova O [..] Severinov K. Mol Microbiol. 2019-03-15.
  • タイプI CRISPR-Casシステムでは、プロトスペーサの認識によって、in cis 配列から新たなスペーサを獲得する"primed adaptaion (以下、PA)"が誘導される。
  • Skolkovo Institute of Science and Technologyなどロシアとオランダの研究グループは今回、PAMとして3塩基の全ての組み合わせ64種類 (PAMバリアント)について、CRISPR干渉ならびにPAとの相関を解析し、PAMバリアントが3つに分類されることを見出した:干渉もPAも誘導しない;迅速な干渉を示すがPAは低レベルか誘導しない;干渉活性は低くPAレベルが最も高い (このタイプのPAMバリアントを含む標的については、長時間の干渉を介して継続的に新たなスペーサを獲得することが可能になる)
4. 通性嫌気性エタノール生産菌Zymomonas mobilis内在のタイプI-F CRISPR-CasシステムをZ. mobilisゲノム工学へ活用する
[出典] "Characterization and repurposing of the endogenous Type I-F CRISPR-Cas system of Zymomonas mobilis for genome engineering" Zheng Y [..] Yi L , Yang S, Peng W. bioRxiv. 2019-03-13. > Nucleic Acids Res. 2019-10-24.
  • 宿主ゲノムを標的とするcrRNAを生成する合成CRISPRアレイを帯びたプラスミドとドナーDNAを組み合わせて、編集効率100%を達成:cas3遺伝子のノックアウト、cas3遺伝子のmCherryをコードしたrfp遺伝子への置換、cas3遺伝子の塩基置換、および、10 kbに及ぶゲノム領域の欠失。