CRISPR関連文献メモ_2016/07/03（２件） : crisp

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（創薬等PF・構造生命科学ニュースウオッチ 2016/07/03）

Cas9にない特徴を持っているCpf1

の研究が広がっている。今回、韓国と米国の研究チームがそれぞれ

判然としていなかったCpf1のヒトゲノム全域にわたる標的選別性を解析。

[論文] ヒト細胞におけるCRISPR/Cas Cpf1ゲノム編集の特異性（１）
- Corresponding author: Jin-Soo Kim ( Inst. Basic Science/Seoul National U.)
- HEK293細胞においてLachnospiraceae bacterium (LbCpf1), Acidaminococcus sp. (AsCpf1), Francisella novicida (FnCpf1) ならびに Moraxella bovoculi (MbCpf1)のゲノム編集予備実験を経て、LbCpf1ならびにAsCpf1とSpCas9との比較に進んだ（Cpf1とcrRNAはプラスミドで送達）。
  - 変異率：SpCas9は32±4%；LbCpf1は19±6%；AsCpf1は20±5%（1遺伝子あたりのガイドRNA数は8）
  - 標的選択性
    - オンターゲット：3’PAMから遠位の１〜２塩基ミスマッチは許容するが、5’PAM近位の１〜２塩基ミスマッチは許容しない。
    - オフターゲット：Digenome-seqで評価；crRNAあたりの切断サイト数が、LpCpf1では6ヶ所、AsCpf1では12ヶ所、Cas9では90ヶ所以上；crRNAとCpf1のRNP（リボ核タゾパク質）送達によってオフターゲットは検出限界以下。
[論文] ヒト細胞におけるCRISPR/Cas Cpf1ゲノム編集の特異性（２）　
- Corresponding authors: Benjamin P. Kleinstiver; J. Keith Joung (Massachusetts General Hospital/Harvard Medical School)
- HEK293細胞とU2OS細胞で、AsCpf1ならびにLbCpf1とSpCas9のゲノム編集サイト選択性を解析。
  - 変異率：SpCas9は53%；LbCpf1は28%；AsCpf1は31%（1遺伝子あたりのガイドRNA数は20）
  - 標的選択性
    - オンターゲット：；短いcrRNAsの3’末端の4〜6塩基は1塩基ミスマッチを許容したが、他の領域は1〜2塩基のミスマッチを許容しなかった。
    - オフターゲット；GUIDE-seqで評価（CRISPR関連文献メモ_2016/05/08-3）；20種類のcrRNAsの半数以上についてオフターゲットは検出限界以下。
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